HsaINT1047644 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000250312 | ZNF718
Description
zinc finger protein 718 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26889]
Coordinates
chr4:131410-163989:+
Coord C1 exon
chr4:131410-131505
Coord A exon
chr4:131506-160911
Coord C2 exon
chr4:160912-163989
Length
29406 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTTATTTTTATTTCTTTCAGCTG
3' ss Score
8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTAGTATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCAGTCTGGAGCAAAGAAAAGAGCCCTACAATTTGAAGATACATGAAACAGCAGCCAGACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGAGTGAATGGAGGAGAGGACACAGACAAGGAGGCCAAAAGTCAAGAAGGAAGCCAGGCCTTCAAATGTTGTTTGAGAGGCTGAGCACCGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGATCAGGAGTTCAAGACCAGCCTAGCCAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAGAGAATTGCTTAAAAACACAGGAGGCGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTATCTAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGTCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGAGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCGGTCGGCTGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGATTCAGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAGGAGGCAGAGGTTGTGATTGCGCCACTGCACTCCCTCCTGGGCAATATAGAGCTAGACTCTGTCTCAAATAAATAAATAAATGTAGTTTGGGAAGCTCTGTGACAAAGAAAATAATTTCTGAAAAGGCTGCATTTTTTCTCTTAGGGTCATCTTCTCTCCCATGCTCTTAAATCTAAGAATTCTGTTTTTCCTTTAGTGATCTCCCTTCAAGTTTACAGGGAGTGCCAGTGTCCACTTTATCACTTACAAAGGGCTACATGATCTGACTGCTGTTCATTGCTTTTGGGGACCTGGGAACATTTGTATTATTGAGGAGCTCTATGTTAAAGTTTTTCTTTTTTTCAAATATTGTCTTTGCATCATGTCTAAAATGTGTACGGTGACTAGTGGATATATTGGGATTTGGTTCAGAGATCCCAGGAACACCAGAGACAGTTGTTGCAGGTATTGCATCTTTTCTGCTTAGTGATTTTTAATCCTATAGAGGTTGCAAATGTAATTCTACAAAAATTCTTACTCAGCAATTTTATCAGAACAATAAGTGTTTTCCTAAATATGAAAAAATGTAATTTTATTTTACTTCAAAATGTTATTGTTTTAATATAAACTGAGATTTGTAATTTAAACTCTATTTTTGCAAGTTTTCAAATTATTTAAAGCATGGGTTTCCAACCTTTTGGCTTCCTTGGACCACATTGGAGGAAAAATTGTCTTGGCCACACATAAAATACAGTAACGTGGCCGGACACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCGAGGGGGCAGATCATGAGGTCAGGAGTTAGAGACCAGCCTGGCAAGCATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCTGGCATGGTTGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTAGGAGAATTGCTTGACCCCAGGAGGTGGAGTTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCACAGGCACTCCAGCCTGGGCAACACAGCAAGACTCCATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATGGTAACACTAATAATAGCTGATGAGTTTAAAAAAAAAAAGGTTTGTGAATAATTTTTGTGATATCCACTACCACAGATAAGTAAAAATGCCCTCACATTCAAAGGGTTGGCCACCACTGATTTAAGGTATCTACTCACCTTCTAGATTTCTTAAATGCACTGTCATCAACCAGCTTAGAACATTGCTAAGTGTATAGTAAGCTCTCAATTATTACCTTATTTCTTAATAACTATTATCTTTTAATTTTGTCTTATTTAGTAGGAAGCCTACTGAAGTTCTGTTGAGATCTATCTATATATAAAAATGTGTGTCTCACACACATACACATACCTATATAAGTTATATATGTGTATAATAAATTCTTACTTAACTTTGCTGATAGGTTCTTGGAAACAGTAAGTGAAGCAACATATTAAGTAAACTAATTTTTACCAGAATTTAATACAAGAGTTATGTTTGCATGACATATAGCAACAATGTTCATTTAAAGATGCACTTTTCATGAACCTATTTTGAACATAAAGTGAGGACTTACTGTACATACATGTGCAACCTGGATTTTTCTGATAAATAAAAATTGTATAATGTGTACAGTATAATGATTTGATATGTATATACATTGTAAAATAAAATATAGTCAAGTTAGTGAACACATCTATTACCTCAGGTAGATAACCAGTTTTTTTGTAGTAAGAACACTTAAGGTCTACTGTTGTAGCAAATTGTAAGCATACATTACAGTATTACTAACTATAAATAATGCTATTTTGCTGATCTAATGCTGAATGTACTTTAGATTTTTCAGAGTTACTCAAGTTACAACTAAAAATTTGTACTCTTTGAACAACATTTCCGTATTTTCCACCCTCAGGCACTAACAATCACCATCAATCAATGTTAAAGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATATCTACTCACTGCAAGGTCTGCCTCCCGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCTATCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCAGCCAATCAGTGTTAAAGTTGTTTAAGGTTACACTTAAGTTTCAAAATTGTGTTTTCTATTACTGTGAAAAATGACACTAAAATTTTCACTTTGAATATATAGATCACTTATGATAATACGGTACTTTGACAGTATTAGTTATTCTAATGGAATATTTTTCCATTTATTTGTGTCTACTGAAATTTCTGTCATTAACATCTTATTGTATTTAGTGTATACATATTTAATCTCATCGGTTAAATTTACTATGATTAAATTTTTTATTTTTAAATTGTTGCAAATGAAAATTGTTTCTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGGAAAGTTTGTTGTTACTATTTGGAAATGCAACACATATTTTTATGTTGGGCCAGTTCCAGTGACTCATTTCTGTAATCCCAGCACTTTCAGAGGCCAAGGCTGATAGATCACTTGAGCATAGGAGTTTAAGATGAACCTGGGCAACAGAGTATTAACTCTGAAAATCTGAGACAGGTCTCAGTTAATGTAGAAAGTTTATTTTGCTGGCCAGGCACAGTGGCTCACGACCGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTAAGGTGGGTGGATCACAAGGTCAAGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACGTGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAAATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTACTCCAGCCTGGAGACAGAGTGAGACTCTTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTATTTTGTCAAGGTTTAGGACACGTGCCCCTGACACAGCCTTAGGAAGTCTTGATGACGTGTGCCCAAGGTGGTTTGGGCACAGCTTGGTTTTATACATTTTAAGGAGACATGAGACATAAATCAATATGTGTAAGATGTACATTGGTTCCATCTTGAAAGGCAGGACAGCTTAAGCAGGGATAGTGTTTCTAGGTCACAGGTACATGAGAGACAAACTGCTGCATTCTTTTGAGTTTCTGATTTGTCTGTCCAAAGGAGGCAATCAGATGTCCCTTTATCTCAGTGAGCAGAGGGATGACTTTGAATAGAATGGGAGGCAGGTTTGCCCTAGGCAGTACCCAGCTTGACGGTTTAGCTTAGTGATTTTGGGGGCCCCAAGAGTTCCAAGATTTATTTTCCTTTCACAAGATTATGTATCCTGATGCTTTAATGAATGCATTTATTGAGTTTTTGTTCATTTACTCTAGAGTTATATATATGTGCATGATTATATAATCTACAGACAGTAATGTTTTTATTTCTTTCCCAAAGCTGGAGAGCTTCGTTTTCCTTTTCCTTGCCTAATTGTTCTCATACAAATTTTTAGTAATATGTTAAGATAGAAGCTGTGGCCCTGGAGGCAGGCCTGCAGATCTTGGCCTCAGCTGTGGTCTCTGAAGCAGCCCTGTGTCTGTACGTTTGAAGGATCTAACAATGATTATAATTTCTGTAACTATAACAATGATTACAATTTGGCAGGTAAAGAACTCCTTTTGTTCTGTCCTCCTGCTGATGAGATTACCTCTGCTTTTGATGGTTGTGTTACCGGAGATTTGGACAGTCATGGATTCTTTCTGGGCCCTGGAAAGATTAAATTTCCTTGAGGACATTAATCTGTATGGCAGGCAGTAAGGCAGGGTTTTGAAGTTTGTCTGCGTATGATAGGCCAAGTACCAGGTGTATGAATGGGTTTGGCTTCTACTGACTACCGGGGAACAGTTTTCACAGGTCTCTCTGAGTCCCTGAGTGTGTACAACTGGCCATGGACTGTGGCTGTGAGGGCTAGAACTGAGTCACAGGACTGCTTCAGGGAACATAGCTGAGGCCGAGATCTGTAGGCCTGCCTCCAGGTCCATGGCTGGGTGTGTCTCCTTGCAGGTCTCTTGATAGGAAGGACCACTTGTGTACTGTAGCTGAGAGGAGTTTGAGACAGGTTGCAGAACTGCTTCAGCATCCTTAGTAAGACCAAGCTTAGTGTGCCATG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Seq C2 exon
CTGTGTGTTCTCATTTCACCCAAAACCTTTGGACAGTGCAGGGCATAGAAGATTCATTCCACAAACTTATACCAAAAGGACATGAGAAACGTGGACATGAGAATTTAAGAAAAACTTGTAAAAGTATAAATGAGTGTAAGGTGCAGAAAGGTGGTTATAATAGAATTAACCAATGCTTATTAACTACCCAGAAAAAAACAATTCAATCTAATATATGTGTCAAAGTTTTTCATAAATTTTCAAATTCAAACAAAGATAAGATAAGATATACTGGAGATAAAACCTTTAAATGTAAAGAATGTGGCAAATCATTTCACGTGCTCTCACGCCTAACTCAACACAAAAGAATTCATACTGGAGAGAACCCCTACACATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAATTGGTCCTCAATTCTTACTAAACATAAGAGAATTCATGCCAGAGAGAAATTCTACAAGTGTGAAGAATGTGGTAAAGGCTTTACTCGGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACATATGTGAAAAATGTGGTAAAGCTTTTAACCAATCCTCAACCCTTAATTTACATAAGAGAATTCATTCTGCACAAAAATACTACAAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAAGTGGTCCTCATCCCTTAATGAACATAAGAGAATTCATGCTGGAGAGAAACCCTTCTCATGCGAAGAATGTGGCAATGTCTTTACCACATCCTCAGACTTTGCTAAACATAAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGAAAATCCTTTAATAGGTCCACAACTCTTACGACACATAAGAGAATCCATACTGGAGAGAAACCCTACACATGTGAAGAATGTGGAAAAGCCTTTAATTGGTCCTCAACCCTTAATGTACACAAGAGAATTCACTCTGGAAAAAATCCCTACAAATGTGAAGATTGTGGCAAAGCCTTTAAAGTGTTTGCAAACCTGCATAATCATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACATATGTAAACAATGTGGCAAAGCCTTTAAACAGTCCTCACACTTGAATAAACATAAGAAAATTCACACTGTAGATAAACCCTACAAATGTAAAGAATGCGGGAAAGCTTTTAAGCAGTACTCCAACCTTCCTCAACATAAGAGAACTCATACTGGAGGAAAATTTTAGAAATGTGAAGAATGTGGGAGCCTTTAAGTCTTCCTCAGTCTTTTCTAATCATAATTCATACTGGAGAGAAACTCTACACATGAAAAAATTGACAAAGCTTTTAACCGCAACTCAATCTGTTCTAAACATAAGAGAAATGGTATTGGTGAGAAGCCATAAAAATATGAAAAATGTGGAAAAGCCTTCAAATGCTTGTCACATATTACTGAATATAATTCTTACTGCAGAAAACCCCTAGGAATATTAAAAGTGTGGCAAAACCTTTAACCAATGCTCATATCTCTTTGCACATGATAGCATTTATACTTGAGAAAAATTGTACAAATATAGAAAATGTAGAAAAGCCATTAATGCCTACTCATGTGTTACTAAATATCAGAGAGTTTGTACTTAATAAAAGGATTATAAATGTAGTATTTGTTGAAAGACCTATTAGAAAATACAGGTCTTAAAAGTGAAGAAGAGTATTCTGAAGATAGACAATAGAAATAGTAAGAGGGTTGTAGTACCTGTACTTGCATCATGGGTCTTATTGTGCATATTTCATACTAGAAGAAAACCCTGAAGCAGTTGCCCAAACTTTCTTTGACATTAGAGAATTTATATTGGAAAGAAATTTTACAAATGTAATAAATTTGGAAAAGCATTTGTTCAAAAACTATAGCTTAAAAAAAACCAGTTTATACTAGAAGATATTTTGTAGATGCGGTAAGTATGAAAAGATAGTCTGAAATTAAGACTAAATGTCAGAATATTTACAGTAGAAAGAAAAAGGCATTAACACTTGAAACATTACAGTATATCAGAGTGTAAAGTATAAAAAAATTCCAAAGCTGAAACTGTTAGATAATTTCTTTCTATATAAGTTGAAAAGGAGTAGCTTTTTGAAATTATTCCATTGAAATTATACTTTTTTTACCTGAAAAAATTATAGATTTTTTGAAAAGCAAATTCAACTCTAAAATTACTTCATACTGATTCAACTTATTGTTTATATGAAAGCATGTGATGAATTGTTGCATCAGAGGTATGAGTGATTCTTTTTAGGTGGGCATCATTCATGAACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTTTTAGCCGGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTATTCATGAACTTTTACATGAATGAGTAAGGACATTGAAAGATGCATGAGATGATGCATACATCTTTGTGGTTGACTTATCATTGCATGATGCATGACGTACATGTTCAGAGTAATATTCTTCTGCATTATAGTGAGAGAAAAATCTTGAATTTTAGTAATAAATTGCTTTTACCAGTTGCACATTTATGTAATAAAATACAGTAAATTTTAAAATTCTCTTTTAAGATTGTGTGTGAACCTTACTCAAGGGTGTAGGTAAAAAATGGTAACAGTATACTTTTAGTAACATAGTTTAATGACATTTCTAGTAATTTCTTTTTCCAGTGGCTTTAAACAGCAAATAAGTTGAAGAATATTGTTCTCATGTTAAATTTTTATTATTTTTTATATTTAAATTTATTTTTAAAAATTTATGTGGGTACATGGTATGTGTATACATTCATGGCATAGATGGGTTACTTTGATACAGACATGCAACATGTAATCACATCAGAGTAAATGAGTTATTCATCACCTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000250312:ENST00000510175:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.121 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF046067=Ogr_Delta=WD(100=11.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains