HsaINT1047784 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000269293 | ZSCAN16-AS1
Description
ZSCAN16 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:48982]
Coordinates
chr6:28125623-28137293:-
Coord C1 exon
chr6:28136745-28137293
Coord A exon
chr6:28125820-28136744
Coord C2 exon
chr6:28125623-28125819
Length
10925 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
CCTTCACACCTGCTTTCCAGGTT
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACAGCAAAATCCTCCATTCCCCATCAGCGGTCGATTGGGGGCTCTTTCGAAGCGGCAGCTCTGTAGGACCGCTCTTCTACCCCAAGATCCCTCGGCTTCGGCCCCCTAGGTGCCAGGGTCTGCGGGACCCCACGCTCAAAGCCGCCGGCCGGGGTCGACAACTGCAGAGAGGGTCGGGATAGGAAATTGCGGGTAGCGGCAGATGCGGGTCCCCAGGCATCCCGGAGGTTCCCACAGGTCTGCAGTGGGCCTACTTTGCGAAAAGGGCCCGGCTGCGCCGAGCCTCGTTCAAATCAGATGCCAGACAGTGTTTCTTGGGATCCATCCAAATAGGTCCCTTATTTCTCTTTGTGGGAGCCCTGGGCCTCCTTCCAGGCCGGAACCCAAGTGCTTAGGCAGCCGGGAAAGGCCGGTCCCCTTTTTCAGTTCTCTCGCGACCTCTAGCCACTTCCGGTTGCTAACGGTTCCCAAACAGCCCCCGAAAACGCTACGTGAGCTGGGCCCTGGGCCAGAGGCAGAAAACGGACGGAAGAAAAGGTCTGGCCG
Seq A exon
GTGAGTGTCAGAGTGAGGGCGAGATTGGGTGGTGTTCTCTGCCGGTGGATAGGCTCGACCGTCCGGTTTGGGATTGGGGTTAGGTATTAGGGAGCGGTTCAAAATTATGCTAATTGTTAAGATTACGAGTATTATTTAAAAAGATACACAACAGCAACAATACAATGAGCCCACGAAGATCAAATGCCAGTTAACTGATTTAAGCAGCTTTGATAGGAAGAAAATGCTGAATTTAATGCTAACAAAAAGATCTAAGTGCGCTGTTAGGGGCTAAGACTTTAACATTATGGGCCAGCCACTGTTCTAAACCCTTCACATTTGGTCACTCATTTAATTCCTACTTTATGAGGTAGATATCATTATAATACTGTTTTACAGATGGGGAACCTGAGGCACAGAGAGAAAAATGTATTAGCCAAGGTCATATAACTAGTAACTGGCAGAACAAAGATTCATACCCAGGCATTCTTCCTTTAAATTCTGTACTCTGGCCTTTCATTGATAACCTGGTTTTATCAGCTTAGGAAATTTGCTATCCAGATGGAAGTATAAGTTTCTACAGAGATATGTTATTGCAGCAGTGTTCTGAATCTCATCGGGTTTGTTGGCAATTTGCCTTTCAACAAAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGATAAGGGTGGCTTCCACAGAGATTTAAGGAGAACAATAAAAATTTTCATTTTAATAAATAAGCCCCATTTCAACGTCCCTTCTCCTGTATCATTCCTCTGATTCTTCTCTGTCGTTATTTGTTTCTATTAGGTTAAATCATTTTACATTTCTGGTATTTAACCATTTTGACCCACAAAAACAGGGATTTCATTTGTTTAACCTAATACAGAAACATCTTTTCAAGCAGAATTTAGGAATCTACAACAATGAGCAAGATTATATTTTCATCTCCAAAATGTACGTTAAGTCTGTTTGTTTCTCTTTATATCCACTGTGAACCCATGGTCCATGCCACTACCTTCTTTCACTTGGGTTACTACAGTAGCCTCTGGACTGATTTCCTTACTTCTGCTCTTTTCTCATTCTTGCCTCTTTAAGGAGCCAGAATGATCTTTTCTAAACAAACATTGGATTATGTTCCTCCCTTCTAGTAGTTCCCCATCACGTTTAGAATACACATCCTGGCCCCTGTTCACCTCTCTAACCTAATCTTGTGTCACCTTCCCCTTAATCCAGTGCTTTCAACACGTGGCCTTTTTCAGTTCCTGTAACACACCAAATTCATCCCTATTCAGAGACTTTGCATTACCTCTCCCTTTCGTGTGGAATGGTTTTCTGCAGAACTGAAGGTCAGTTCTATCTAATAAATAGGAATATAATGGGATTCACCTATGTAATTTAAAACATTCTTATTAATAGCCATATTAAAAATGTAAAAAGACAGGTGAAATTATCTTTAGTTTAAACCATCATATCCAAAATATTACTATATCAACATCTAATCAATATAAAAATTATTAATGAAATATCCTATATTCCATTTTTTGAAAGCCAGTGTATTTATACTTATTGGACATCTCAATTCACATATTTTCATAAATAATCTATATTGAGATTACATAAAATTTAAAATAAAAAAATAGATTCACATATCCAAATTATTTCAAACATACTTAAAAGTTATCTAGTGAATTATGAGTTTTAAAGTTTAATTAAAATTAAAAATTTAGTTCCTCAGTTGCAGAGCCAAATGTACCTCGTGGCTACTACACTGGACAGCACAGATTTAGATCAAGGATAAAATGTCTATATTCATGATTGGGTCAAGGGGCAAAGAAGAAAATTGCACCAGAAGTGTGGCAAGGAGGGAAGGGGAAGGTCTGCAAAAATGCAGTGTAAGCTGTTTATGCAAGTCACATTTAAGTCACATTACTAGTCCTCACTAGTAAATGAGGTAAGGCTTTCTAAAGTAGACTACTTTTTAGCATCAAGGCTGCATAGATTTTAGGTATGTTGGGAATAATTTTCTGGGGTAGGAAAAGGGTCCAGTAGTGCTGGTCACATGTAGCATTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTATAATGGCACGATGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCAGGCCTGGCTAATTTTGTATTGTTAGTAGAGACCCTGACCATGATGGTCGGGATGGTCTGGAACTCCCGACCTCAGATGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCCGGCCACATGTAGCATTTCTAAGTAGAATTTTATTGTGTATGATGTGGAAGAGTCGTAGAAATCTGATTATTTTCCTATAGAGCAGGGGTTCTCAACTGGGGGTGATTTTGCCTCTCAGGGGACATTTGCCTCACTCAGCCTGCCCACCAAATTGCCTGGAGACATTTTTGGATATCACAAGTGGGAAGTGCTAGTGACATCTAGTGGGTAGACGCCAGGGATACTGCTAAACATCCTACAGTGCAGAGGACAGCCCCTACATCAAAGAATTGTCTGGCCCAGAATGTCAATAGAAATAGTTTCTCAAGGTTGAGAAACCTTGCTCTAGAGGATCTGAATAAGAAAGACTGACATACCCACTCTTTTAAAACCTCAGCCTAACTCCCTTGTGATATTACCATGGGAAAAACAGGTTGTTTTGAAGCATTTCAGTTTCCATTTGTTTCCACTGTTGATGGATTTTGTGATCAGACTAAAATAGAATAATTTCATGCTCAAGATGAGAATGTAGACCATTTAATAAAGATAATATAGTGTGTGCTGTACACGTAAGACTCAAAGCACCTTGGGATCAGGAGCTGGTCTTTTTACCTTTATATGGCTTGTATCATATGATCCACTGTCTCCAACAATTGATGCCAATATATTAGAATCACTTGTCTATCTTTCCTATCTCCATCCCTTGTTTTATAGTTGTTCCTCTTTTCATCCTTTTCTTTTCATCAAATTATTATCTTTTCATCCCTTTCTCATTTTCCCCCTCTTCATCAATACCCACTGATACCTCCTATAGACCCTCCCTCAACACTCATCTATTTCTTCCATTCATACCTGTTGACACCCTTACTTAGAATTGCCAGTTCACTACCAACCCATCTGTGTCTGAGAGAGCTGTCCCCCATATTCCCTATAGCTGTCTGTTGTAATTACTGTCTTGTTAGTCCACGAAACTACAAAATATAAATTCTTGCCTCCTCCCTCAGAAAAAAAAAACCCTCCAAAAAGATATGAAGAACAATAACACATTTGCTTTTGACACAACTCTCTGAGGAACTGCTTTCCATGTTCAGGTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTATTTTTTTTTTTCAGACCAGGTGCTGTCCATTCAGGATAGCTCTCTGCTAGAACTGATAGTGTCCAACATATTACACCTCCTCTTCCAAGAAGTGTGGCTGTGATTGAGCTGTGTTCTTTCCAACTAGTTGCACTCCCACCAGTTTCTTCTGTGGGTTTCTACATGCTTACTAAGACATTGCCTGCATCTCCAGAGTACCAGCAACTACTTAGATTTTCTTTGACCTCATGCCTCTTTTGCCTTTTGCCTGCAGTTATCCTAGATCCCACTGACTGTTCTTCTCTTACCTACATCATTCTAGGCTGTCTCTGGCCCCATGTCTTTATGTCCCTCCCTGACTCTTACCATTACCCTTCTGGTTAACATTAGACCAAACCTGTGGTGGGCACTGTGGTGGCAATTTGGAATCAACATAAAACCTAAAAAGGGTACAATGGTTATAGTGCTCCAGACTACTCTTCACTCAGCCTTTAAGGGTGCAGGACTCTAAGACTAGAACAGTTCTTTGTACATAATAGGTATTCAAAACTACTAGCTGAACGGAATGTTCTGTCATATATAGCAGGAGTCCCCAAGTCCCTACCGTGGCCAGGAAAGCAGGAGGTGAGGGGCCAGTGAGCAAGCAAAGCTGAGCTCTACCTCCTGTCAGATGAGCAGTGGGATTAGATTCTCACAGGATCGCAAACCCTATCGTGAACTGCACATGCGAGGGATCTAGGTTGCGCTTTCCTTATGAGAATCTAATGATAAATGAAACAATACCCCCTTCCCTATCCTTGGAAAAATTGTCTTTCACGAGACCAGTCCCTGGTTCCAGAAAGGTTGGGGACTGCTCATACAGAGGATAAAGGAAAATCAGTCTGTCATGTGTTTACCAATTTTAGGAAACCTAATCTTAGGATAGCCAAAATCATCTTTCTTACCATTGCAGAAGCCTCCCTAAATTCAAGGATCAGAAACATGAGTTTCCCCTTTAAAGACTCTGAGCAGTTTCTAAGCATTGTAGTGTTTCTCAGAAAGACTAAAGGTAAAAGGGGAAAAGCCATTATTCAGAAAGCACCTAACTTTATTTTTAAAATAAGGATGTTTCTAATACTAATACTAAATATTTCTTACTTTACTTTTCTCTTCATGACCATTAAAGAAAATCCTTTCTTTGAGTGTTTCAAATACTTTGAAATATTACTCAGGTAAATATAGTAAGTTATAAAACAAGTATTCGTGTGAAACCTGACATTTAAAAGATGTGTTGATGTAAGATACTCAAAGTAAATATACATTTTTTTAAAGGACCATTATGTTAAAGGGACATAAAAGCTCAGTTTATCTTTAGGGCATTATGAGAAATACCTTAAGATTCATTTTCTTGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGAGGATGGGAGGATTGTTTGAGGCCAGGAATTCGATACTAGCCTGAGTAACATAGTCAGACCCTATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAATCCAGATATGGTGGTGTGCACTTGTAGTCCCAGCTATTTGGAAGGCTGAGGTGGGAGG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Seq C2 exon
GTTCATCAAGCTCTCTCTCCAGATCCTCCAGTACCGTCACTGCCTCCTCTCCAGTCTCTGGATGGTGTGCACGCACCCATGCTTGCAGGTCTTTAGGAAGAATGCTCAGGAACTGTTCTAGCACCAGCAGGTCTAAAATCTGCTCCTTGGTGTGGCATTCTGGCCTCAGCCACTGACGGCAGAGCTCCCACAGCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000269293:ENST00000600652:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains