MmuINT0004446 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000070883 | 4930578N16Rik
Description
RIKEN cDNA 4930578N16 gene [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923100]
Coordinates
chr2:69599779-69610181:-
Coord C1 exon
chr2:69609989-69610181
Coord A exon
chr2:69599944-69609988
Coord C2 exon
chr2:69599779-69599943
Length
10045 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAAG
5' ss Score
3.86
3' ss Seq
CTTTGCCATTAAACATCTAGATG
3' ss Score
5.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTAATGGAAGAACGGAGAGAAAGAATAAATAATTTCCTAAGTAAACTAATAAAAGAGAAACTTGATACTGAAGATTTGATTATTGCTAGAGATATTTCTGAAGCTGATGCTGAACTGGAGAAAAGAGAAAAAGAAAAACATGAAAAAAATCAAGCAGACTTGAAAGCAATTGCAGAATATAGAGCCTCTGTG
Seq A exon
GTAAAGAACTCAGTTACATAGCATAGATCTGAGACTTTCCTGCCAGGGCTCCTTCCTCTTTTCTTCTCTCAAAAAACTAACCGAGATGTGAACAGTAGTATATAAACCGTCTTCTTATATTTTTGAGATAAATACTTTTAAACTTTTTTGTTTATAAAAAAATCCTTTCCGCTCTTATTCCTTTGTCCTCTCACCTCTCTTCTCTCACGTCTCTCCTCTTTACTTTCTCTTTGTCTTCTTGTTTCCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTTTTCTCCCTTTCTACCTTCTCTCTTTCCCCTGCATTTCTATAATAAAGCTCTAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAATCCTTTCCCAAAAAAATCATCTAACACCAGTTAGGTGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAGGCCGACCTCTGTGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTAAACAGAGTGAGTTCCGGGATATCCAGGGCTACACAGAAAAACCCTGTGTCAAAAACCAAATCAAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCAACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGTTCACAACCATCTGTAACAAGATCTGACACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAACAAATCAATAAATAAATCAGTCAGTCAGTCAGTCAAGCAGTCCTCCACTGAAAAGAACTAGACCGGAAGTCAATGCACCTGGACGAAGTCCTATACAGCTGGAAAAGCCATTAGAAGAGAGGATGTGGCACGCCACACTGGCTCTAGCTGCTACACTTTGACTATTGAGCCTATCTTCATGCGCTGGTCCTCTACCAAACTGCTAATCCATGACAGCTAGACCTAGACACACACTGGGCTCGCTCTCCTTTCACAGGCATGCTCATTACCTGCATCAGTCCGTCCTCTGTCCTCCATCCTAATGTTTACTTTTCCTGTCCTCTCTCCTGCATGATACACTGTATCCACACGTATATTGTTACTGTAGCCACATGCACATATCTTATTGGTTAGGTTCTGCATGAGGAGAACCGGTTTTTTCCTTTCTGGGATTGTGTGACCTCACTTAAAGTTATCCATTTTAAGTCTATCCAGTTTCTTGCACATATTCAGATTACAATTTTCTTTAGAATATATACAACATAATTTCATTATCCATTCATCTGTTGAACTATGAAAAACTAGGGTTGATTTCAACTTTTGTTATAATGAATGAAGCAGCTATAAGCATGGAGATATAAATATTTCTATGGAATTTTCTAAATATTTGCACTGGGATGAAATAGCTGAGTCATATGGTCTTTCAATTTTAACTTTTTAAGAAATGTCCAAGCAGGTCCCCACAGTGACTGTACCCTCCCTTCCCCCACCAGCAGTGACTAAGGCTTCCTTTCTCTCCAACATTTGTTGTCAGATTTATTGATGATGGCCATTCTGACTGGGGTGAGGTGGTATCTCAAAGTCATTTTAATTTGCATTTCCCTGATGGCTAGGGATTTTATATACTTCTAAAAACAGTAATGTCCACTTATATTTTCTTTTCTTTTTCTGAAAGTATCTATTCAGTTCATTTGCTTTTGTTGATTGGGCAATTTTGCTTCCTTGTTTAATCTGCAATTTGTAAATTCGGGATATTAGCCCTTTGTCTGAAGTGTGCTAATGAACATCTTTTCCCTTTTGGTGTCTGTCTGTTAGTTCTGCTGATTGTCTTCTTTGCTCTACAACTTCCTTTTCTTTTCAGGGAGTCCACCTGTTGATTCTGGGGTTAGTCCCGTGCTATTGGTATTCTATTCAAAAATCTCTTGCCTACCCCAGTATATTGAAGAGTATTCCCAATGTTTCCTTCTAGAAATTTAGTATTTTGGGCTTTCAGTTAAGACCTTTGATCCATTGTGAATTCATTTTTGTACAAGGTGAAAGATAATGTAATTAACCTTTCTGTAGGTAGAGACATGCTTTTGCTGGCACAATCTGTTGAATAGACTGTGTTTTTCCAACTGTATGTTTTTGCCTCCTTTGTCAAAACCTAGGTGGGCACAGCTTTGTCACTTATCGCTATGTCTTTTATTCTCTTCCACTAATCTGTCCACGTTCATGCTTCACCAGGCTCTGCTGCTGTAACTCTGAGTATAAATAGAGGCTGGGTATTGCACGGTCTCCAGTGCTCTTAGTCCTTATGATTGCTTTATCAATTCTTGGTCATTTGTAGCCATATGAAAAAAATATTTGTTTTGTTTTTTTAAAACCTATGGAATACAACACTGGAATTTTGTTAGATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAGGGTTGCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCATGCCTGCCTTGATGAATATTAAATTAAACCTGTTAGTTTATTTTTGCAGGATAGCCTTTCTCACAATATCAATTTTACCAATCCAAGAGCATAAGATGTCTTTCCATTGTTGCAGATGTCTGTCACTTCTTTATAAAGCTAGATATATTCCTAAAAACTCGTTTTTTGGAGTTTTTTTCTTTTCTTTCCTTTTCTTTTTCTTTTTCTCTTTTTTTTTTCCCAAGATAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCTTGGATCTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCCGCCTGCCTCTGCCTTCTGAGTGCTGGGATAAAAGGCATGTGCCACCACGCCCGGCTGGAGTTATTTTGAGTGGGACATTTTTCCCAGTTTCTTTCTCTGAGAGCTGTATAATGAATGCTATTGTTTTCTTTGTGTTGATTTTGTATTCTGCAACATTTACTGTGTTTACTAGGTCCAAACATTTTCTAGTAGACTCAACAGGATCTTTTAAATAATCATGTTGTCTGCTAATCGGGGTAGTTTGACTTCTTCTTTTCCTACTTTTATTCCTTTTGTACCTTTGTCTTGTTTAATCGCTGCAGCTAAGATCCCAAGCACCCTGTCAGATAGGAGAAGGGAGAATGGGTGTCCATGTCTCATTCCGGACATTAGCAGACATGTTGTTGGCTTGTCTCCACTTAGTATGTTGGCTGTAGTTTTGTTTTGCATATCCTTCAGGATATTGAGCTATGTTCCTTTTATTCCTAAAGTCGCCAAACTTTTATCATGAAAGCATGCTGGAATTTTTTAAATGCCTTTTCAGCATTGATTGAAACTATGTAGTTTCTACCCTTAAATTTATTTTCATAGTCTATTACACTTATTGATTTATACATGTTAAACCAGCCTACCTTCTCTGAGATGAAGACCATTTGGTCATAATGTATAATTTTCTTAATGTTTTGCTGGGGTTGGGCTGTAAGTATCTTACTGAGAACTTTTGCATCTCTGCTCATCAAAGAAATTAGTCTTTAGTTTCATTCTTTTGTTCTTTTCTTCCTTCTTCCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTGTTTTCTTTCTCTTCATTTTTTTCTTCCTTTTATAGTATCTTTACTTTGTTTTGGTGTCAGGATAATATTAGGTTCGAAGAAAGAATTTGATAGTGTTTCTTCACTTTCTATTTTATGAAGTAAGATGAATTGGTCTAAGGTCATCATTGAAAAGTTGATAGAATTCAGCAGTGAATCCAGCTGGTTGTAAACTTTTCTTTGAAGGAAGGCTTTTAACAACAGCTTTAATCTCATTGCTTGTAATCAGTCTATTTAAGTTATATCTTCAGGGTTTTATTTTGGTATACGATATGCATTTAGAATTTCTTCTGGCTTACCCAGCTTTCCAGAGTATATACGTTTTCATATTAATTTCTAATGATGTTCTTCTGTATTTCATTGAAATCAGTTGTAGTGACACCCTGTATCTTGTTTATTAGTTTGATTGCTCCCTTCTAAGGTCTGTCAGTTTGCATAACATTTTCAAGGAACCAACTGTTTGATTGACTTTGTGTATTAATTAGTCTTTAAATCTGAATTTCATTAATTTATTTGATAATCTTTATTAATTCTTGCCATCTATCTGTTTGGGACTGGACACTTGTTTTTAAGACCTTGAGGCGCATTATTAGGGATTTATTTGGCAGCTCTCAGGTTTTTTGACACATGAGCACTGTTGCTATAAACTCCCTTCTTTGTGACTCTCTCTGCTGCCTCCCAAAGGTTACCGTTTATGTCTAGGAGTTTTTAAATTTCCTCTCAGATTTCTTGGATAGCCTACTGTTCATTCAAAAATGTGTTGTTTAGTTTCCAAGTATTTTTGTGGTTTCTATAGTTTATTGTTTAGTTCTAATTTTAACATCTTACGATCTGATGAGATACAAGGAATTGTCTCAGGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATCTGTTGGCACTTGGCTTGTGACCTCTTGGTAGATGTGGAGAAAGTGCCCGTGCTGAGACAGTGTTGGGTGGAATAGTCTGCATATGTCTGTTATAATCCACCAACGATAGAGTTTGTCTCTGAGGCTTCTTTATTTGGACGTTTGGAAGAACTATCTAAGTCTGAGAATGAAGTATTGAAGTCCCCACTATTATTTTGTTAAGACTTATGTGGTTTTTAATGTTCTAATGTTTGTTATATGAAGTTAGGGGTTCCAATATTTGGAGCACAAAAATTTATACTTGTTATATCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAAGATAGTATCTTTTTTTGTTTAATGTATTGCCTTTATTTTATGTGTATTGGTGTTTGCCTGCACGTATGTATGGGTGTCAGATCTTAGAGTTACAATTGTTAACTGTCATTTGGGTGCTGGGATTTGAACCTAGGTCCTCTGGAAGAACAGTCAGTGCCTAACCACTGAGCCATCTCTCCAACCCCTGTTATATCTTCTTGATAAATTATTTTTTTATTAACATTAGTGTTTTCCTTTATCTATTCCAATTTTTTTTATTTTATGGAAAATTTATTGCAACTCTCCAACAGCGCATTACTTTTTCTTTTCAACGTCTTGCTCTGTAGCTTCCTTCGCCCTTTTTGCTCGGATGCCAAAGAGTCGGGCATTGGGTACGGGCCATTCGGAGACTGGCAAAAGCCTTAAAGTTCTTCTCTTCTTCTGTGATAACTCTGGCCTTTTCCTTTTTGTACACATTCCGGATGGGCATCACAGGTCCTGTCAGCTTAAGTTCTTCAGCAGAACTGTCTCCCTTTTTCGGGGCAGAAGGCTTCCTGGGGAACAGGATGAGCTTGGAGCGGTACTCCTTCAGGCGCTGCACGTTGGCCTGCAGTGATTCCGTGGACTTGTTTCGCCTCCTCGGGTCCACAGAGATGCCGATGGTGCGAGCCATTTTCTTGTGGATGCCAGCCACCCTGAGCTCCTCAAGGCTGAAGCCCCGGCCAGCCCAGACCTTGGTGTGGTATCTCATTGTAGGGCACCTCACGATCGGCCTGATGGGGCCGGACGAGGGGCGAGGGGCGATGCTACGCGCTTTCGCCTGCTGGGCCTTGCGTCTGCGGATCTTGCGCGCTGGCTGGTTGAACCAAGTGTCCACTCGCTGCTGCCAATCCTTGTGGAAGTGGGGCTTCAGGATCATGCCATTCCGGCTGGGCACCATGGCTGCCTCCTATACAGGAGAACGGCAGAGTGGAAAGGCTATTTTTAAAAACAATTTAAAAAAATATTTACTATGTATAAAATGTTTTGTTTGCATGTATGCCTGCATAGCCAGAAGAAGGTCCCAGATCTCATTATAGATGGCTGTGAGCCATCATGTGGTTGCTGGGAGTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGGGCAGCCGGTGCTCTTAACCTCTGAGCCGTCTCTCCAGCCCCTTCTAATTAGTTTTGGTATAGAGCTTACCCTGTCTGATAGAATGATGGCTATGCCTGTTTGTCCATGTTTTGTTTGTTTGGTAATTTGTTTTCCATCCTTTGATATTAAGTTTTGAGGATTTTTTTTCTAGCTAAGTGTGTTTCTTGGAGGCCATATACGCTCTTGATTTTGGTTTATTTGGGCGTTTTGTTTTGTGTTTTTGAGACCATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTGGTTGGTTGGTTTTTTTAGTTGCCTTGACTGTCCTAGAACTTTCTGTAAACCAGTCTGGTTTCAAACTCACAGAGATCCGACTGCCTCTCCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCACACACCACCATCACCCAGTGTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAATCCAGCTTGAATATTTTTAGTGATGAGTTATGGCCATTTACACTTAAGTATTTACCATAGAAAGGGCTTTGTTATTTTATATAAACTTGTTGAGTGATCTGCTTTGCTAAATTATTGGTATTTTCCTTTCTCCCACACTAAATATGAGGGTTTGCTGGGGTGGCTGTTCTGGGCATGGGTTTTTCTTTCCCATGTCTAGTTTATCTGTAGTCAGGCTGTCTTTCATCTTTCTCCTGTGATGTATTCCACTGAGAACTTTCTGCAGTGCCAGCTTGTTGTCATGAATTGCTTCAATTTGTCTTTGTCTTAAAACCTTTGTCTGGCTCTTGTCATTGCTGATGAAGAGTCTAGAGTAGCGCAGGTATTTGTGCCTTTGTGTGTGAGTTGATGTCTCCTCATGCTGGTTTTAGACGTCTTTCTTTACTCTGTATTTCTGATGTGGAGAGTTTCTTCTCTGCCTGCGTCTTTGTGGAGTTCCATATGCCTTCTGTTTAGATGCCTGCTTCTTTCTGTAAGTTTGGAAAGTTTTCTGCTATGATTTTATTAAATAGTCTGTCTATTGCATTTTTAACTTTGTTCCTTCTTATACACCATGAATTCTCCATTGTGGCCTCTTGAACATATGCCAGACATCTGGGAAATATTGTTTGTGTTCAGTCATTTTTTCCTGAATATATTTTTGTTGGATTATTGTTTCACCTTTGTCCTCCAACCCTGAAATTAGTTTCTCTGCATATGTATGTACTTGTCTGTTAATAATGGCACCTGTGTGGTTTTTATTTAATTGGCCATCCTTCATCTTAAGAATTTCTGTTTGATTGTTTTTTTTTTTTTAATGTTTCAATCTCCTTGCCAAATTTTCTTCTACATTTGAACTTTTGCCACTGATTGACTGTTGTTGACTTTGGAACTGTCTTGTCAAGGTCTTGGATAGATTTCCATAATTCTTACACCTTTTTGACTCTTCTATAGGGTTGTTAATTCTTTTGAACATAAAACTAAATTATTTCTCAGACATTTCAGCTCTCATTAAGTTTTGACTCCCTTGTAGGCAGTTGTAGGGGGTGGCTCTGATGCTAAGGTCCTGTTCTCCATTTGTTCTTGATCCATCAATAAAGATGCTAGTGGCCAATAAGCTGTGAGGAATAGGCGGGACTTCTGGGTCCTTGTGAACCACCTAGTAGATGCAGGGAAGAGAGGAGGATTTTCAGTATGCTTTTTTTTTTCCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCAGTATGCTTGGCGGGAGAAAATGTGGTCAGTCAGCCATGTGAGATCTGTGGCAGAGGGGGGTGGGGGGGGGGGGTTGGGTAGGCTGCTTCTCCAGGTAGGAGACTAGAAATGCAACTAAAGCTGAGCGACTGAAGTTGAGGAAGGGTTAGGTGCTGAGCTAGGAGTGTTAGGAAGGGCGCTGGCCTCAGGACATTGGAAGCCCCAACAACTGACCCATAAGGCAGGTTGAAAAGTAAGTTAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCAGTGGATCTAAGGGAGCCTGGGTGGGGCTAGTAGCCCAGTCCTCCTGGGGCTTAAAGCAAGGAAGCAAAAACTACACGCTACAGGCAGTTAGTTGGTTGGTTAGTTGATTAGTTGGTAGGTGATGGGACATGCATAGTACCCGTGTCAACTTTATGTTGCTTTGTCATGTTTTATACATCTGTTGAAGTAGATTTTTTTCTTCCTTCTATTCTGAGCCTATTAGGATATTCTGCTTCTTGTGACTCATATCTCAAAGTTCAGCTAGTGGGACTGGAGAAAGCTGCTGTTGAATATTGAAATGAGTTGCTGAAGTGAGCCTGTCTTGGCTATGTGCCCACAGGAGCAAGGATAGGGCTGAACACTCAGCACCAAGGTGACCAGATGGAGTCAAATCTTGATCATACCTTTGGATTCTATGCACCCGCTGGAGGCGGGATACCCAAACCCAGTGAAGCTTGTCTACTATGTTGGGATGTGGCTATAGTTACAGAGCAAATAACCTCTGGGACCATGGCAACAGAGAGTTCAGGTCCTGCGATGAGTGCCGGAACCTCAGAAATCGGAGTTCTGCGACCTAGGGTCTAATCCCTCAGGGGACCCTGGACATACTGGAGCTGAAGCCTGGCCCCAGTGCTGACCTCTGAGACCTGTGACCTCATTGGTTACAGGCTGCTCTTTGATCTGCAGAAGCTAGAGGCCTGGTTACCCAGTATTCACTGGCTGCCCAAACCGTTTACTTTTATACTGAAGGTGGTATGACTATCAGTTAATTACACACAAGTTATTTTTAAAGGTATTTGTTTACATTTATTTTATTAGTTTATATGTATGTTTTGCCTTCATGTAAATCTGTCCATCATGTGTGTGCCTGATGCCCACAAAAGCCAGAAGAGGGTAGTATCATCCAGAACTGGAGTTACAGATGGTTGTGAGCTGCGGGGTCTGGGAACCCGACCTGGGATCTCTGGAAGAGCAGCTACTGCTCTTAACTGCTGAGCCATTTCTCCAGCACACCCTTCCCCTCTTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCTAAGAACAGATACCATGACCAAGGCAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAAGTTCAGCCCATTATCACATGGTGGGAGCATGGCAGTGCCCAGGCAGGCATGGGGCTAGAGGAGCTGAGAGTTCCACCTCTTGTTCCAAAGGCAACTAGGAGAAGACTGGCTTCCAGGAAACTAGGAGGAGGGTCTTAAAGCCCATGCCCACAGTGACACACCTACCCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCATGCCTTGGGCCAAGCATACACAAATCACCATACCTTCCCTCTGCCAAGCTATTTATGGATACAAAACAACAAGTTCTTCTTCAGAACCAGCTTAAGAGACAGGATTGCTTTGTATGTTCCTTTAAATGTCTTAAGAAAAGCCCCATAAATTACCCGATTCCTTTTCTGTATTTCTTAACCTTAGTAAATGGATCTCCTTCTTTATTCCTTACATGTCTGTCTGAACATTAACATACATGGCTCCTAAACATGCTAGCAGTTAATTGTTACCATGCCAGTAGTTGTGTACTTCAGACCTGGCTCTTCTGTTCCTGTGTTTTCTTCTACCTGCTCCTCCGCTTCCTGTCCCCCTCCCACAGTCTCCTGTGGGCCCAGGCTCAGAGGGTTGAACTCATGATCTTCCTGCCTCGGTTTCCTTATCTCCACTGCTGAGATTACAGGCACGAATTACCCCCCACAACTGTGTGTGTTGTTGGTTTTCATCAAAGACATTGATCTACATTACTCTTCTTACACTTTCATTAAGTATGCCTCTGCTATTCAAGAGAGTAAAACAATCTAAGCCAGCCACAGGCATAGTTCTCTGTCTTCACACTGCTCCTGGCTCTGCGCTTGAAGCGTTCTGATTCCTCTGTAATGAAAACTGGTTGCTAAAACTTAGGTTTTTTTCCTTTGCCATTAAACATCTAG
Seq C2 exon
ATGAAAAATAAAGAGGAAGAAGAAAGACAAAGGAAAATAGAGGCTAAGGAACAATTGCAGGCTGTCTTGAAGGCAGATAAGATCTTCCAGGAGCTTGAAAAGGAGAAAAGCCTCAAAGTGACCAGAGAGAAACTGGAAATTCAGGATGCTCACATTCAGCAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000070883-4930578N16Rik:NM_001077684:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.338 A=NA C2=0.200
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138681=Trichoplein=FE(19.1=100)
A:
NA
C2:
PF138681=Trichoplein=FE(16.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: