MmuINT0005454 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr9:20299513-20305397:-
Coord C1 exon
chr9:20305318-20305397
Coord A exon
chr9:20304922-20305317
Coord C2 exon
chr9:20299513-20304921
Length
396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
ATAAAACTTTTTGTTCTCAGGTG
3' ss Score
8.38
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTGGAACTACAACCTACAATTGACGATTCAGAGCTTGAGAATTATTTTAGGATGCAAAGTTCCAGTGCAACAGAAATG
Seq A exon
GTAAGATCAGCAAGGACTTTCTATTTCATACTCAAGAAGGGGGTCCTTTGTAGTACACCATACAAAAGAGAGATACTTGGGATGAATAGCATGCTCCTGAGAGGAATTGATGTTTCTGAAGAACTGTCTGGAATATAATGAATTGGGAGATTCCCCCAAATAGATCATAAAGATTTTTGTCTCATTGTTTCCACAAATATGTATTTCCATATATGCAATTTGATGTGGGAGTTTTAAGCAATTATAGAGAACCACTTTTTTTAGTGTATATAATTAGTCATCAAGATTTTGACAAAGGAATATGTCATTCAGTTTGGAAAAACTAAAGGTCAGGAAATAATTGCATGGAAAAGAAACCGTAAATTTCATTGTGAACATAAAACTTTTTGTTCTCAG
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-5730601F06Rik:NM_001082485:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AGGATGCAAAGTTCCAGTGCA
R:
GGCTGTCTCACAGTCTGTGC
Band lengths:
345-741
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: