RnoINT0167921 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034037 | Zfp266
Description
zinc finger protein 266 [Source:RGD Symbol;Acc:1308643]
Coordinates
chr8:21511839-21517650:-
Coord C1 exon
chr8:21517571-21517650
Coord A exon
chr8:21517171-21517570
Coord C2 exon
chr8:21511839-21517170
Length
400 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
AAAACTGTTTTTGTCCTCAGGTG
3' ss Score
10.75
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTGGAACTGCAGCCTACAATTGACGACTCAGAGCTGGAGAATTATTTTAGGATGCAAAGTTCCAGTGCAACAGAAATG
Seq A exon
GTAAGATCAGCAAGGACTTTATACTTCACACTCAGGAAGGGGGTGGGGTCCTCTGTAGTAAACCATACAAAAGAGACCTTTGAGATGCATCGTATGCATCTGAGAGGAATTGATGTCTCTGAAGAACTATCTGCAGTATCATGAAGTGGGAGATTCCCCAAATATGTCATAAAGATTCTGTCTCATTGTCTCCACAAATACCTATTCCCACATGTGCAGTTAGACCTGAAACTTTTAAACAGTTTTATGGGACCACTTTTTTTTAGTGCATATAATCAGTCATTAAGATTTTGGCAAGGGGATCTGTCGTTCGGTTTAGAAAAACTGGAGCTCAGAAAGTAATGGCATGGAAAAGAAACTGTAAAGTCCATTATGAACATAAAACTGTTTTTGTCCTCAG
Seq C2 exon
GTGGGCGATTCATCCCTTCAAGAGCAGTCAGGAAACCACAGTGAAGGGGACCTGCGTGACTCTAAGCCATGTGGAAATGTGTTGGGTGAACAATTATGCCTTAACACAGAGGTGAGCACGCAAAGTCAAGGCTACAGTTCTGAGTGTAACTGGTATGGGAAAGACATTCTTTCTTTGCTCAAGGAAACCTCTACTGGACAGAACGTTTCTGAGCTTAATCAGTGTGGGAAACTCTTCAGTCTGACTCCAAACATCATGTACCCGAGCACTAGCACAAACGAGAAGCCCTTCGAGTGCACAGACTGTGAGACAGCCTTTTTCAATCAGTCTTACTTTCAGCCAGATATGAGGCCTCACAATGGAGGAGAGCCCTATGACTGGAGTAAATTCGGGAATGGTTTCATTCATCCTACAAGCCTTGCTATGCATCTTCCAATTCTCAATGCAAGAAACCCCTACAAATTTGAGGAATGTGGAAAGGACTTTCAGTATTTTGCATGCCTTAATAATCCCATGGGAATGTGCACTGGAGAAAAATTCTGTGACTGCAAGGAATGTTGGAAAGCCTTCACGGTTTCCTCACACCTAACTCAGTATGTATCGATTCACACTGAAGAAAAATCCAAAGTGTGTAAGATATGTGGGAAGTCCTTTGCTAATTATTCTCGACTTTCTGCACATGTAAAAACTCACAACGAAGAAAAGCCCTTTGTATGTAAGGAGTGTGGAAAGGCCTTTAAAAATATGTCATACCTTAATGATCACGTTAGGATTCACACTGGAATAAAGTCGTACAAATGTATGGAATGTGGGAAGGCCTTCCTCCGATGGTCAGGCCTTACTGAACACATAAGAGTCCACACTGGGGAAAAGCCTTACGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACTTTTTCTAGATCTACTCAGCTCACTGAACACATAAGAACACACACTGGAATCAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGCAAAGCCTTCACTCAGTACTCGGGCCTCGCCACACACGTACGAATCCATAGTGGAGAGAAGCCCTTTGCATGTAAGGAATGTGGGAAGGCCTTTACCAGGACCTCTGGCCTGATTCATCATGTGAGAACTCACACAGGAGAGAAGCCTTTTGAATGTGTTCATTGTGGGAAAACCTTCATTACTTCCTCCCATCGCACTAAACACCTGAAAATTCACAGTGGCGAGAAGCCCTTTGTGTGTAACATATGTGGGAAAGCGTTCATATATTCCACATCCCTGAACATCCACATGCGAACCCATACAGGAGAGAAGCCCTATATATGTAAACAGTGCGGGAAAGCCTTCGCTGTTTACTCACGACTAAGGAAACACAGCCGAGTTCACACTGAGGAGAAACCCTATCAATGTGAGGGTGTGGGTGTTGCTACTTAGCCCGTCTGTTGCCACCTTTGAGTATTGACAGTGACACCAAAGATCATCAGATTAGTCTTAACTGCTTCGTGTGGGCGACAGTGGCTCACACTGGCCTTGAGACACCATCCTAATTTTTATGAACTAGGACATTTAGGTGCCCCCTCAAACTTTTCTTTTGGGTAGTGCTGAGGATTGACCTAGAACATCACACACGCTAGGCAGGCACTCAATCGCTGAGCTACCTTTTCCAGTTATCCTGGAACCCTTTTTTCATGGATATCTTGAGTCTGAGCACTGTGGGTCATAAATGAGGCCAGCATACAAGGTGGCTTCATTCCGATGCTTGACTCTTCGTGATCATAACGTTTCTAAATGCTATGAAATAAGACAGATCTGACCCTTTTGTTGGTTAATGGCTGCCACTGTGGCTTGTCAATGTGAAAACTCACTGCAAGTCAAGATAATGCAGGACACAATTATCTTGTGGAAAGACTCTCCTAGGTAACTACTCTGACCCCAGTGATTCTGATGAGCACACCAAGAAATAGTTCCTGATTTTAATAGCTAGTCTGTTTACAGACGTTAACCCTGTGATCCTTTATAAAACTCAGAAAGTCCATTCTGTCCCATCTTTTGGATCCATTTTGGACTGAAGTGACAGTAACTTTGTCCATATTCCTCATTTGGTTGGGCTTGATTGTCTGAGGGTTGAACTCAGGGTCTTGTGGACGCTAGGCAAGTATTCTGCCACCAAGCTGCATTCTTAGCTGGCTTAGTCTCTTAGTGCAGACTTTTCAGTTATTGTAATGTGGATAGGCTGGGTTTGTTAAGGTACAGTTCTCTTTTGTTTTAACAATTCCTTAGCTTCAGTGTTCTCCCCTTTCATATCTTATTAAAGCACTCAGGAGAAACCAAGTTGCTCCAAGTTTGAACACTTTAATTACAGAAAAGTTTCCAGTTCTATCGCTCTCAAGTTCTAACTTCCACACAAAATGCTAGAATACAGATCTGCTTGGTTCAAGATCACTACATGGCACTGGTTGGTTTTCTTCCTGTTCTAATCACATGTTCCTTCTTCCTAACTAAGGGAGTCCTTACCAGAATAGCCTCTACCTGTCACTCAGCTTCAAGGCTACTTGCATGTGTTTAACTGCTATTTTTACAGCAGTGCCACAAAACACTATAGCCAGTGCTGGCAAAATGGCTCAGAAGGTAAAGGTGCTTGTGAGCAGGAACTGAGTTTGATCCCAGGAACACTCATAGTCAGAGGAGAGCAGAGTGCTACACAGCCTCTGCTTCTAGACACATACCACAGCTGCACACGCTTGTACACACCGTACAGATAACACACAACAGCATAAACCAAGTTGCTTTGAAGTTCCCTTCTAAAGAAATGAAATTTTAGGTTAGCATAGTATTGGGTTTTATTATGGCGTTGTCATATCTATAGACCATTATACTTCTCATTAGCTTACCACTTTTGGATAAAACCTTAGGGCTGCGGGTTCCGCTCGGTGGTGGTAGTTCTTGCCTGGCATGTGAATAGCTAGTTTTTATCTCCATCAGTGGACAGACCGTATACAGCAATCTATTTTCTCACACAAGAATAGCAGCATGGGAGTTAGTGAGAGGATGGTTCAGAGGGCGAAGCTCTTGCCCTGCAAACACAAGGACCAGAGTTCGTTTTCTCAGAACCCATTTAAGTGCCATGGAGGCCACCTGTAATCCCAGAGCCTGGGAAGTTAGACGGGAATCCTCAGGCGATTGGGGAGTTAGGTTACTTGACTCTACGAGCTTCGGGTTCAGCAACAGACCCTGCTTCAGTACACGAAATGGGAAGTGACTGGGAAAGCTGGCATTACCTTCTGGATTCTGCATGCCACGTGCAGATGCGGGAACACCAACACGCACACGCACACACACGTGAAAACAGGAACGGCATGTTTGGCGGCTTTCGGAGTAGACTCTTCATGGCATGCAGTCGCTTTCACATGACAGAGCCTGAAAATGAGGGTTTTTTTATCCTCTTCTGATAAAAACCACAGCATTGTGGGATGAGGTTTCCCCTCATTGTCCTGGACTATCAGATGAAATTCTAAAGACCCGATCTGAACAGTCATGCCGAGGGTTAGATTTAATATGAATTTGAGAGGGTCATAGATTCTTTTGGGCCCCCAGACAGGTAATCCTATTTGTAGATAATGATTTTTTTTTCTATTTTAGTTGTTTCCTTACATAAATTAGTATGATGTCCAGCACACTAGTGAAAGTAGTTAAAGCATATTTTTCTTTAGAATTATAATGAGGTATGCTTTCCATTATACTGATTTGCTTATTAGGATAGAGGGTTGTTTTAATATCTGGATTTTTACATAATGGTTTTATAGTCTTTCTTTATTTGTGAGGCAAAATTCCCCTTTGATTTATTAATTGCTTTCCCTGTATCCTCTGAGATGACCACGCTCATTTGCATTCAAGTACCTAGGATTTCATTGTTTCAAATAGTAAATACTGGAATGATTAAAGGACTCTAAAATAAAGGCAGTCATTTTATCAAAGATTGTATATTAGTTGCCTGATGTTAATTTTAAGTTCTTAGATGCCTTCAACTTGGCCATTACGGTTCATTTTTGTTCTGTGGGACTGCTGAGGATGGAACCGACCCGGATGAGGCAGCCCTCTGCCACCGAGCGGTCTGTAATCTTGAGCCGAATGGATCGTTTCTACTACTTAACGTTGCTTATGCTTACTCACATGAAGATTGTCATAGATATTCTCAAGTAACGATGGCATACAAGTTTTCCTTATATGTAAGAAGAAATGGCGCAGGGGTAGGAAGAGTGCGCCTGTTCAGCAGTGCACAGGACTGTCTGTGGTCTCAGTCCTCAGTGCCACCAAAACAGCCAGACTAAAATGAACTGACTGGCTCTTAGCTGTAGATTAGAACCGTGTCATTTACTGCCGTGAATATATTCCTCTCCTTTCCCAAATTATAAACCTGTTCAGTTATCCTGATCTAGATTAATTGATACTGTTTTAGGTACCCATTTTCTATTACCATAAACTGCACAGCATCTTATGTGTATGGGACACCTAAGATTTACAATATCATTTAAATTTTTTCGAGTATATTTTTCTAGGCATGCTTTCATTTTCACATTTGAAATTTATTTTTTTTCTTGTATTCCTGATGTTTCCTGGTTGTATAATTAATTTACTTTGGGTCTGCCTTGCATTCTGCAATGATTTCTTGTAATTAAATTGAGTTAATCTTCAACCAGTATTCTTTTGGAGAGTATTTGTCTCAAACTACAGCATGTTGCCTCACACTAATCTTAGGGACTGGGAAGCCAAGGCAGGAGGGTCACAGATTTAAGGGTAGCCCAAACCTGGGCTACCTTGTGGACACTGTCTTAAAAAGACAAACATGAAAAATAAGACAAGACAAATGTTCCCAAAGGAGGAGTTGGGGCCTGGTAGATAATTTGGGAGGGAAAAAATTTGTCTTGAAATATTTAAACTTTCCAATATAGTTTTTATTCCGTTGACTCTGGCAGGTATTGACATGGCTAGATAGTTTAATTTTTGTATCCTTGGTTAAAAAAAATTTAGGGGTGGGGTGCTAGGATTCAAACTGAGGGCTTTACACATGCTAACCACTGACCTATAACCCAGGTGTAGATGTGTCTTTTATATATACCTTAGTTAGAGTTTTAAAACTCTGATTACTTGAAAGATCCTAATTAACAATTCTTTTAGACCATTATGTATAATGCAATTAGTAACAAAATTGGATTTTTAGCAACTTTTTTCTTCTGTATTTGTTGCATGTACCTTTTCTGTAATGATGTTTTTCACTGAAATTTCACCCAGTGCTTGGATTTGTGTATTCCATTTATCTTTTAGTTGCTATTCTAAACCATTAAATCCAGTTTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034037:ENSRNOT00000042903:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.194 A=NA C2=0.049
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGACGACTCAGAGCTGGAGAA
R:
TCGAAGGGCTTCTCGTTTGTG
Band lengths:
351-751
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]