BtaINT0007975 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Bos taurus zinc finger protein 177 (ZNF177), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102550]
Coordinates
chr7:15330953-15341603:+
Coord C1 exon
chr7:15330953-15331036
Coord A exon
chr7:15331037-15341517
Coord C2 exon
chr7:15341518-15341603
Length
10481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
GCTTCTTTCTTCGTTTCTAGGTC
3' ss Score
12.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGGAGATTTGTCTCAATACCAGAAGGTCAGCACCTCAGTGGGATATTTTGAATGGGAAAAAAGTCCAGCGTGGTAGACATG
Seq A exon
GTAAGATTCATAAGGTATAGTTCCTTCCCTTCCACTAGTGGAAGATTAACAGTTCCATAAAATAGAAAAACAGCACAATAACCATGACAGATATTTAAAGCTTGTGTCATTCACCTGTTTTTCAGTCTCTGAGCATTGTGAATTTGGCAGACACTTGAAATACCCCTCACAATATATTTTTTTACATAGAATTCACTTGGCTAAGTATTCCCATATATGTCATTCTGATGAAGTTTTATTTCATTTTGGTCAACTATCAGCTCAACTCTATAAGAATCCTTATGAAAGTAAAGAATACAACAGAGCTTTGTTGCAGAATGATCACTTCATTTTGCTTGAAAGCAGTGAGGCCTGGAACCATGCATTGCAGTGAAAATGAAAGAAAAAAACAAAAAACTTCAATCATACCAATGTGTTTCTTGTATATACTCTTATTTTTAAAGACTTTATTTTTAAAGACTACTGATGTTAAGCATAAATATGGTCAGCTGATCTTTGACAAAGGAGCGAAGGAAATGAAATATAGAAATATAATTCTTTTCAATAGATGATGCTGGAACAGCCAGACATCCACATGCAAAAGAATAAATCTAGACACTGGCCTTAACACTCTCAACATAAGTTAATTCAAAATGCATTGCAGCCCTAGGTATTAAATACAAAATTGTAAAACTCCTTGAAGATAACATAGGAGAAAACTTAGAAGCCCTTGGGGTATGGCAATACTTTTTTAAATATAACATAGAAGATATGATCCATAAAAGAAATAATTGATAAACTGACATTGTTAAAACTAAAAATTTCTGCTCTGCTGAAGGCATTGTCCAGAGAGTGAGAAGGCAAGCACAGATTTAGAGAAAATATTTGCAAAAGACAACTGATAAAAGACTCTTAAGACTCAACAATAAGAAAACAAATAGCTGGTTAAAAATGGACTGAGACCTTAATAGACACAGCAGCAAAGAAGACATACAAATAGCAAATAAGCATGTGAAAAGATGGTCCACATCATATATCACCAGAAGAAAGAGTGAGAGGGCCTTCCTGAGCTCTACTGTAAATATAAGCACACACACGCTTTGCCAGTAACTCTGCCCTGGCCATCCATACTCATGCACCTCACTAGAAACCCAGAGCCTCTTGTTCCTAGAGGAAGTGACAAGGCTGCACCCAACAGAAACACAGAGGGCAGGCTGCTTATTCATTGGGATACAGCCTAGAAAGGAGAATCCACTGAAGAGGTTTATTCCATTGTTTTAATTTGGGAGAGAGGAGGTAGAAGGAAGTTCCAGAGGGGGTCAGACAGCCCAGAAATTCAGACAAGTGGCATGTCTTTTCTCACCAAACTTTGCTCTGCTCCCTGCTATAAATTAACAACCTTTGGCCCTGACCTCAAGGTTCTTCCACTTCAGGACCACCAAACACTGCTCCTACTTCTGATGGATAAAAATATTTAGGACAGGGGTGGGGGGCACTAATTTGATATAACAGTAAGTCCTGAGGGTACCCACATAGATGGCTTCCAGGTGCCAAGCAGAACCTGAGGCCAGGAATGATGAAGCTGGCATAAAACTATTGAACCAGATGTGAATTTCTCATTTGAATGAATCTCATTTGAGAACTGCAGTTGAATGCTGAACACATGAGGTCTAAGGACCCTGACCCTCTTCAAAGTCAAAAACCCCAGTACAACTCACCAGTCAGCCTTCTGGGTTCTGCACCTGTGAATACAACCATCCATGAACTGTGTAGTACTCTAGTATGTACTCATTGAAAAAAAAAAAATCTACATGTAAGTGGACCTGTTCAGATCAATCCTTGTTGTTCAAGTGTCAACTGTAACGATATATATTCATTATAGTATCATACAGGGTATTTTCACTGCCCTAAAAATTCTCTGTGCCCTGCTTATATATTCTACCAATCACTCTCACTAATCCCTGGCAATCACTGATCTCCAATTTTGTCTTTTCCAAAGTGTCTTATAGTTGGAATCATACAGTATTTAATCTTTCCAGAATGGCTTCTTTCACTTAATATATATGCATTTAAGGTCTTTTCATGGCCTGATAGTTCATTCACTTTAGCTCTGGTAATATGTTGTTTTCTTATCTGTTCACCTTCTGAAGGACATCTTGACTGCTTCCAAGTTTTGGCAGTTATAAATAAAATTGCTATAAACATTCATGTGCAAAGAAACAACCCCCACCCCCACCCCAGTCCCCAATCCAGAGCATGCATGTGCTGGTTTTTGTGTGGACATACGTTTTCAGCTTACTTGGGTAAATATCAAAGAGTGTGACTACTGTATTACTTGGTAGGATTATGTTTAGTTTTGTAAGCGATCACCAAATTGTATCCCAAAGTGGCTGTACAGTTTTGTATTTCTACCAGCACTGAATGAGCTTTCCTGTTCTACATCTTCACCAATGTTTGTCATTATTAGTATCAGATTTTGGCTCTTCTCAGATTTGTAGTGGCCTGTCTGTCTCTGTCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCTCAGCAGGTAGCTTAAAGTCTGATCTAGACTCTCTGGTTATTTGTTTTTAATACCAGGATAATCATTGTTGACATCGGAATTGGGACAGAAAGGTCTCTGACTTCTGGGGGCTTATTTTGGTTAGGAAGAAGGGAGAGGCAGTGACTACACAAGAGAATCCATAATGGCTGAGGAAGTGAAGTTTGGACTCCTTGTGACTGCTGAGTCTTCTTTTCAAAATCTTGGGACCTCTACGTTTTCCCTTGGGGAGAGCAAATGGAGTCAAAAGACTTGGGCTCATGTACCTGGGGATCATTTTATATTTTAATGTGACATCAAGAGTAAGTTACTTTACTTGATAAGCCTCTTTTGCTTAAAATAAGATGTCCTGCGTGGGTTCTCGGGCTGTCCAACTTCTGAGACCCCATGGACTTAAGGCCGCGAGGCTGCTCTGCCCATGGCATTTTCCAGGCAAGAATACTGGAGTAGGTTGCCATTTCCTACTCCAGGGGATCTTCCCGATCCAGGGATGAAACCTGCCGTCTCCTGCATTACCAGGTGGATTCTTTACCACGAGACACCTGGCAAGCCCCCAAACTTTACTGGGCTTGTCCTCAGCTTGTGGCCCAGCAGCCTCACTGGGCCTTAGCCACTCTCTGCTTTGCCGCATCCTAGCCCCGCCCACTCGTCGGAATTAAGGTCGAAACCGGAAGCAGAAGTGCGCCTCTGGGAACGGCGTGGTCTCTAGAGCCCCCCTTCCTCAGCTTACCTTATCCGTTGGCATCCGATCCGGCTAGACCCAAGCCCAGGTTCTGACTGAGAGTCTGGAGTGGCGATTGGAGAACGGGGAAGGATCATGGATATGATAGAAGGCGCAAGCAGTTCGGAACCGCAGCGCCTATTGCCAAGCTTCTCGCTCGACGCCCAGCCCTAGCTGCGCGCATAGGGCTCCAAGACCCACCGCTTTTACTCCCAGCAGCGACCGACTCCATCCCCGCCTGTTGGGGCCACGCTTTTCCCGCCTCCAGAAAGACTGCTTGATTGGTCTGTACACAGGAAGAGATGCGGACAGGGCACATGCTCAGGGTCTTTTCTCCGTCTCCTGTCCACCCTTTCTTTAAAAAGCCTCTCTCAAATCAGACTGCATTTCCGTAAGAAGATGTCCATTCTTGTATCTCATTTTCTTCCGTTAATGACGTGTCTTGAAGTACTCATTAGTTCACAGAGATCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTAACCTCTTTTACAGCTCTGTTGTGTGGAATCATCCTGTTGGTGGACGATTGAGTTGTTCCCATCTGAATGAGTTTGTCCATGTTTCTTCATTTTTATGGACTTAGGATTTTAAATTTTAAGGTCGATTTTTAGAACTTGAGTTGTTGGGTCATAGGTGCTGTTCCTGTATACTGCAAACTGCCCCCTTGTTCTGTTTTGAGCCCTCAGAGCTATATTCTGTATCCAGCAAGCTGCATACCTCTTAGTTTTCAATTAATCTTACCTGTAGATGCTTTTGGTTGTTTACACACTGTCATATCATCCAGGAATGGCAGGATGATATTCTTCCTTTATTATCTTCTAACCTATCATGTCTCCCTATCCTTGTCCACTCTCCCCAGTTTACTGTGCTGTCTGTAACATGCTTAGTAGAAGGAGCCACTCTTTTTCTGTGTCTCAAAGGCCTTCAGCTTTTATCTAGTAAATTGAAACACTTGCTGTATATTTTTGGCATGTTTTCAGGTTTAAAGACATTTCCCTTTATGCTTCTTTTTTTTGTTTACTATCATTTTTTGTAATAGTTTTCATTGTTGTTATTGTTCACTTGCCAAGTCATGCCTGACTCTTTGTGACCCCATGGACTGTAGCTCTCCAGGCTTCTCTGTCCTCCATTATCTCCCAGAGTTTGCTCAGATTCATGTCCACTGAGTCAGTGATGCTATCTAACCATTTCATCCTCTGCTGCCCTCTTCTCCTTTTGCCTTCAGTCTTTACCAACATCACAGTCTTTTCCAGTGAGTCAGCTCTTCCCATCAGGTAGCCAAAGTATTGGAGCTTCAGCTTTAGCATCAGTCCTTCCAGTGAATGTTCAGGGTTGATATCCATTAGGATTGACTGGTTTGATCTCCCTAGTCCAGGGAACTCTCAAGAGTCTTCTCCAGCACCACAGTTCGAAAGCATCAATTCTTCAGTGCTCAGCCTTCTTTATGGTCCAACTCTCACATCCCTGCATGACTACTGGAAAAACCATTGCTTTGACTATATAGACCTTTGTCAGCAAAGTGATGTCTCTGCTTTTTAATAGGCTATCAAGGTTTCTCATAGCTTTCCTTCCAAGGAGCATCTTTTAATTGTAATAGCTTTATTGAGATATAATCACATGTAACTAAAGTGTATAAACCAGTGTATTTTCGTGTATTCCCAGAGATGTGCCACCCTCACCGCAATCTAATTTTAGAAGATTTTCGTCATCCCAGAAAGAAATCCCATACTCATTAGCACTCACTCCCCATGCCTCACTACCCACCAGGCCCATGTTAGCACTGGCCTGTTTCTTGTCTTTATAGACTTGTCCATTCTGGACATTTCGTGTACATGTAATCATATAATATTTTGTCTTTTGTGAATGGTTTCTTTCACTTAGTATAATATTTTCAAGGTTCATCCACATTGTAGGAAGTATCAGTACTTAATTCCTGTTAGTGGCCAAGTAATTCTTTTGTATGGATACATCACATGTATCCACTCACAATTTAATGGGCATTTGGGTTATTTTCCACATTTTGGCTATTATAAGTAATGCTGCTGTGAGCTCTCCTGCTAAAGTTTTTGTGTGGACTTATTTTCATTTCTCTTGGGTTTATACCTAGGAGTGGAATGCTGATTCTTATGATAATCGTATATGTAACCTTTTGATAAACTGCAAATATTTCTAAAGGGGCTGTACCATTATTCTTTCCCATCAGCAAATAAGAGTTCTGATTTCTCCAGATCCTCACCAGTTGTTAGTCTTTTTGAGAATAATTATCAAAATGAGTGTCAAGTAGTATCTTGTGGTTTTAATTTGCATGTCCCTGGTAGTTAATAATAAGCATATTTTCATATGCTTAATGGCCATTGTATTTTTCTTTAGAAAAACATATTTTGCCCATTTTAAAAGTTGAGGGTTTTTTTTTTTTTTATGGAGTTGGCTGAAAATATTTTTAAATCATTAGGCAATGTTGAGTATTATCAGACTTTTTTAGTGTGTTATTGAGATGATCATACTATTTTCTACTTTGATCTATTGTGCTATGTTCAGTTGCTCAGTCATGTCCAACTCTTTGTGACCCTATGGACGATAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTTCATGGAATTTTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGGCTGCCATTTCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAGCCTAGAGATAAAACCTTCATCTCCTGCACTGGCAGGTGGATTCTTTACCATGGAGCCACAAAGGAAGCCCATATATGTATATGTATATATATGTATAAACGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATACACACACATACACATAGATATATGTATACAATGGATATAAATAAATCACTTTGCTGTACACCTGAAACTAACATGACATATATATCAATATACTTCAATTAAAAATTTTTAAACAAACTTTTAACAGAAGTTTTTAGCATTATCACAACACCATTACGACACACCCCCAAGTTAATAGTTTTTCTTGATATTATCAGTGGTCTTTAGCCAAAGGTTACCAGGAACACACAGAATTAAGCAAGTTGGATTTATTACTTATTGCAGCAAGGCAGAATGCACACTATAGTGAACTGTGGGATGTCTTAATAAAGGAGTGTTAGAAAAGACATTTGGTTTTGTACACATGAAGCTTACATAGTTTTGTAAATCATTATTACCTCAATAAAAATAAACTTAAAAATTACTTTTAAAAAGGAAAGGGAGGGACTTCCCTGATAGTCCCATGGCTAAGACTCCCAGTTTCCAGTGCAGGGAATCCACGTTCAATCCCTGGTCAGAGACCTAGATGTCACGTGCCCAACAAAGACCTGGTGCAGGAAATAAATAATAAATATTTTTTAAAAAAAGAAAGGGAAACATTGCTCTTGATAAACATATTAGCAAATTTGCTCATAAGTTTAATGAAAAAATCATAGATCATTTTAACATTCAGGAAGATTGCTTTAAAGGGCATCCAGTATAAAACTACTGACTCAGAAGCATACTGCATGGAGAAGGGAATTGGAGCCCACTCCAGTATTCTTGTTTGGAGAATTCCACGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATGGGGCCGCAAAGAGTTAGACACGACTGAGTGACTAACACTTGACTAGAATGCTTAAAAGGATGGAGCTGCATTGCTGAACTAACTCAGCATTGAGAGGGAGCAAGCTTTTTTATAATAAGTCACTTTGGGGGAAAAAAAGCACACTGCATTTTGGAATTAAAAAATGTCATTCCAAGGATCAAAAGTGTGAGTTGTAAGTCAATGTGATTTTTCAAGCTATAGTGATATTTTCCAAGGGACGTTGATATTTAAAATTGTAGTTTAATCCAACAATAATACCTTTTTTTCTCACTTTGGTAGAAATAGCTATTTTTGAAGGCAAATTCTCTAGTTTTCGAACTAATTTGTCAATGTTGAGCATTTTCTAGACTTTCTCCATGTCTGTTGACCTTTGTTAATTGAGAACCTAAAATCATGTAACTTAAAAGGAATATATCTTTGAGGTGCCAGCTGAAACCAGAAACTTTGTAAATGCCGTTACAAAGCCTTAACGTTCAAAAATTTTACCGTATTTCTCTAATCTATAAAAAAAAGAATTGGGCGCTTCCCTGGTGGCTCAGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTGATTTCATGGCTGCAAATCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCCAAATAATAAAGTCTGACACTGTTTCTACTGTTGCCCCATCTATTTCCCATTAAGTGATGGAACCAGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGTGGCTTTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCGTTAAGGGTGGTATCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCATTTCTTATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAATACCAACTTAGATAGCATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGCCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTGGTCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTATAAAGAAAGCTGAGTGCCGAAAAATGGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTTCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCTGACTCGTTGGTAAAGACCCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACAACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCGACTCGATGGACATGAGTTTGGGTAAACTCCGGGAGCTGGTGATGGACAGGGAGGCGTGGCGTGCTGCAATTCATGGGGTCGCAAGGAGTCGGACATGACTGAGCAACTGAACTGAACTGAAGTGGTGGCTCAGTAGTAAAGAATCCACCCACCCGTGCAGGAGACACGAGTTCAATCCCTGGTCTGGGCAGGTCCCACATGCTGCAGAGCAACTAAGCCCAAGCACCACAACTACTGAACCCATGTTCCACAGCTACTGAAGCCTGTGTACCACAACTAGAGAGTAGCCCCCACTCACTGCAACTAGAGAAAAGCCCACACAACAACACAGACCCAGCACAGCCTAAAGTAAATAACATTATTTTTTTTTTAAGCTGTAAGGGCCACACATTGCAGTGAATTGTTACACCTCTTAAGTCTCTTAATCAGGAAGAGTTTTCCTTTCCTCTTTCTCCTCCAAACTGGATATTTCTGATTATGTCCCCTATATATCATTAAGCGTGTCCTCTGTCCCCTCCTCTTACCCTTCTTCTATAAACTGCTAATTATATGAAAGGATTTGTTAGGATTTTTTTTTATTAAAAAATATTTTATAATTGGTATCGTCTCTTATTGCATCATATCAGAACTCATGGTGTCCAGGTGTCTCTTAAGATGTTAAGATTTATCAGCCTGATCTTCCTTTATAAAGTTGCCCAGCACATCTATTTAGTCTTAAAATTATCCCCTTCAGGTTTCTTCTTAGTTACAAAAAAAAAAGGGCGGGGGGTCACTTAATGGGGAAACCTGCTGCATACCACCTTAACCAAGTGATTGAAATTAGCATCAGTAATCAGACACACTGTTCCCAATGCCTCCTTAAGTGATTCACTGAGGACAAGCATCAGTTATAAAATACATCATCCAAAAATAAACATTGTGACTCTAACCATGAGAAAACAGACAAACTAAAACTGAGATGTAATCTGTAAAACATTTGACCTGGGACTTTTCAAACCTGAAAAGATGAAGAAAGGCCAAGGGACTGGTCCAGATTAAAGAAGATGAAAGAAACATAGTCTGAGGGCATAATCCTGGATAGGAAATTTTAAAGTGGCTGCTGTAAAGGATATTACTGGACTAGTTGGTAAAATTCTGCATATGAATTATATGTTAGATAATAAATATTAAATCCTGGTTTTGATTTTGTTAGGGAAAGTCCCCAGTTCCTATGACACTCTGAAGTATATAGGAAAAAAGGGTCTGACACCTGCAATTTCCTCTCAAGTAGTTTCCTCTCAATATTCTTGATGAAACACACACACACCCCTACAGAGAGGAGAAGGAAAGCAAATGTGACAAAACTTTAACAATTAGTAAAGAGTATAGGGAAGCTCATCACTTTTACACTAATTCTTACAACTTTTGAGTTTGAAATTTTTTCAAAGCTAGAAGTTGAAAATAAATATTCCCATTCACTTTTCACGTAATATTTTAGTAACCATTGATTGTCATTGCCTAAGTGCATTAATTTACTAGTGGTTTCAGAATGATGACTTTCTGATTTTAGCATTTTCTTCATAATAAATGGAACTTAGAATAAAGTTTGTATGATTATTCTGGAAAGAACTTTCCTGTATCATAACTATTTAGTAATAATAAAATGTTGTTCATAAAGGAGGGGACAGGATGATACAGGCTTGATTTTTTTTTTTTTTTACGAATTTTCAGAATAACAAAATTATATCCTGGTCACCTCTGGTAGTGACCATTGACCATTTTTTAGTAACATTATGGACTCATGGCTTTGTTTTATATTTGGTGTATTTCAACTGATTGTAATTACTGTTTATTAAATTGTTCCATCATAAGCCAGTGGGAACCTTTTTAAGTTTTCTCCTGTGTGGTAGATTCCTTCCTTTCTGGTATAAGCTGTTCCAGGCTTATGCTGAACATTTCTTGTTCCACACTGAACATAGTTCCCAAAGGAGTCCTGGTTTCTTATACAGAGGAATTTTAATACTAGAGGACTCATTGCTCCTGAATTGTTAGTGACTCTAGGCAATTTTGGTGGCTCAGTCTAGGGAAAAGTTTAAAATATAAGAACATACTGTATTCCCAATTCCTAATTGTTCTTGGATAAGGAGATAAATTCTTTACTGTATTATGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATGTGCATTTAGGTGCGTGTGGCTACTCTGAAGCTAGTATGAGAACTCTTACAAGGCCTCTAAGTGTTGAATATCTGTCAGGCCCAGAATCTCATGGCTTCTTTCTTCGTTTCTAG
Seq C2 exon
GTCTTCATGGTCAGAACCCTGCCAAGCCAGAAGGGAGACACACAAAAGAAAGAATGGCTGCAGGATTGCTGACAACCTGGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000039493:ENSBTAT00000056477:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]