Special

MmuINT0010235 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2152200]
Coordinates
chr7:126766012-126776786:+
Coord C1 exon
chr7:126766012-126766203
Coord A exon
chr7:126766204-126776575
Coord C2 exon
chr7:126776576-126776786
Length
10372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TGGTATCTAATCTTACCTAGGAG
3' ss Score
6.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTGCCCTAATATGCAGTGGCTGAAGAGTTTCCAGATCTGCAAAGTCTTACAGGGCTTCTCCCTAAGCCCCACCCAGCTGCACAGACGGTTGTTTTCAAGAGTTGGAGCTCCAAGATGGAATGACCATGATTCACCTGAGGAGTTTAACTTTGCAAGTGATGTCCTGGACTACTGGGCTCAAATGGAGGAG
Seq A exon
GTAAGAGGGCATCATGATGGAGCTATGGGAATGGGAGTGGCCTAGTGACTGTCCCTTGCTCAAACTAGGGGAAGGGGATACATAGATTCTCTAGAGACACAGAAGGACCTACAGCTTCTTCAAGGCAGCTGTGTAGTAGGAAGGGATTACACCTGAGGGCACATCTGCACGTCTTCTCACTTCTCTGAGTTTCAGTGGTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTACTGCTGCTGTTTTCTTTGCTTTCTGTGAAACAGGGGTTAATTTATTTTTAAAACTCACTTGTACAGTGAGTAGAAGTATCTGATGCATGTTTTTTCTTTCATAACTACGAGCTAGTGAAACGTTCTAATGGTCAGGTTCGTGGAAGTCTGAGTTCTCACCCTCAATTAGTGGGGGAGTCTAACTGAAATTCAGTTCAGCACATTGACTGTAAACCATGCCACAAGAGGGGAAAGACTCTCAGAATGTGCACAGGAGCATCTACCACATTTATATAAACCAAGTAACCTATCATCCTGTGAAGGTGACAAGGGACAAGTCTCCCTGGGGTCCTCCATGTCAGCTACATGCTTTTTCTTTCTATTGTTTTTTTTTATTGGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCCGGTTCCTCCCCACCCACCTGGAAACCCCCTATCCCATCCTCCCTCTCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCTCCATCAACCCACCCACTCCCACCTCCCTACCCTCAGTTCCCCTACACTGGAGCATCTAGAAATCCTTCATAGGACCAAAGACCTCTCCTCCCATTGATGGCTGGCAAGGCTATCTTCTGCAATGTATACAGCTGGAGTAATGTGGACCCTTTGTTGATGGCTTAGTCCCTGGGAGCTATTGGGGGACTGGTTGGTTGATATTGCTTTCTTCCTGTGAGGTTGTAACTCCTTTGGTCCTTTCTCTAAGTCCTTTATTGGGAACCCCGTGCAAAGTCCAATGGTTGGCTGCAAGCATACGTCTCTGTATTTATAAGGCTCTGGCAGGGCTTCTCAGGAGACAACCATATCAGGCTCCTTTCAGCATGCACTTCTTCACATCCACAATAGTGTCTGGGTTTGGTATCTGTATATGGGATGAATCCCGGGTTGGACAGACTCTGGATGGTATTTTCTTCAGTCTCTGCTCTACACTTTATCTCCATATTTGCTCCTGTGAGTATTTTGTTCTCCTTCTAACAAGGACTGAAGCACCCACACTTTTGTCTTTTTTCTTCTTGAGCTTCATGTGGTCTGTGAATTGTATCTTAGCTATTTGGAGCTTTGGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCATACCATGTGTGTTCTTGTATGATTGGGTTACCTCACTCAGTATGATATTTTTTCAGTTCTATCCATTTGCCTAAGAATTTCATGAATTCATCATTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCACTTCTCTGTTGAAGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTCCTGGCTATTATAAATAAGGCTGTGATGAACATAGTGGAACATGTGTCCTTATTACATGTTGAAGCATCTTCTGGGTATATGCCCAGGAATGGTAGAGCTGGATCCTAAGGTATGCCCAATTTTCTGAGGAACTGCCAAACTGATTTCCAGAGTGGTTGTAGCAGCTTGCAATCCCATTAGCAATGGAGGAGTGTTCCCCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCTGTCACCTGAGTTTTTTTATTTTAGCCATTCTGACTGCTGTGAGGTGGATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGACTAAGGATGTTGTACATCTCTTCAGGTGCTTCTAGGTCATTCAATATTCCCCAGTTAAAAATTCTTCATTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATAGGGTCATTTGATTTTTCTGGAGTCTAACTTCTTGAGTCCTTTGTATATATTGGATATTAGCCCTCTATCAGATTTAGGGTTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGTTTGTCGTTTCGTCCTATAGACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTCTGCAACTTTATGAGGTCCCCTTTGTCTATTGTTGATCTTAAAGCATAATTCATGGGTGTTCTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCTCTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGGGTATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTATAAGGAGATAAGAATGGGTCAGTTTGCTTTTTTTCTACAGTTGAACCAGCACCATTTGTTAAAAATGCTGTCTTTTTTTCACTAGATGGCTTTAGCTCCTTTGTCAAATATCAAGTGACCCTATGTGTGTGGGTTCACTTCTGGGTCTTCAGTTCTATTCCATTGATCTTCCCGCCTGTCTCTGTACCAATACCATAGTTTTTATCGCTATTGCTCTGTAATACAGCTTAAGGTAAGGGATAGTGATTATCCCAGAAGTTATTTTATTGTTGACAATAGTTTTCTCTGTCCTGGGTTTTTTTGTTATTGCAAATGAATTTGCAAATTGCTCCTTCCAATTCGTTGAAGAATTGAGTTAGAATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCCAACCCATGAGCATGGGAGATCTTTCTATCTTCTGAGATCTTCTTTGATTTCTTTCTCCAGAGACTTGAAATTCTTGTCATACAGATCTATCACTTCCTTGGTTAGAGTCACACCAAGGTATGTAATATTATTTGTGACTATTGTGAAGGGTGTAGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCATGTTTATCCTTTGAGTGGAGGAAGGCTACTGATTTGTTTGAGTTACTTTCATATCCAGCCACTTTTCTGAAGTTGTTTATCAGTTTTCGGAGTTCTCTGGTGGAATTTTTGGGGTCACTTAAGTATAATATGATATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTTCTAATTTGTATCCCGTTGAACTCCTTTTGTTGTCTAATCGCTCTAGCCAGAACTCAAGTACTATGTTGACTAGATAGGGAGAGAGTGGGCAACCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCGTTTAGTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTATATTGCATTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTACCGTGAAGGGATGCTGAATTTTGTCAAATGCTTTTTCAGCATCTAATGAAATGATCATGTGGGGTTTTTCCTTTGAGTGTGTTTAAGTAGTGGATTACATTGATGGACTTATATATATTGAGCTATCCCTGTATCCCTGGGATGAATCCTACTTGATCGTGGTGAATGATCGTTTTGATTTGTTCTTGGATTTGGTTGATAAAAAATTTATTGAGTATTTTTACATCAATTTTCATAAGGGAGATTGGACTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGTGTGATTGTGGGCTCATAGAATGAATTGGGTAGTGTTCCTTTTGTTTCTACTTTGTGGAATAGGTTGAAGAGTATTGGTATTAGGTCTTCTTTAAAGTTCTGATAGAACTCTCCACTAAACCTATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGTTTGGGAGACTATTAATGATTACTTCTATTTCCTTAGGGGTTATGGGACTGTTTAGATTTTCCAGTTTAGTTGAGTATAAACATTTGTAGTAGGATCTGATTTTTTTTTTTTGATTTCCACAGTTTCCATTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTATTAATTTGGATACTGTCTCTACACCCTCTAGTTAGTCTGGCTAAGAATTTATCTATCTTATTGATTTTCTCAAAGAACTACCTCCTGGTTTTGTTTGTTCTTTGTATAGTTCTTTTTGTTTCTATCTGGTTGATTTCAGCCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCATCTACTGCTCTTTTTTTTTCCTTAAAGCTATTTTTATTTTTTAATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCCAGTGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCACACACACTCCCCTACCCACCCACTACCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGATCAAAGGGCCTCTCTTTCCTCTGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCTGGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTATTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTATGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCTGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTCTCTACTGCTCTTGCATGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGTTCTCAGGTGTGCTGTCAAGCTGCCAGTGTAAATTCTCTCTGGTTTCTTTTTGGAGTCACTGAGATCTATGAGTTTTCCTCTTACCACTGCTCTCGTTGTGTCCCATAAGTTTTGGTATGATGTGTCTTTATTTTCATTAAATTTTTAAAAGCCTTTAATTTCTGTCTTTATTTCTTCCTTGAACAAGTTATCATCGAGTATATCATCGAGTTGTTTAGCTTCCACGTGTATGTGTTTCTTCTGTTGTTTTTGTTGGTATTTAAGACCAGCCTTAGTCATTGGTGATCTGATAGGGTGCAAGGGATTATTTCAATCTTCTTGTATTTGTTGAGGTCTGTTTTGTGACCAATTATATGGTCAATTTTGGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATTCTTTTGCTTTAGGATGAAAGGTTCTATAAATATCTGTTAGATCCGTTTGGTTTATAACTTCTATTAGTTTCATTGTGTCTCTGTTTAGTTTCTGTTTCCAGGATCTGTCCATTGCTGAGAGTAGAGTACTAAAGTCTCCCACTATTATTGTGTGGGGTATGATGTATGTTTTGAGCTTATTAAAGTTTCTTTTATGAATGTGGGTGCCCTTGCATTGGAGCACAGATGTTCAGAACTGAGAGTTCATCTTGGTAGATTTTTCCTTTGACCAGTATGAAGTGTCCTTCCTTATCCTTTTTGATAACTTTTGGTTGAAAGTCAATTTTATTCAGTATTAGAATGGCTACTCCAGCTTATTTCTTGGGACCATTTGCTTGGAAATTTGTTTTCCTGCCTTTTACTCTGAGGTAGTGTCCATCTTTTTCACTGAGGTGCATTTCCTGTATGCAGCAAAATGTTGGATCCTGTTTTTATATCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTTTTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATGTTAAGAGATATTAATGAAAAGTGATTGTTACTTCCTGCTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTAGAGGTAGAATACGTTTGTGTGGCTATCTTCTTTTAGGTTTGTTGAAAGGTTACTTGCTTTTTCTAGGGTGTAGTTTCCCTCCTTGTATTGGTGTTTTCCATCTATTATCCTTTGAAGGACTGGATTTGTGGAAAGATATTGTGTAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGATTTCTCCATCTATGGTAATTGAGAGTTTTGCTGGGTGTAGTAGCCTGGGCTGGAATTTGTGTTCTCTTAAGGTCTGTATGACATCTGCCCAGGATCTTCTAGCTTTCATAGTCTCTGGTGAAAATTCTGGTGTAATTCTGACAGCTATGACTTTATACCTGAATGTTTTCCCTTGCTGCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGATTATTATGTGACAGGAATAATTTCTCTATGCTCCAGTCTATTTGCAGTTCTGTAGGCTTCTTGTATGTTCATAGGCATCTCTTTCTTTAGATTTGAGATGTTTTCTTCTATAATTTTGTTGAAGATATTGACTGGCCCTTTAAGTTGGGAATTTTCACTCTCTTCTATACCTATTATACTTAGGTGTGGTCTTCTCATTTTGTCCTGGATTTCCTGGATGTTTTTGGTTAGGAGCTTTTGCAATTTCTTTAACTGTTGTGCTAATATTTCTTATGATATCTTCTGCACCTGAGATTCTCTATTCTATCTCTTGTATTCTGTTGGTGATGCTTACATCTATGACCCCTGATGTTTTTCCTAGATTTTCTGGTTTGTCCAGGACTTGTTATGGTTGAGGAATTGGGTTCCAATTATGCCAAGTATCCTTGGTTTCTGTTGCTTATGTTCTTATGTTTGCCTCTGATTATCTCTAGTGCTACCTGCCCTCACTATATCTAACTGGAGCCTGTCCTTCCTCTGATTCTGGTTGTGTCAGAACTCTTCAGAGTCCAACTGTCTCTGTGATCTTGTGATCTTGAGATCCTGGTTGTGTAAGAGCTCCTGGGAGTCAAGCTGCCTCTGGGACACTGAGATTCTGGTGTGACCAAGTTTCTGCGATCCTGGGATCTTGGGATCCTGGCATTCTGTGTTCCTGGTCATGTTAGAGCACCTGTGAGTGGAGCTTCTTCTGGTTGTTGTGGGACTGGCTGCAGAGTTTGTGTCCAAGGTCTGCTCACAGCACCGGCCCAGACAGGAAAGAACCTGGGCTTTCTTCATTGCTCAGATTGTAAATGTAGTTAAGAGCATTGGAAGCATGAGCTGGGTTGGGAAAGAAGAACACAGTGATAAAGAGACAGTGGTGTTAGCTTGATCCGTGTTTTCTCCATAAAACGTTGAGCTTATGGGATTAACAACCAAGTAAATCATCTTATAGGAAAGTCCAGGATGGCTGGATTTCATAACATCATAGGTGGTCACTGCCATTTCATCTGTATCTCCAATCACCACTCCCATTTACAAGCTTTCCTATCCCATTAATATTCAAATATCTTGGATCTGTCATGAGATCATGATTAATTCAGACCACTCACCATTAGCCTGTTGTGACTTTGGAGCCTCACACAGTAGTCTGTCAATATGCACTGATAGGATGAGTGAGCATGGGGTCTGTCCGTGTCAGCACTCCCGTGAAGCCTCTGCTTTCTGCAGCATCTCCTGTGAATCACTAGCAAGCATCGCTCTGAAACTGATCTGTGGTCCAATCAACAGCACTGCCCCAAACTGACAATGTGTCTATACATATATTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTCAGTCAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTATAGTTACAGTTACAGTAGTTAGAGTTGGAGTCCTGAAGCAGTCCCCAAATCTATTCAGGAGAGGCCACATTCCCATCAGCTTGTTTGTATTCTGCCTCTTACACACTCCACTCATTTGTTCATTCATAGAATTAAATTTTGATTGGCACCCAGCATGGGGATAGGAGAGTAAATGAGATACACAATGCTCAATTTTTCCTGCCATTTTCTGTTACTTCCTTCGTGCTGTTACTTTATGCTAATTGAATATTCTATGACGACATTTGTGCCTTTTTTTCCCATTTCTTTTGTGTATATTCTATTGATATTTTCCTGGTGCTTACCATGAGGACTGCATATAACATTCTGTAGCAACCAGAGTCTATTTTTAACTTTGAAAAGCTTGTCCTCAATCACACTAGAAACTCTCTCTCCCCACAGCTCTGCCCCATTCAACCCCAACCTGAGATTCCTGATGTCACAAATTCCACTTCTTTTGTACACACTTTAATGTGGGTTTATCATTGTCTTTTAAATATAATTAAAGAATAAAAGTAGAGGCCAGTGAGATGACTCAGCAGGTAAAGGCCCCGGCTGCTGCCAACCCTGACAACTAGAGTTCAGTCCCTAAGATCCACATGGTAGGAAAACATCCACTCCTGAAAGTTGTCCTCTGAAATTCACACTACAGCATGCACAACTGTAAACTCCTGAGTGTGCATGCACGTGCACACACACACACACACACACACACACACACAAATAAGTAAATAAATAATTACATGACATTATTTTAAATAATAGGTGAAGTTACAAGCCAAAAATATACCAATAATGATATCATAGTCTTATAAGTGTCTCCATGTTAATAAGAAAACATGTGTTTTCCTATTTGTTAATGTCCACTTCCTTTCATTTCAAGGTGAAGACTCCTGGAATTTCTTGTAAGGCAGGTCTGGAAGTGATGGACCCCTCCTGTTCAAATTCTCTGTGAATATTTAAATTTCTCCCTCACATTTAAAAAAAAATGTTAAGTAATTGGCTATTATTGGGGCTCTATTTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCACTTCAAATATATGATCTCAGGTCCTCTTACCTTACAAAAAGAATGTGACAGTCAAGGACAAGCTCCTCAAGGGTCTCTTGGTCTTGGACACCATTAGTTGCTGTTCTTTCAGACACTCAAGATCAGGCCTGTGCTTCCAGCCTTCCTGTGTAAATAAATTACAATTCCCATGGGTCTCATTGGGCTTCCCCTGGAGGTGTTGAGCTGTTTGTATTAGATTATTTAGGTCTTTCCTTAAACTTAGCAGTTTGGGGCCATTGTTTCTTCAGATAAGATGAACAGCTGTGTCTTCTCCTAAGACTCCCAGACTACACATGGGTCTGGAAAGCCTGCAGGTTTCTTCATTCTTGTTCTTCATGAGCAACAATTTCAGATGACCTACACTCACCTTCATCCATTTGTTTCTTCTGCCTGTTGAATCTCCTGGCAAGCCCCTCTACTGCATGCTTATTCAATTACTACATTCTGGGTCCTAGACTTTAACTTATCCCTCTTTTAAAAGGTTACTCCTCTATTGATACTTCCATTGGATTCATTTGTACTGTTTCTGATCTCCTTTTGATCTTTGTGTTTTTCTTTAGCTGTTTGAGTAAATTGAACACAGATATTAAAAATAAATATTGTCTAATAGACAAAGTCCATACAGCTTGAGTTTCTTTTGGGGAGGGGGGATCGATTTTGTCCCTTTGAATCGATGGCATCTCTCTAGTTTTTGTTTGTTTTTTGTATACCTGTGGTAATTGATTGAATGTTGGACATGTGGATGAAGAAGTCCCCCCTTTTTCAGTCATGCAGATAACTCAAGAAAGGAAGGCTGTCACTAATGTGGCTAGCTGAGGGCTCCATGTCATCTGCAGCCTTCCTGACATTTGCCTTCCCTGGTCCTTTCTGTATCCTTTCCTCCTGTTCCAGTTTTCACAGTTACATGGCCAGTGTTACTAACTACAGTTCCCTTTTAAGAATTCACCTCTGCTGCTTCTTGTGGCTTTGGCAGTTCTATTGTGTTCCTTGCTCTATCACATCTCAGCCATAGGTGCTCACCAGTCTTTATACACCATAGACCCTGCTACCCACACAGAGATAACCACCCTGAGAGTCAAATTATGATGGCATTCCCCTATGACCTTCAAATCAGGCAGGAGAGAAAGCAGTTCACCCAGTGTCTCCTGAATAGGTCAGGACACTGCAAACAAGTTCCAGCCTTCTCCATGCACCTGGAGTTGGGTGGCTTCCCCTTGTTTGCACTGCACCACACCAAAGGTGTGGCAAGAAAGGACAAGAAAGAATGACACAAAATACCCTGCATTCTGAGAGTGGTTTTAGCTGCTCAACTGTTGCAGGCCCTTCACTGATTTCTAAGGTTCTCACAGAGCTACTTTGGGCAATCTGTTATTGTTTGATATTTCTGTGAGGAAACAAGGACCAGTAGGTTCCTTCTATTCTGTGTTCACGTCCTACCACTAGTAATACCTTTTAAAATGTTACCTAAATATTTAGCTATGACTTCACCCTCTTTCCTTTTTCCATGATACTATTTTATTGA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Seq C2 exon
GAGGGCAAGAGAGGACCAAGTCCAGCCTTTTGGTGGGTGAATGGCCAAGGAGATGAAATAAAGTGGAGCTTCAGGAAGCTGAGGGACCTCACCTGTCGCACTGCCAACGTCTTTGAGCAGATTTGTGGCCTGCAGCAAGGAGATCACCTGGCCTTGATTCTGCCCCGAGTGCCCGAGTGGTGGTTGGTGACAGTGGGCTGCATGCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000033533-Acsm1:NM_054094:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.5=3.3)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types