BtaINT0013146 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001417 | ACSM1
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18049]
Coordinates
chr25:18362837-18393359:+
Coord C1 exon
chr25:18362837-18363079
Coord A exon
chr25:18363080-18393148
Coord C2 exon
chr25:18393149-18393359
Length
30069 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TGGTATATGATCTTAACCAGGAG
3' ss Score
4.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGGGCAAGAGAAGTCCAAACCCAGCCCTGTGGTGGGTGAACGATCAAGGGGATGAAGTGAAGTGGAGCTTCAGAGAGATGACAGACTTAACCTGTCGCACAGCCAACGTCCTGACACAGACCTGCGGCCTTCAGACGGGAGACCGTCTAGCGTTGATTTTGCCTCGAGTGCCTGAGTGGTGGCTTGTGTGTGTGGGCTGCATCCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001417:ENSBTAT00000001859:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.031 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.5=3.1)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]