MmuINT1003730 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000033533 | Acsm1
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2152200]
Coordinates
chr7:119622498-119633272:+
Coord C1 exon
chr7:119622498-119622689
Coord A exon
chr7:119622690-119633061
Coord C2 exon
chr7:119633062-119633272
Length
10372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TGGTATCTAATCTTACCTAGGAG
3' ss Score
6.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTGCCCTAATATGCAGTGGCTGAAGAGTTTCCAGATCTGCAAAGTCTTACAGGGCTTCTCCCTAAGCCCCACCCAGCTGCACAGACGGTTGTTTTCAAGAGTTGGAGCTCCAAGATGGAATGACCATGATTCACCTGAGGAGTTTAACTTTGCAAGTGATGTCCTGGACTACTGGGCTCAAATGGAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGGGCAAGAGAGGACCAAGTCCAGCCTTTTGGTGGGTGAATGGCCAAGGAGATGAAATAAAGTGGAGCTTCAGGAAGCTGAGGGACCTCACCTGTCGCACTGCCAACGTCTTTGAGCAGATTTGTGGCCTGCAGCAAGGAGATCACCTGGCCTTGATTCTGCCCCGAGTGCCCGAGTGGTGGTTGGTGACAGTGGGCTGCATGCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000033533:ENSMUST00000047929:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.002
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.5=3.3)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types