HsaINT1002658 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000166743 | ACSM1
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18049]
Coordinates
chr16:20685193-20691256:-
Coord C1 exon
chr16:20690997-20691256
Coord A exon
chr16:20685404-20690996
Coord C2 exon
chr16:20685193-20685403
Length
5593 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TAATATATGGTCTTGACCAGGAG
3' ss Score
5.32
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCATCTCTTCCCAAGGCAGGTGGTGACTTGAGAACTCTGTGCCTGGTTTCTGAGGACTGTTTCACCATGCAGTGGCTAATGAGGTTCCGGACCCTCTGGGGCATCCACAAATCCTTCCACAACATCCACCCTGCCCCTTCACAGCTGCGCTGCCGGTCTTTATCAGAATTTGGAGCCCCAAGATGGAATGACTATGAAGTACCGGAGGAATTTAACTTTGCAAGTTATGTACTGGACTACTGGGCTCAAAAGGAGAAG
Seq A exon
GTAAGAGATCTGCCGTGATGGCGATATAAGAACAAGGGTGGCCTCACTTTCCTTATCTTGCTCCTACTAGGCTGAAAGGTATGGAACCAAAGTTACTTCTGCCTCAACTTATCAGTGTTGTGGAAGAAGCTTATATTTCAAGGTTCTATTCCCAGCCTGGCCATTTCCTTACTTCATTGAGCCTCAGTGGTTTCATCTATGAAATGAGGAATTAACTCCTTTAAAAACAAGAAAATAGGTAAATATATCTTTTATTCAATCAGGGTACTATAATTGTGACCAGGTGCAAAGTTCTAGTCACAAGGTCAGCAAATTCGTATTAGTCTGAGTTCTCATCTTCAGTGAATGGGACAATGTGTCTTAACTGGTATTCATGTCATCAAACTTGGGCTTGACTTGAGACTGCATGCAGAGGAGGGGATAGACCACCTGAATGTGCACATGAGTGTCTGACACATTTACCTATGTTAGGCCATCCATCTTCCCATGAGGATGGCAAGTCTAATTAGATTCCTCCTTGTCAACTACCTACTTGACTGTGGCTTTAAGGTATGTCAAGAAAAACCAAGCCCTGTGTCTTCCAGAGGTTATGTGTTTCTGCAGAAAACCCCAAGTGCTTGGTTTGTCTTCTCACAAGACACAGACCAAGAGAGAAGCAGTAGTGACATTAGGAGTCAGGTAGACAATGGATGGTATTTATAGCCACTAACTCCCAGCTGCCAATATGGTAGTGTAAAAAGTCACCCAGCACTGTCTTTGTACAGAAGAGAGAATCCCCCTGAGATGGAATTGGAGAGTTAATATAATTTTTAAGTGTTCCATGAATATGTATTCATGTATTACTATCCAAAGCCTACATGCCTTTATGGCATCTTCCTCCCCACCACCTTCTTTTTCTTTTCTCTGAATTTGCATAGTAACCTCAAGAAAAATAAAACCCTCAGTTACAGAGAGCATTGTTATGTGCCTTGGCAATCACCTTGCATTTAATCATCTAATTAGATGTGTACTGTTATTGTCTCTATTTCCTTAATGAAGAAACTGAGGTTCCAAGGATTTAATGAATATACTGAAATCACATGTCTAATAAGTGGGAGAGCAGGGTTTGGGTCCAGGCTGTCTGATTTCACAATCCATTATTTAACCTAGTCTCCCAATCTGATGATGCCAAAATATCTCTGCCTTAAGAGTATAAATTCATTTTTTTCATTGCCCAGACTGGAAATCTGGTTGAGAATTTTTGAAACAAGATGGGTTGGAGAGGAAGGAAGTAAAAGGAGGAGGTGAATGGGTGAACATTACTATATAAATTTGAGTAATATAAATGCAATTTTGTTTTTCAAAATTAATATTAAACTATAAGCATTTTATTATAAAAACAATTCTAAAAGTTTTTCATTGATTTTATCATATTCAATCACATAGAAGTAGCTTAATTTTTGCAGACAGCATGTAGTTGGATTTTTTTTTTATCCATTCTGCCAATCTATGTCTTTTGACTGGGGAGTTTAGTCCACTTACATTTAAAGTAACTACTGACAGGCAAGGATTTACTATTGCCATTTTGGTAATTGTTTTCTTGATGTCTTATAGCTTTTCTGTCTCTCATTTCCTCTCTTACTGACATCTTTTGTGTTTACTTGAGTTTTTGTAGTGACACACTTTGATTTTCTTCTCATTTCCTTTTGTGTATATTCAATAAATATTTGCCTTGTGGTTACCATGGGAATTAAATATGATATCTTGTAGTTCTAGCAATCTATTTAATACTGATAACAACTTAATTTTAATCACATACAAAAACCCTACTCCCATGACATTATAAGGCCAATAATGAAAATTAAATGTAAAAATCCTTCCCCTTTACAGTTCTATCCCAGCCAGCCCCTCCCCACACTTTATGTTATTGATGTCATCAATAACATTTTTGTATATTGCTTAATTAACATTTATTTAACATAGATATTGTAAATATATGTTAACATATATTAATATATAATATAATATATTAACATATTAAATATATGTTAATAAGTTAACATATATTTATAATTATTTTTATGATTTGTTTTTTAAATACTGTAACAAATAACAAGTGGAGTTACAAACCAAACTTATAATAATATTGATTTTTATATTTGTCCATGAATTTATATTTACAAGAGAACTTTACATTTTCATATTTGAGTTCCTCTCCAGCATTCTTTTATTTCACCTTGAGGACTTCCTTTAGCATTTCTTGTAGGGGCAAGTCTAGGGATAGTGAACTTTGACTTTTGTTTATCTGGGAATACCCTAATTTCCCCTTTACTTTTGAAGAATCTTTCTGGATGTAAAATTCTTGGTTGGCTTTTTTTTTCTTTAAGCCCTTTAAATATATCATCCACTTCTTTCTGGCCTCAAGGTTTCTACTGAGAAATCCACTGATAATCTTATTGAGAATCTCTTGTACATGAGTTGCTTTTCTCTTGCTGATTTCAGTTTAATTATAATGTGTCTTGATATTGGTCCTCCTTGGATTTATTCTACTTGAGGTTTATTGAGCTTCTCATATTTGTATTACCATGCATTGTCTCAAATTTGGGGATCATGGGGCCAATATTTCTTCCAATAACCTCTATGCCCATTTCTTTCTCTTTCTTTTTCTAGAATGCCCAAAATGGGTATATTGGTTGGCTTGATAGTGTCCTATAATTCCCTCAAACTCTGTTTATTTTTCTTCCTTCTTTTTAACTTTTTCTTCTCAGATTCAGTAATTTTAAATGACCTGTCTATGTTTATGGATTTTTTCTTCTACCTATTTGAATCTGCCATTGAACCCCTAGTGAATTTTCAATTTAGTTACTATGTTTATTTAGTTACTATATTTTTCAGCTCCAAATATTGTTTGGTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTGCTTAGTCTCCCAGGCTGGAGCGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCATGCAACTATGCCTGGCTTATCTTTTGTACTTTTAATAGAGATGGGGTTTTGCCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGGTAGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGTTTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCGGGTTCTTTTTTAATATATAGTTTCTATCTTTTTGTTGGTATTGTTATTTTGTTCATATATAGTTTTTCTAATTTCCTTTAGGTGTGGATCTGTGGTTTCCTTTAGCTCTTTGAGCATATTTAAGACAATTGATTTAAAATCTTTGCCTAGTAGCTGAATCCTGTGTTTATTTAGGGTTTGTTTCTGGAGATTTATTTTGCTCCCTTGAATGAGCCATGTTTTCCTGCTCCTTTGTGTGCTTTATGTTTTTATGTTGAAAGTTAGGCATTTGAAAAAAGCAGCCCCCCTCTCTCAGTCTTGAAGAGCAGCTGCATGCAGGGGTAGACCTTCACTAATCTTCATAGTGTGAAGGCTTTAGGCCTTCTCAGGCCTTTTCTAGCATTTATCTTTCCTTGGCCTCTGTGTGTGCATCCCGCCCCACCTCGCTAATTTTCCCGTATAAATGGCTGTTTTAATTTCTTAATTTCCCTAAAAGTCTCTTCCTTGCTTCTCTTCAGGGTCTTACATGTTTTATTGTATTTCTCTTTCCCCTACGTGCCTGCAGGTCTGATGTTTTTGCACAGCCTGTTACCCACCACTGCTTTCAGAGACCCCCAACATCATATTCAAATTATGCCATGGTTTCTATCTGACCTGCAAGTCAGGCAAGACAGAAGCCAGTCCCTCCGCAACCCTTGGACAAGCCAGAACATTGTAAACAAGTTTCACTCCTTTCCTTCAGTCCTGAGAGAAGAGGTGGGAGTTGGGGGGCTTCCTCTTGACTGCACCGCACCACACCAGAAAGAGATGGGGGCAATGGTGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACAAAATTTTCTACCATTTTGAGTATGGCTTTTTCATTTTTTTCCTTTTTAAATTTTTAATCATACGTATTTAAGGTGTACAACATGATGTCTTCTTGTACATATACTACTGCAGTCATACCAATTAACATGTTAATCACTTTCCATAGTTAAACTTTTTTTTTTTCTTTTTTGAGACAGGGTCTCATTCTGTCTCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCACAATCACTGTAGCCTGAAACTGGGCTCAGGCTATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGGTGTGTGCCACCTCGCCTGGCTCTATATTTAGCTTTTATTTATTTATTTTTATTTTACTTTAAGTTCCGGGATACAAGTGCAGAACATGTAGGTTTGTTATGTAGGTATATGCGTGTCATGGTGGTTTTCTGCACCTATCAACTGGTCATCTAGGTTTTAAACCCCGCATGCATTAGCTATTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCATGGCCCCTGACCCGTCAGACTGGCCCCAGTGTGTGTTGTTCCCCTGCCTGTGTAAGTGGGAATTGAGTATGGCTTTTTCATGACTGGGGGCATTTGTTTGGTTTTCTGCAGATCCTTGGCTGGTTTCTAGACCTCCCATGAAGCTATTTCAGTCCATCTGTTGTTTCTGTAGGTAGAATCTTGCTGTTTCTATGAGGCAAAAAAGGGCCTGGAGCTTCCTAGTCTGCTTTGTTACTGCCCTCACCTCTAAGAGTAACTTAATTAAAAAAATTTTTTTCAAAAATTTAGCAATTAAGTAAGCCTCTTTTGTTTTGTTTTATTGTGATAATAATAATATTTATTGAGCATTTACTATGTGACAGGCACTCTTACATGCTTTATGTAAATAACTTATTTAAACTTTGCTACTTTCTAGGTAATAATTATTGTCAGCATTTTATTGAGGAGAAACTAAGGCACAGAGAAGAATGCACAGTCCATATGGAATTAAGGCAGGCATGTGGTGGAATGGAGTTTTAAATCTTCAATAGGAAGCATAAAGGCTGTTTATGGTCTTATGTGGCTTGAGGCAGGGTGGCTACAGTAGGCCAGAAGTCCCGCTCCACCCCTAAACCTCTCCTGATGCTATAAGTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTGTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAATAGCTGAGATTACAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTAAATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCATGATCAACCTGCCTCCACCTCCTAAAGTACTGGAATTACAAGCATGAGCCACTGCGCCTGGCTGTATAAATGTTTTAAAATGGGATCTCAGTCCTTAAGCTGTGTTCACATTGGAACGTGACTATGGCTGTGGATTAGTTTACTAAGTGCCCTTTTTCTTTGAAGCAGAAAATAACACATAATATATGGTCTTGACCAG
Seq C2 exon
GAGGGCAAGAGAGGTCCAAATCCAGCTTTTTGGTGGGTGAATGGCCAAGGGGATGAAGTAAAGTGGAGCTTCAGAGAGATGGGAGACCTAACCCGCCGTGTAGCCAACGTCTTCACACAGACCTGTGGCCTACAACAGGGAGACCATCTGGCCTTGATGCTGCCTCGAGTTCCTGAGTGGTGGCTGGTGGCTGTGGGCTGCATGCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166743:ENST00000307493:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.7=4.7)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains