MmuINT0014995 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022309 | Angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108448]
Coordinates
chr15:42476378-42496459:-
Coord C1 exon
chr15:42496227-42496459
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr15:42476378-42476505
Length
19721 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
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3' ss Score
8.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTGCTAAAGGGAGGAAAAAGAGAAGAAGAGAAACCATTTCGAGACTGTGCAGATGTATATCAAGCTGGTTTTAATAAAAGTGGAATCTACACTATTTATTTTAATAATATGCCAGAACCCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022309:ENSMUST00000022921:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.190 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF089195=F_actin_bind=WD(100=64.6)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(14.0=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types