HsaINT0007970 @ hg19
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Seq C2 exon
TTTTACTAAAGGGAGGAAAAAGAGAGGAAGAGAAACCATTTAGAGACTGTGCAGATGTATATCAAGCTGGTTTTAATAAAAGTGGAATCTACACTATTTATATTAATAATATGCCAGAACCCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154188-ANGPT1:NM_001146:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.214 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF097384=DUF2051=PU(66.0=94.3),PF089195=F_actin_bind=WD(100=70.0)
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=PD(1.9=2.3),PF0014713=Fibrinogen_C=PU(14.0=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)