DreINT0029625 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030364 | angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010817-1]
Coordinates
chr19:47266269-47279485:-
Coord C1 exon
chr19:47279244-47279485
Coord A exon
chr19:47266397-47279243
Coord C2 exon
chr19:47266269-47266396
Length
12847 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TGTGTTTTGTGTGTTTTCAGTGG
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGTACCGAACAGCACCAAGCAGGCTGACGAGGAGCGAAAGTTTCGGGATTGTGCTGATCTTTATCAAGCAGGCTTCCAGAAAAACGGAGTTTACACCATCAATATTAGCCCACAAGAGACCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030364:ENSDART00000043713:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.488 A=NA C2=0.256
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(13.6=67.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]