RnoINT0017292 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005854 | Angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:628896]
Coordinates
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Length
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
TTTTGCTAAAGGGAGGAAAAAGAGAAGAAGAGAAACCATTTCGAGACTGTGCAGATGTATATCAAGCTGGTTTTAATAAGAGTGGAATCTACACTATTTATTTTAATAATATGCCAGAACCCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005854:ENSRNOT00000007979:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.186 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF089195=F_actin_bind=PU(96.6=73.1)
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=PD(1.7=2.3),PF0014713=Fibrinogen_C=PU(14.0=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]