MmuINT0015656 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022237 | Ankrd33b
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917904]
Coordinates
chr15:31234747-31254970:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
19953 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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10.77
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATGTCACCATCACCAACTACTTGCTGAATTATTTCCCTGGTCTGGACCTAGAAAGGAGGAACATATTTGGATTCACGGCCCTCATGAAAGCGGCCATGCAGGGCAGAACGGAATGTGTGCGAGCCCTTATGATGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022237-Ankrd33b:NM_027496:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.086
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=FE(47.8=100)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(23.3=43.8),PF127962=Ank_2=PU(47.1=68.8)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: