BtaINT0018444 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011337 | ANKRD33B
Description
Bos taurus ankyrin repeat domain 33B (ANKRD33B), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001205847]
Coordinates
chr20:62736496-62759044:-
Coord C1 exon
chr20:62758915-62759044
Coord A exon
chr20:62736637-62758914
Coord C2 exon
chr20:62736496-62736636
Length
22278 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GTGTGCATTTCTCTTTGCAGGGC
3' ss Score
11.58
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCGGCCTTATTGTCGCCTGCTACCACGGCTTTGTGGATACTGTGGTGATCTTAGCAGAGTGCCCCCATGTTGATGTCAACTGGCAGGACAGCGAGGGGAACACGGCCCTCATCACGGCTGCCCAGGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCACGTCACCATCACCAACTACTTGTTGAACTATTTCCCTGGTCTTGACCTTGAAAGGAGGAACGCATTCGGGTTCACGGCCCTGATGAAAGCAGCCATGCAGGGCCGGACAGAGTGCATCCGAGCCCTGATGCTAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011337:ENSBTAT00000015064:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF136371=Ank_4=PD(32.1=40.9),PF127962=Ank_2=PU(32.9=61.4)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(57.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]