RnoINT0017833 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010888 | Ankrd33b
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:RGD Symbol;Acc:1564227]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
20671 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATGCCACCATCACCAACTACTTGCTGAATTATTTCCCCGGTCTGGACCTAGAAAGGAGGAACATATTCGGCTTCACAGCTCTCATGAAGGCAGCCATGCAGGGTAGAACAGAATGTGTGCGAGCCCTGATGCTAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010888:ENSRNOT00000059565:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.068 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=FE(43.4=100)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(21.2=43.8),PF127962=Ank_2=PU(46.5=68.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]