MmuINT0027932 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000017412 | Cacnb4
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103301]
Coordinates
chr2:52292406-52305565:-
Coord C1 exon
chr2:52305470-52305565
Coord A exon
chr2:52292592-52305469
Coord C2 exon
chr2:52292406-52292591
Length
12878 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
GATTTTCTTATAATCTGCAGGAA
3' ss Score
7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTACAGCGGCTGATTAAGTCCAGAGGAAAGTCCCAAAGCAAACACTTGAATGTTCAACTGGTGGCGGCCGATAAACTGGCCCAGTGCCCGCCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAATGTTTGATGTTATATTAGATGAGAATCAACTTGAGGATGCCTGTGAACATCTGGGAGAGTACCTGGAGGCATACTGGCGTGCCACCCACACGAGCAGTAGCACCCCTATGACCCCATTACTGGGGCGGAACGTGGGCTCCACAGCCCTCTCACCATATCCCACAGCAATCTCTGGATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000017412-Cacnb4:NM_001037099:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.435
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(17.1=100)
A:
NA
C2:
PF0062516=Guanylate_kin=PD(13.8=40.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: