MmuINT0036338 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031952 | Chst5
Description
carbohydrate (N-acetylglucosamine 6-O) sulfotransferase 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1931825]
Coordinates
chr8:111889136-111910447:-
Coord C1 exon
chr8:111910132-111910447
Coord A exon
chr8:111891002-111910131
Coord C2 exon
chr8:111889136-111891001
Length
19130 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
TTACCCCTCCTTTTTTTTAGGCC
3' ss Score
11.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031952:ENSMUST00000034430:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0068522=Sulfotransfer_1=WD(100=80.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types