MmuINT0036338 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031952 | Chst5
Description
carbohydrate (N-acetylglucosamine 6-O) sulfotransferase 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1931825]
Coordinates
chr8:114413035-114434099:-
Coord C1 exon
chr8:114434032-114434099
Coord A exon
chr8:114414902-114434031
Coord C2 exon
chr8:114413035-114414901
Length
19130 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
TTACCCCTCCTTTTTTTTAGGCC
3' ss Score
11.34
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCACCGACTGAGCGGCTCTTTGTGTGCGCCCTGGGTGCGCAGCGCAGAAGCGCAGCGGGCAGCGCAG
Seq A exon
GTAGAGCGGGGCCGGGACGGGGGAGGGGACGGGGTGCCTGCTCCAGGGTGGGGGGCCCGGGTCTTCGTGATAACTAAGGTTAAGGATAACTAAGGACTCCTGCACCCCAACATCTCGTTCTTACTGCTCTTCCGGGATTCCTATCTGGTTTTCTCCAAGTGTTTCTTATATGTTAGTACCCCATCGGTGCCCTCTAGATTCCCGGGCCGATGTCACTGGATGTCCCTTCTTCGCTGTGGGATCGTAAGAACGGAGTCTGTCCCCGTGGATTCCCAGGGAAGAAGGACTGCTTGTGGGGTAGAAATCGGAAGGGACCAGTCCTAGGAGTCTTTGTTGAGCCTGGGGAGAGAGCGGTTCTCCTCTGGGCGGCAGGGCCAGTTCGTGGGCAAACTCCAAGCTTTCGGGTATAGATGAGTAATCAGGTCTCCAGGTGGGATGTTCCATTTCAAGGAGGGATTTGGACTGAACTGGAGACGCAGCTCTCGTAGCTCACCGGTCTGACAGCTTAGCCAGGCTTGGTGGCGAGAGTGAATTGTGTATAATGTGTGTCATAGTGACAAGTTATGGTTCGCAGGGCTCTTGGAAATGGTCAGTCCGCCAGGGGCTTCACCCCTCCTTTCCCTCTCCCATCCACTAGTAGTGCATCATTTTAAGCTTGCTCAAGAGCTTTGTCACAGAATGCTGAAGAAAAAAATTAGTTTGCAACCAGATCTAGAATTTGGGTCTAGTGGCTTGGCTTTTCGATGTTCAGTCTTGGACACAGCAGTGGGTTTTCTTGGCCGCAGTATGTGCTGTGCGCACCCCAAAAAATGTTCCTTTCTCTTTCCTCCTAATACATAGCAGGAAGGGGAAACAAATTCAATTCCCCCCACACTTCGGAAGGAGGGCTTAAGGGTTCTGGGATTTGAGGCCTGATTACTTGGTACGGTCCAGGCTGTCACTGTAGCCCAGGGTGGCCTGGCCTCCAACTCATAAATTCTGGGATTACAGGACTGTGTTGCCATGCTCTTAGCTAAATACACCAAATGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTTTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTTCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTAAATGCTGTCTTTTTAAAGATGAGGGAATTGAGGCTCGAACACGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAGGGGGGGAGGCTGGGGCTAGGCTGACTGGAAGCCCGGGTGCAGAAAGAGCTACATACAGGGAAGAGAAGACAGTGGGTGGGGTGACTCGTTCTAGTCTCATTTTACGAAGGAATCTGACATAGGCTATGAACCCAAAAGCCAGGCTTCCAGCCATGATTTCTCAGTCTTCTGTGTTGTGTGCACTTGTGTTTTCTCTGCCTGTACTAGCTGCCTTTTGTTAGAGTCAGAGGGTCATCAAAGTCTGTCTGGACTGCTGTGCTAGGGGTTTTCTTATGTGAGGAATTTCTCTTAGGTTCATAGAATAATATAATTATGACTCAGATCACAAGATCACCTGACTAGTGGTTTTGTTTTTTGTTTTTTGGGGTGTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGGTTTTTTGTTTGTTTGGGTTTTTTTGTGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTTTTTTGGTTTTTCGAGGCTGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCCCAGGTGCTGGGATTAAGGGCATGCGCCACCACTGCCCGGCTAAGACTAGTGTTATTTTAAGTGCTTTAGAAATATGAGCATCCCCGTCTTGAGTCGGAGCCCGTAAGTTAGGGATACTATGTCCTCTGTTTTATCAATCTAAAGTAAAAAACAGGCACAGAGAGATTAAGTAACCTGGTCCCTCCGATGGAACAGGGTCCAGCTTCTAGCCTCACTGGAGGACACACGCCATGTAGATTTGCACAGACAGGAGTATACTGGATGGTACTGACAGCCTTCAGCATCACCTAAGACAAGTCCATATTGAAATTTCTCCCATTATCTTTAAGATAGCTTCTAGAGATCATTTTGTCTTGTTTTGTTTCAAATTGAAGTATGTCCTACGACACCGTTTGACTGTTTCAACTTCCTTTCTTCTCAACTAATCCTTTTTAGTGACGTCATTGACTTGGGCAAATACTTTGCTCTTTTAAACATAAAGTCATTTAAAAATTACTCAGAAGGCTGTAGCTGGTCTTTTGCTACTTTTGGGGTTCTTTTCCCCACCCTTCATCCTCTCTGCCTTCCCCAGTTTCAGCCTGAATCACTCCATAGGAGAGAAAGAGAGAGATCCTTGAATCTAATTTCTTTTTTCGGTCTTTGCTCATAGCTGGTCTTTACTACTTTGTGGGGTGCTGCTTTGTCCCACCCTGTATCCCCCACCCCCAGTTTCACTCACTATTGCTAGACAGAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAAAGATCTTTGAATCTAATTTCTTTTTGTTTCTGCTTGGGGCACGACTATTAACAAACCACAACCAACCCACCTTGAATGACTGCAACCCCCACCTAGTGGAGCTCTAGTGTTTATAGACCCTCTGAAAAGTTCCCAGAATTCCAAACATCACACAATCACAGAAACTATCTGCAGCTGGTTAAACCACGCCCCTGCTAGAGCAGGAGGCAAATCAGAGTCAGCCACTGGGAAGCAGCTCCACACGTGATAGTAAAGCAAAAACACGTTCTGGTTTCTCTCTGGGGTTTGCTTTGTTTGTTTTTCCAAGACAGGGTTTCTCCAAATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCATCCCGAGTGCTGGAATTAAAGCCGTGCGCCACCACCGCCCGGCTCTTTCTGTGTTTTTTAAAGAGCCTAAAATTCCAGAATTCTCATCTCAAAGGGTTGTGCATGGCACAGGTCTTTAATCTCAGAGACCCGAGCAAGATGAACTGAGTTGGAAGACAGACCACTCACTCCACAGCATAGCACATTCCAGGCTAGACAGAGCTACTGAGTGTGATGCTGTCTCTAAGTAAATAAACAAATGAACAAACAAACAAATATGAATAAATAAATCAGAGAACATTCTAGATGCTCTCTATAAGGGCTCTGCCAAGGAAGCACGGGGATATGTTAAATGTATACTCCCTATATAATATCCTGTGTTGCTATGGGAAGGAGCTTCACAGTTCAGGATCCCTCTATATGATTCTATGATTTTTAATAATTCTTTTTTTCTCAAAGATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTTAGACACACCAGAAGAGGGCGTCATCTCATTATGGACGGTTGTGAGCCACCATTTGGTTGCTGAGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTAATAATTCTTAAAGATATTTATTTTATGTGTATACATGCATTCCTGAGTGTATCTATAGGCATCAAGTGCATGAAGGAGCCAGGAGATTAAAAAAGGCATCTGATTCCTTAGAACTAAGGTTAGTTCTTCCCTACCCCCCCCCACCCCACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTGTAGTCCTGGCTTCCTGGAACTCTGTAGACCAACCTGGCCTCGAACTCAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTCTGGAGTATACCAGCACTGCCTAAGAGATTTTGCTTTCATTGACAATTCCTGACTCAGAACAGCTTCTCTAAGGCAGATCAGATATCATATAAACTAGAATTTCTCTTTTCTCCTCCCAAGTCAGGTCATAAAAGCTCAAACTCACCTTCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCGCAGTGCACCTTGGAGCTTCTGGTTGTCCAGGAATTGTCTGAGTGCCTTGTCTAAAGTAGACAGAGTATCTTGAGGGGTCTTGCTCCATACCCCATGCCCTGGAGAAAGGAATGCTGCACAGAAAAGTCAAAGAATCTAGACTGACAGGCTCTGCTGGGTTCTGCACACCATGTAGCAGAAGACGTGCAGGGGAGGGAGTGTGTCTAAAAGCGGGAAAGGACAGAGTCCAGAGAGATTACTTGAGGTCTGTGCACCTGGAGAGGACCATGACGTCACTTCTCCTTTCCCACCCGAGATGTATGTTTTTATCTGTATCCTTTGTATGAAAATAAGTCTCCCCCTGAGTTCTGTGAGGCAGTCAAATAAATTAACCGAATTCCGGGAAGGAGTGAGTCATGGGAACTCCAGTCTTTAGCTGGTGGACCAGTCAAGCAAGCTGGAACTTGTTAACACACACCTAAAGAAGAAAGAAGGGTCTCAGAGCATGGTCCTTGAACTTGTGTCTCTAGGAAGCCTGAGTCAGAACTGAATTGACTTCAATGATCCACCGTCTCCTGAAGCTTGAATTGAATTGACTTACAAGAGGCACAGCCACTGCAGGATTGGTCGCTTGTATGGTAGTAGAATTCCCCACCATTCTGTAGGTCGCAGGGGCCTTCAGTGCTGATTGTGATATGAGAATAGGGGGAAAATAAATCAAAATCCAATATTTTTTCTCCATAACGCCCCCCCCTTTTTTTTTTTACTTCTGAGAATGGAACCTAGAGTCCCATGCATGCTAGCCAACTGTTCTAAAACCACTGAGCAACATTCCCAGTCCCAGAAAACTGTTTCTCCAAAGCAGAATTCCAGATGCTCAGAACTAAGGAAAGCAGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCTTGTATGCGTGGGTGCATGTGTGTTCGCGCGCATGTTTGGGGTTGTATGTTTTGGTATCGG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Seq C2 exon
GCCCTAGCCAGAGGTATGCGGCTACCCCGTTTCTCCAGCACTGTCATGCTTTCGCTCCTGATGGTACAGACTGGCATCCTGGTCTTCCTGGTCTCCCGGCAAGTGCCATCGTCCCCAGCAGGCCTTGGGGAGCGTGTGCACGTGCTGGTACTGTCCTCGTGGCGCTCGGGCTCGTCCTTCGTGGGCCAGCTCTTCAGCCAACACCCCGATGTCTTCTACCTGATGGAGCCGGCTTGGCACGTCTGGGATACGTTGTCGCAGGGCAGTGCCCCCGCACTCCACATGGCCGTGCGTGACCTGATCCGCTCAGTGTTCCTATGCGACATGGACGTATTTGATGCCTACCTGCCCTGGCGCCGCAACATCTCGGATCTCTTCCAGTGGGCGGTGAGCCGCGCATTGTGCTCACCTCCGGTCTGCGAAGCCTTCGCTCGTGGCAACATCAGCAGCGAGGAGGTGTGTAAGCCTCTGTGCGCAACGCGGCCCTTCGGCCTGGCTCAGGAAGCCTGCAGCTCCTATAGTCACGTCGTGCTCAAGGAGGTGCGCTTCTTTAACCTACAGGTGCTCTACCCGCTGCTCAGCGACCCTGCGCTCAACCTGCGCATCGTGCACCTAGTGCGCGACCCGCGGGCCGTGCTGCGCTCCCGAGAGCAGACAGCCAAGGCGCTGGCACGGGACAATGGCATCGTCCTGGGTACCAACGGCACGTGGGTGGAGGCGGACCCCCGGCTGCGCGTGGTCAACGAGGTATGCCGCAGCCATGTGCGCATCGCAGAGGCAGCCTTGCACAAGCCGCCGCCCTTCTTGCAAGATCGCTACCGCCTGGTGCGCTACGAGGATCTGGCCCGGGACCCACTCACCGTAATCCGTGAACTCTATGCCTTCACCGGCCTGGGTCTCACGCCGCAGCTCCAGACTTGGATCCACAATATCACGCATGGTTCAGGGCCAGGCGCGCGCCGTGAAGCCTTCAAGACCACATCCAGGGATGCGCTCAGTGTATCCCAGGCCTGGCGCCACACGCTGCCCTTTGCCAAGATTCGCCGGGTCCAGGAACTGTGCGGGGGTGCACTGCAGCTGCTGGGTTACCGGTCTGTGCATTCGGAGCTTGAGCAAAGGGACCTCTCTCTGGACCTCCTGCTGCCAAGAGGCATGGACAGTTTCAAGTGGGCATCGTCCACGGAGAAGCAACCGGAATCTTAGAATTTTAGTGGAGAGACCCAGCTATAACATTAGGGTCTATTGGAGTATGATAAAGAAAGGGCTTGGAGAACCCAAAAGCAAGTAGCTGGGAGTGTGAGTGATCTTGTCCTGTACTAGGAAAGGATGGAGTCCAAATCCCACATCTCTTTCTGTCCAGATTGTAGTTTTCGGTTGGGTCTTTTAGGATTTGGATTCCCACCAAGTACTATCGAATGGAAAGCAAAAGCTGTGCCCACTTCCTTCAGAGAGGCAGCCAGCCTCCTACTAAAGCACTTCCTTTCTCGTTGACTCTCTCCCCTCTTTGATCATACCATGCAATCGCAGAGAATGGGGTCCCAGGCCTGCTCTGGAGTGCGGGAAAGGCGCGGCTGTGGGCTGGCTCCTAAAATCTGTGCACCTGCCTCTCGTTGGCTCACCCAGACCTCTGCTCACTGCCACGCCCTAGTATCTCAGTCCATCATAGACTTGGACAGTTATGGGCCTGGTCAAGGAGGAAAATGAGACGATGCTTCCCTCTGTGATTCTCTGCCTGACCTTCTAGAAGGGAATCCAGGCACACACACAACCATACCTGAGGAGGATGGCTTTTTAATGAATCTTTGATTTGTCCTGAGATGAAAGATCCTAATTTATGGAAATAAACATAAATATGCTGCGTGATCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031952-Chst5:NM_019950:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0068522=Sulfotransfer_1=WD(100=80.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: