RnoINT0036385 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021521 | Chst5
Description
carbohydrate sulfotransferase 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1561144]
Coordinates
chr19:44115120-44135387:-
Coord C1 exon
chr19:44135240-44135387
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr19:44115120-44116962
Length
18277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
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7.1
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCTCTAGCCAGAGGCATGCGGCTACCCCGCTTCTCCAGCACTGTAGTGCTTTCGCTCCTGATAGTGCAGACCGGCATCCTGGTCTTCCTGGTCTCCCGGCAAATGCCATCATCCCCAGCAGGCCGTGGGGAGCATGTGCATGTGCTGGTGCTGTCCTCCTGGCGCTCGGGCTCGTCTTTCGTGGGCCAGCTCTTCAGCCAACACCCGGATGTCTTCTACCTGATGGAGCCAGCTTGGCACGTGTGGGATGCGTTGTCGCAGGCCAGTGCCCCCGCGCTCCACATGGCCGTGCGCGACCTGATCCGTTCAGTGTTCCTATGCGACATGGACGTGTTCGATGCCTACCTGCCCTGGCGCCGCAATATCTCGGATCTCTTCCAGTGGGCAGTGAGCCGGGCGTTGTGCTCGCCTCCAGTCTGCGACGCCTTCGCTCGGGGCAACATTAGCAGCGAGGAGGTGTGTAAGCCTCTGTGTGCAACGCGGCCCTTCGGCCTGGCTCAGGAAGCCTGCAGCTCCTACAGTCACGTAGTGCTCAAGGAGGTGCGCTTCTTTAACCTGCAGGTGCTCTACCCCCTGCTCAGCGACCCTGCGCTCAACCTGCGCATCGTGCACCTAGTACGCGACCCGCGGGCCGTGCTACGTTCCCGAGAGCAGACAGCCAAGGCGCTGGCACGGGACAATGGCATCGTCCTGGGTACCAACGGCACATGGGTGGAGGCAGACCCCCGGCTGCGCGTGGTCAGCGAGGTGTGCCGCAGCCATGTGCGCATCGCAGAGGTAGCATTGCACAAGCCGCCGCCTTTCTTGCAAGATCGCTACCGCCTGGTGCGCTATGAAGACCTGGCCCGAGACCCGCTCACCGTAATCCGTGAACTCTATGCCTTCACTGGTCTGGGTCTCACGCCGCAGCTCCAGACTTGGATTTACAACATCACCCATGGCTCGGGGCCAGGCGCACGCCGTGAGGCCTTCAAGACCACATCCAGGGATGCGCTCAGTGTATCCCAGGCTTGGCGCCACACACTGCCCTTTGCCAAGATTCGCCGGGTCCAGGAGCTGTGCGCGGGTGCACTGCAGCTGCTCGGTTACCGGCCTGTGCACTCGGAGCTTGAGCAACGGGACCTCTCTCTGGACCTCCTGCTGCCACGAGGCATGGACAGTTTCAAGTGGGCGTCGTCCACGGATAAGCAACCGGAATCTTAGAATTTTAGCGGAGAGAGCCAGCTCTGACATTAGGGTCTATTGGAGTATGATAAAGGGCTTGGAGAACTCAAAAGCAAGTGACCGGAAGTGGGAGTGGTCTTGCCCTGTATCAGGAAAGGATGGAGTCCAAATCCCACATTTCGTTTTGTCCAGATTATAGTTTTCCTTTGGGTCGGTCCTTTAGGATTTGGATTCCCATCAAGTACTGTCGATGGAAAGTGAAAGTGTCCACTTCCTGAGGTCACAGAGGCAGCCAGACACCTACTGAAGCACTTCCTTTCTCTTTGACTTTCTCCCCCCTTTGGTCATACCATGGTGTCCCAGGTCTGGTCAGGAGTGGAGGAAGGGCGCTGCTATGGGGTGGCTCCTAAAATTTGTGCACCTGCCCCTCATTGGCTCGCCCTGATGTCTGCCCATCTCTGTGCCCTAGCCCCCCTGGACAGTTATGTGCACGGTCAAGGAGGAATCGGAGAGGATGCCTCTGTAGTTTCCCCTTAGATTCTCTGCCTGACCTTCTAGGAGGGAGCCTTGGCGTATACCCCATGCCTGAGGACGACGGCTTTTTAATGAACCTTTGGTTTGTCCTGAGATGAAAGATCCTAATTATGGAAATAAACATCATAAATACGCTGCGTGATCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021521:ENSRNOT00000026262:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.944 A=NA C2=0.030
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0068522=Sulfotransfer_1=WD(100=79.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]