MmuINT0037308 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000023959 | Clic5
Description
chloride intracellular channel 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917912]
Coordinates
chr17:44325521-44374191:+
Coord C1 exon
chr17:44325521-44325910
Coord A exon
chr17:44325911-44374081
Coord C2 exon
chr17:44374082-44374191
Length
48171 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
TGCCTTTGTTTTCTTTCCAGGCT
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
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NO
A:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: