GgaINT0088106 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016707 | CLIC5
Description
chloride intracellular channel 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13517]
Coordinates
chr3:109276800-109301586:-
Coord C1 exon
chr3:109301524-109301586
Coord A exon
chr3:109276910-109301523
Coord C2 exon
chr3:109276800-109276909
Length
24614 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CCTCTCTCTCTTTCCCTCAGGCG
3' ss Score
11.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCAGAGCCCTCCGCTGCCAACGGGGACGGGAAGGAGCCCGACATCGAGCTCTTCGTGAAG
Seq A exon
GTGAGCTGCGGGCGGGCAGCGGGGCTCCTACGGCCCATCCAACTTCCATTCCCGGCCTCTTATCTCCGTCAAACGCGCTTCGCTTTCTTCTTCGCGGCGTTCCAATTAGGTCACGTTGCCGAGGGAGAGGCAGAGCTCCTTGGTTTTGTTGTCGTTTCTCTCGTCGGGAGCGTGCCCTGTTATTCTTAGCCCGGCGGGGTTCTCACGGGCAGCCTGACGTGCTGCTCCATTTATGGGAACGGAGCACAGCGCGGAGAGGAGCGCGACCCGGTGAGGCTCCCGGCACAGAGGGCTGTGCTCAGCGGGCACCCCTTTCCTCAGTGCCTGCAGTGCTTATTTCCTCCCCCTGGAAAAAAAAAGGGAAATAAATCAGTTTTTGCCCTCTGTTCCCAAAGCCCATTCTGATTTTTTACTTTTTTTTTAATAGGGGTAACTGAGAACAAAACCCATTCAGTGCAAACATAGACAAGTGAGTGTGCCTGTGCTGTGACAGGACCCCAGAATATTTCACTTTGAGTACATCTGTTGCTCTTGGGTTATACCTGAAGGGAGCGTATAAACAGGGGGGAGCGGCTGTTTACGAGGGTGGATAGTGATAGGACAAGGGGGAATGGTTTAAACTGAGACAGGGGAGGTTTAGGTTGGATATGAGGAGGCAGTTTTTCCCCCAGAGGGTGGTGACGCACTGAACAGGTTGCCCAAGGAGGCTGTGGATGCCCCATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTAGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGGCGACCCTGCACATAGCAGGGGGTTGGAACTCAATGAGCATTGTGGGCCTTTGCAACCCAGGCCTTTCTGTGATTCTGTGAAGAATGTCCCACTAAAATCAGTGCTGTATGCAGTGTTACAAATAGTGAACTTCATGCGAACTCTGAGCGAAGAGCTCGGGTTTTTGGGTGTTCAGAAGGTGTTCCAAAGCCTCTGTGTCGGGGCTGAGACGTGCCTGTGTTAAGCCAGGTGCTGGCTGTGCATCCCTGCTTTGATGGAGCTGTAATTAGCAGGTGGGAGTTGTATGGGAGTTGTATGCAAACAGCACCAGCTGATTGGGAAAGCAAATTCCAGCTCCTCCCTCCTGTCAAGCTGAGGGTACTTAATTGCTTTGCACTCCCTGATGGATGGTTTGGGCGATGAGTTGAAATGTCAGCTGCATACCACAGATGTATGCATGGCCTTTGCATGCATCCTCCAGAATGTGCCAGCTCAGGTGCAGCCTTTCTGACCTGGGCAGAAGTGTTTTTTTTTCTTTTTTTCCTTTAGCAAACAGGGATTTGACAAGAATTCCTGGTCTGTAATTGTATGGAGCTTCATGTATTAAAAGGGCCCTGCGTGGGTCCATCTGCCCTGATACCTGCCCTCTCCAAGCTGTTCCTCCTGAAGTGAGCTTTGTGTGCTCAGCAATGGCTTACTGAGGTTCTTTGCCTGGCATCACAGGGTCGTTTGAGTTGGAAAAGATTGCTAAGATCCCCAAGTCCACCCCAACCAGCCCTACCATGCCCACTGCATCCCTGTGCTCTTAAGGCCCAGGCCATGTCCCACTGCAATTGGTTGCAGCTCTGAGTCCATGCAATTGTCATTGCAGCCAACTGAGCCGTGCCATCACCTGAGGATTTATAACCACAGAGAGAACATTTCCAGTAATGGGACTTCCTGCATAATGCATGCTGGGGAACGCATCGAGACTCACGTAAAGCCCAGACTTTGCTGAGCTGCAGCAGAAGAATTAATTGGTATCTTCCTGGAGGCTTTCCATTTAGGTTGAAAAATGGCAGTTCTGGAAGTTTTGGAAAGGCGCCATTAATTTAATTAAAAGTCTAAAAGGCTGAATAGCAAAGCGTGTGAGCAGAGCCTTACAGCATACAGCTCCGAAGCTCAAAAAGAAAGGAGAACGTTGGAACGAGTGGAGCTGAAGGTTCTGGAGTCATAGAATCACACGGCGTCCCAAGCAGGAATGGACCCACTGGGCTCCCTGTGCCCACCCCCAGCCCTGTGTCAGAGCAGTGTCCCGGTGCTCCCACGGCCAGCAGCTCAGAGGCTGGGAGGTGTGGGGCAGTGGGTACGGCCAGGAGAAAAGTGGGTCTTCGCCGAGCACAAACAAACCAGAGCAGGGCTGTTTTTCAGAGCCTCTCACAAAAGCAGTTTGTGTCTCAGGTTAAAGAGGAAAGAAAAAAAAGACAGCGGTGTTACACAATTGCTCTATTTCCTTTTTATCATGCGGGTGAGCAGGAGCTGTGCGTATGGAGGCAGGGAGCGGAGCAGGGTGGTGCGGTGAGGCTGTGTGCTGCAGCCTCCAGCTGCTGTCTCGCCTCGCTTTTTGCTTCCCTGTTTGTCCCACTGTGCTTTTGTACCCTAAACTGCATGGGGTGCTTCACTGTTTCTGCTTGACTGAGAGCGAAACCCCCAAAGCTGGGCTGGGAAAAAGCAGGGTGGGGGTGACAGCTGGCGGGGGTGCGTGGTGGAGAGGGATGCTGGCTCTGCTTAGCCCAGCTGCTGCAGTGTGGGTTAGTGCCAGCGCCCAGTGTGCTGTGGAGCAATGTGCCCAGTGTAAGTGACACCCTATGGAAGGTGTGCTTTGCTTCTTCTGGCACTCCCACACCTGTACGCTGGAATATAATGGTTAAAGTGGAAATGTTGCTTTTAGGAGAGAATCATAGAATCCTAGAATGGCCTGGGTTGCAAAGGACCACAATGCTCACCTATTTCCAACCCCCTGCTATGTGCAGGGTCACCAACCAGCAGCCCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTGCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCCCTCCTTGGAAAGATGTGCACTGAGACAGAATATTAAGCCACACAGGCGAAGAGAAGAGAACTCTTCTGGTTTCTTTTTATTTGCTATGTTTTTGGATGTATGCTCCTTGCATTTCAAGTATTGGAGTCCTGATAAATATCTGTAAAGTTAATCTGATGGCAGATACGTTGTATACATGGAAAACAAAGGATAGAACCAGGTCTCGAAAGTACAGCTGTCTGTTTGCATTGCTCAGGATGAGTGCAGTCTAGAAAGCAAACAAGCCACACAAACGGTCCAAAGTACGCTCTGCTAAATAAATCTTCCTGCTTTAGAAATGCTCTGCAACACGACAGATAATAACCCGTATTTCTGATGGTCAGAAGGTGGTAGTGCTGTCACAGCAGTCGGTCGTTGCTGTGGGATTGCGGTCCATATCCCAGATAGGTTCATCAGTGCTGCTTTGCATTGCTCCTTCCCCATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGGCAACCCTGCACATAGCCAGGAGTTGGAACTGGATGAGCACTGTGGGCCTTTGCAACCCAGGCCATTCTGTCTATGAAAGCTGCAGGGCTTCTCTTCGCAGAGCTGCAGGCACGGCCCAAACCCATCTACAGAACAAAGGGAGGTGCAGAGCAAGGAGGCTGCTCAAGACCTTGAACCTGGAGTCAACCTTTGGCTGTGCCATGCGGGGCCATCCCTCCATAAAGCACGCCCAGTGCTCAGCCTGGCCCACACACTGGGAGCGGAGGGCAGTGGCTCCAGGAGCTGTGGTTGAGGCTGTCCTTGGGATGCAGGGAAACACTCCCAGCCTGGGTAAGGCTCAGGGATGGACTGTGGCCGTGTGTTTGTAAGGAGTCATTTCTCACTAAACTATTGTCATAAAGATAAGAGGTTGGTCCTTGGTTGGACTTTGGATCCTTTGGGGTCTCTTCCAACTTGGGACGTTCTGTGATTCTATGGTTATTTTCTAATTATCTCTGCCACGGGTTGATTTCAAAGGAATCCAGGGGAGGATTTTGGTGAATGGTTGTGGTGTATCTTTAAAGGCAGACACAGATAAAAAGGTGACTCCCATTACAAACTACCATTCCCCACTGTTGAGGGTTTTGTTTTTTGAGGTTAGAGATTCATTTTGATAAGAGAACTGATTTTAGTTTCAGATCTGGGGGTTTATGAAGCCCATGCTGGTCTGCCTAACTGGGAGGGAGAGAGAGGTTGTCAGGACCCTTTTAACCCACCGGGACAGTGCAGGGTCTGTGATTTATGTGGGCCATTGAGATGCATTCTGGAAATCACAGCCAGGTCTGGAAGGCACAAAGTTCATTTCTATTTCTTAAAAACTGAGTATTTTAGTGGCTGTTATGAACTCACCTTTTGGCTTCCATACAAAACTGCTTCTACGTTTAGCAAAGCTCTTTAGGTAAATAGGAAGTAATAGAGAAAAACAAACAAGGAGTAATAGTGATACTGAAACATTGTCTGGCTCAGCCCTCCTGGTGCTCCACGATGAACTGTAGTGTATTTTTGCTTACTTTGGTCAAGTGACTTGCCATGCCTTTCTTCTTCCAAGAGAGAAGCAGACACCCGACAGAACAGATACGCACTGTGCTTGTGCTCCTCTCTAGTTCTCATCTCTTGTCCTGCAGGCTGATATGAACACATCTGTGCTGATAAGAATCATGCAGTTATTTCTTCTGAGCTGCTGAGCAGGTGCTGGGCACCACAGTTCGCATCCCTTCCAAAGTCCACGGACATCTCTGCAGTACAAGAAAGACACAGAGCTCTTGGAGCGGGTCCAGAGGAGGCCACTAAGATGGTCAGAGGGCTGGAGCACCTCTCCCGTGAGGAAAGGTTGAGGGGACTGGACTTGTTTAGCTTGGAGAAGAGAAGGCTGTGGAGAGACCTCATTGTGGCCTTCCAGTAATTGAAGGGAGCATATAAACAGGAGCAGGAATGGTTGTTTACGAGGTTGGATAGTGATAGGACAAGGGGGAATGGTTTTAAACTGAGACAGGGGAGGTTTAGGTTGGATATGAGGAGGCAGTTTTTCCCCCAGAGGGTGGTGACGCACTGAACAGGTTGCCCAAGGAGGCTGTGGATGCC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Seq C2 exon
GCGGGTATCGATGGAGAAAGCATTGGGAACTGCCCGTTCTCCCAGCGTCTCTTCATGATCCTCTGGCTCAAAGGAGTTGTGTTCAACGTCACCACTGTTGACCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016707:ENSGALT00000031528:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.571 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]