Special

RnoINT0037290 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
chloride intracellular channel 5 [Source:RGD Symbol;Acc:620659]
Coordinates
chr9:19323879-19372673:-
Coord C1 exon
chr9:19372352-19372673
Coord A exon
chr9:19323989-19372351
Coord C2 exon
chr9:19323879-19323988
Length
48363 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
CTGCCCTTCTTTCTGTTCAGGCT
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCCTTAGCTCGCTCTTCCTTTTAGCCCCCTGCTGGATCTTGGAGTCTGCTCTTTCCGTTTGACACCTGGGACTCCGAGCTCTTCTCTCAGACATAGCTGTCCTTGCTTGGAGAAATTGATGAGAAACTGTTAGTCTTAAAAGAAAAAAAAAATTAAACGCCGTGCAGAAGAGAGGCCCCTCGCTGTGAGCAGGAGCCTGAAGCGCTGCAGAGGTGGCGCCTCTCCGGCCCGGGACCGTGGTCCGGGGCGCCGACGGCATGACGGACTCAGCGACAGCTAATGGGGACGACAGGGACCCCGAGATCGAGCTCTTCGTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCATCGATGGAGAGAGCATTGGCAACTGTCCTTTCTCTCAGCGTCTCTTCATGATCCTCTGGCTGAAAGGAGTCGTGTTCAACGTCACCACCGTGGATCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000047218:ENSRNOT00000073667:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.429 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]