MmuINT0044928 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000062624 | Cyp2c67
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 67 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3612288]
Coordinates
chr19:39700611-39713232:-
Coord C1 exon
chr19:39713056-39713232
Coord A exon
chr19:39700753-39713055
Coord C2 exon
chr19:39700611-39700752
Length
12303 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TGGTATCAAAATGTTCTTAGGAA
3' ss Score
5.08
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTCAATGCAGTCCCTATTCTTATTGATTATTGTCCAGGAAGGCATAATAAATTTTTTAAAAATCATACATGGATTAAGAGCTATCTTTTGGAGAAAATAAAAGAACATGAAGAATCATTGGATGTTACAAATCCTCGGGACTTCATTGATTACTTCCTAATTCAAAGATGTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAAAGGCATTGAGCACATGGAATATACCATTGAACACCTGGCAACATTGGTGACTGATCTGGTTTTTGGTGGGACAGAGTCCTTAAGCTCAACAATGAGATTTGCTCTCCTGCTCTTGATGAAGCACACACACATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000062624-Cyp2c67:NM_001024719:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: