MmuINT0055983 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036893 | Ehmt1
Description
euchromatic histone methyltransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924933]
Coordinates
chr2:24792281-24801585:-
Coord C1 exon
chr2:24801507-24801585
Coord A exon
chr2:24792457-24801506
Coord C2 exon
chr2:24792281-24792456
Length
9050 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TTCTCTCTTTTACCCCAAAGGAT
3' ss Score
8.24
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACGTAGGGGAGCTGATTTCGGACTCTGAAGCTGATGTTCGGGAAGAGGACTCTTACCTCTTTGATCTTGACAATAAG
Seq A exon
GTAATGTGTTGTGAAGGGCCAACACATATGAACAAGTGATTGCAAAATGTAAAACTTGGGCAGTTTGTTTTAGAGTATTCTGGAAAGTAACTGGCACAGGCAGTCTAGCTCTGGAGTCACTGGTGCATATGGGTGTATGCTCCTTACACATTTGTCAGGTTTTATCATACAGTTCTAGGCTCATTTTGGTGTTCAAGGCACAGGCCCCTAACTTGAGATATTTCTGTTGTTGTAGCAAGCCACGTACCTCAAGGGAATACCTGGGATACCTCATTATGCCCCCCAGTTCCCAGGCTGGTCCCCTAAGACCAAGCAATAGGGAGCAGCTCATGGAGTCACATAGGAAGCAGCATAGGATCCAGAAATGTGGGCGATGAGGGAGGCTTTTCTGTTTCCATTGACATCAGGATACTAATGTCCTATGTAGGGAGAGAATAGAGGACCAAACTCGGTCTGCTCCAGGATTTAGGGTTTCCTATGGCTTCTGTGCCAGGCAAAAGGTGGCTAAGACCACCCTAGTCTGTCACTGTTTCTGAATTCAGGAATTGTTCTTTATAAACTTCTTAAGCTGGATGCAGTAGCACACACCTTCAATCCTAGCACATGGGAACAGAAACAGGCAGATTTCTGAGTTTGAAACCAGCCAGAGTTAAGTAATGAAATGCTATTTAAAGTAAGTAATTATTAAGTAAATATCCTAAATCTCACAGTCTGTGCTAGTTGGTAAGGGAATAAAAGTTTTCTGTGCTCTAACTGTAACCACCCAGTTAACTGTAATCATGGAGTTCTCCCCAGAGAACTGGGCCACTCTGACCTCAGGCTCTGACTCTTGAAGTTACTCAAGAGGTTAGCAATTGTGATGCAAGATCTATGTAATGACCAGCTGTGGGTATTGGAAAGATGGTCTAGCAGTTAAGAGCACTGTCTGATAGTCCAGAAGACCTGGGTTTAATTCCCAGCACCCCTATGGCAACTCAAAACTGTCTGTAACTGTAGTCCCTAGGCTGTGATGCCCTGTATTGGCCTCCATTGGCTCCAGGCACTCACATGGTGCAGAGACTAAGAAACCAAAAGTTCAGCTCTTCCTCCTTGGCTGGTTCCAGGCCATCCTGGAACAGTAAAACAAAACAAAACACCTCCACACAAACACAAATAAAAACCAAACATCATTCTCAGGCTCAAGAGTGTCAAAACCTTGTCAATTCCTGAATTCAGTTAGGTTTTGTCTTCTGTGTGCTTGTGCATGCAAAACAGGCAAGGGTGAGTGTGAGAGCTCCTCTCCTATTGGTGGATACTTGGCTTGGTGTGCATCTCATCCTGGGTGATAGACAGGTCTGGTTTGTGTTTTGTGGTAGTCTGGTTACCAGTATTTCAATTATATATTCTCTGGGCTTTTATAGCATCCTTACTTAGGTTTTTAATAATTTTTTGTTTTACTTTATTTTATATGTATGATATATTTTTGCCTGCATGCCTAGTGCCCACAGAACCCAGAAGAGGGAATCAGATCCCCTGAGACTAGAGTTACAGATGGCTATAAGCCACCATGTAGGTGCTGGAATCCAGCACTGTAACTGCTAAGCCATCTCTCCAGCCAAATGTTTTTAATGTCCAGTCTATTCTGCCTTGAGGAACCTCTCTCTCTCCTAAGATCATAAAGCTTTTCCACCATGTCTTTCCATAGAAACTAAGTTTGGCTCTGTACCTGTTTTGAGTCGACCTTGGTGAGTGGTCTGAGGTGAGAGCTGAGGTTGCTTCTGTCTGTGAGGACTTGCAGTCATCTCGGTACCGCTGGCCAGTACACTGCTTCTCACCTACATGCTGCTGTCTGTGATGGAATATGGTTTGTCCCTTGTCTGGTTTCTGACTCTCATACCAGTGCCACCCCCTTGATGGCAGAGTTCACTCATGCGAGTGGTGTGAGTCCTCAGACTGTTCCTGTCATGTGTGTGTTAGTGCCTGGAACTTTGGCTTTCCCAGGTTAATCTGGGTCTGTATGGTGTCCGTATGGTCAGCAGCTCTGCAGCCTTGACTAGGACTTCATAGGTCTTGTCTACTCAGATACGTGCAGTATACTGCACTCTAGGTGTCCAGACCTACCAGGGCTTGACTGTTTCTCTCACCAGAGCCTCGCTGGATAAGACATAGATCTTATACATGGTTCTTAAAATGCTGTTGCCTTTAATTTTATTTCTCAACTGATTAATTGCTTTGGTTTTTTTTTGTTTGTTTTGGTTGATCTTGCCATATTCACCTTTTAATTTTGGTATTTTTAATGGGTTATTAGTTAGGATTTATTGCATATACAGTTACGTGCTGTATGAATCAAGATAGTTTCATTTGCTCTCTTAGTACATTGGTAGAGGGGAAACTATTGTCTCCCCACCAGGGATGTTAGTACAGCGGTCTTGCAAGTACTCCCACTCTAGCAGCACTTACTAAGAGCATCATGCCCGTCATTCCTTGGCTGTAGGATGAGGCCTGTGTCTAGGACTGTCAGAGTCCCACCCTTTCCATGTTCCTTTCATCACTTCCAGTGGTGTCTCCCTCACCAACCCTGATATGTGGCCATCATTCTCAATTCCTCCATTGTCTTTTTTATCTTAAAGAATATCATGCCAGTGGTTCTTGTTCATTTAGGACTCAAAGCTATATGTATGCCAAGGCCTTCTGTTTCCTATACTTGCTTAGATCAAACCCTCTGAGTTGGTGACCACAGCTGCTGTTCCCTGACCAGAATATACCCACATTTGTTTATTGCCTCATTCAGATGCCTGGGCACAGGATCCCTGACAGCCCTTCAAGTGCACTGTGTCCTGTAGTCATGCTGAGATCAAAGAAACACAGAACAAACTGCAGATACATAGAAAGGACTCAGCAATTTCATGAGTACTCTGACAGTAGAAATGAGCTGCATGAGGCCTATTCAAAGGAAGACTGGCAGACCACACTATCCCTGTTCTAGAAAAGGTTGGCATTAACAGCACATGCATGAAGTTGGTATGTTGGAGCCAAAGTTAGGTATAGAAAGTTGCGTGTTTCAAGGGCAAAGTTAAGAGAGTAGCCCTTTATCCCTAGGTTCTAAGCCTATGCTTTTGGCCTCTGTGAGTTTCTGAGTTGGGTACCGGTTAGTGAGCAGACATGTTTCAGTGGCTTCATCATTCAGGTTGCAGTAAAGAATCCAGGCACAGGTATGTGTACAGGACAACTCCTTTGAGAAGCCCAGTAGTGGCTCTGCAACTTGGGGACAGTCTCTGAAGTTCTCGACCAGAGAGTATACACTGGACAGTTGCAGAATTTCTCTGGGTCATGCTGAGGCCCTTTCTTTGAGCAATGATAGTATACTTATGAGGGAGACCATAGCGGTAAATTTTCCTAGGTGGAAGGGTTATTTTAAAGTATGGCACTAGTCATGTCTAGGCTTATAGCTCTGGACAGAACATCTCTCAGTGATAGTGGTAGCTTCTGGAGTTGTGCCTATAGCTGTAGGGCCACAGGCTTAGAGCCAGCCTCTCTGGCTCCTTGACACACTGGCCAGACCCTGTGGGAAGTACCTTTCCTCCGGGTTGATGTGGATGGTTTCAGGTCTGTTACGTGCTTTGAAACTCCAGTGAATAAAACTGACTGTGTAGCAGGTAAAGGAATATCCAGTAAGTACAGTCGGGCCTGTTAAACATGGCTGCTTGTAAATACCCAGGCCTCTTGTTGCTGAGCACGCATATCCCTCTATCCCATCCAGGCCCATCCAATTCTTCCTTCTTCCTACCTCACCTGCTCCCCACCCGCACCTCACCTCTGCTCTCGCCCTTCCTCACACATTATTCCTGGTCTGATTTTTCTCTGCTGCCCTTTCCTAGTTTTAAAGAAGTCTTGCATGTAGATGATAAAAGAAAGGGCAGACAAGGAAAAAGAGAAGAAAGCATTCGCCTGACTGCCATTTCTTGGGCTATTTGGTTTCACACAGTCATGGCAGCCTCCTTTTGGGGGGATGGGGGTGGGGGATGTGTGCTGTGGGAATGTTCTCATCTGCAAAAGAGCAAAGACGACCAGAGGTAGGGACCCGTACTACTACCAGGGTCAGCATTTCTCCTCCTACTCCCTGCTCCCCCCCCCCCCCCCTTGTAGGATGTAAAAATGAATAAACCATCTTATTGCATCCCACCAGTGTGTGTCTTTCTGTGATATCACTTTCACTGACAACTGTGGCATTGCCATCACACCAGTCACACACAGGTGGCTCTTATCTGGGGCCAGCTTTCTCACACATTTCTACAGTTTTCTCAAATACCTCTGCATTGAGCAGGTTCCCAGAGCTAGTCAGGACTGAACTCAAACTTGCTGCATCCAGGGAGAGCAGAGTTCCCCAAGTATCGAGGCAGCTGCAGCAGGCAGACACCAGTTACTGCCCTACAGAGGTCCTTCATCCGGATGTGTCTGTTCCTAGCTGTTACTGCACTTACTTCCTGAGGCCTACTAATACCCGTTGTGTTCTTGAAGGAACTCTGTGGTACTTGTGAGCCTTGGCTGTTCCCCTTTTACCTGACATTTCTGTACAACTAGGGACTTCTGTCATGCTAGTCACATTCATTTAAGGAACTTTTTTATTTTGAGCTGTAGTGTGTGTGTGTGTGTCTCCAAATGTTGGCATCTGGTGTCTTGTTGCTTCCTACCGTATTTCTTGATTTGGCCTTATTGATACAACAGCACATCTCCATGCTTTTGCAAGGGTGCTAGGGTTCTATACTCACATTCCTAGTGTGGCTGACACTTGACTAACTGAGTCGTCTCCAAATCCCATGAGTTGTTTGTTGTTGTTGTTTTGTGTTTGAAGGGAAATGTTCAGCCATCCGCTCTTTCTTGGGAGAAGGCAGATGCTCTTCTGTCCATGTGTCTCCCCATTGCCAGGTGTAAAGGAAATTTGTTGTTTTAATTTTTTCTCCCCTTTGTGTGTTTCGAGATTTTACTATCTAGATGAGGTTGGTCTTGAACTTGTGGCTTCC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Seq C2 exon
GATGGAGAGGTATACTGCATTGACGCTCGGTTCTATGGGAATGTCAGCCGGTTCATAAACCACCACTGCGAACCCAACCTTGTGCCTGTGCGAGTGTTCATGTCACACCAGGACCTGCGGTTTCCCAGGATTGCCTTCTTCAGTACCCGCCTGATTCAGGCTGGGGAGCAGCTCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036893:ENSMUST00000147147:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085623=SET=FE(24.3=100)
A:
NA
C2:
PF0085623=SET=FE(54.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types