RnoINT0053558 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007242 | Ehmt1
Description
euchromatic histone lysine methyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307588]
Coordinates
chr3:1968386-1977152:-
Coord C1 exon
chr3:1977074-1977152
Coord A exon
chr3:1968562-1977073
Coord C2 exon
chr3:1968386-1968561
Length
8512 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTG
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTCTGCTTTCCCCTCAAAGGAT
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACGTGGGGGAGCTGATTTCAGACTCCGAGGCTGATGTTCGGGAAGAGGACTCTTACCTCTTTGATCTTGACAATAAG
Seq A exon
GTACTGTGTTGTGAAGGGCCAAAGCATATGAGCAAATGATTGTAAAACAGTTTGTTTTGGTGGATTCTAGACCGTGGCTGGGGCAGGCAGGCAGGCTAGCTCTGGAGTCCCAGAGGAACACTCTGCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGCATGGCTCTTTACACATCTGTTACATTCTATCACACAGTTCTAGGCTCATTTTGGTGTTCAAGGAATAGGCCTTTAAGTTAAGATATCTCTGTGTCGTTATAGCAAGCCACCTACCTCAAGGCAATAGCTACCTGGGACATCTCATTATGTCCCCTAATTCCCAGGCTGGTCCCCTAAGACCAAGCAGCAGGGAGCAACTCATAGAGTACATGGGAAGTAGCAGGAGATCTGGAAATGTGGTGATGGGGGAGGCTTTTCTGTTCCCATTGACATCAGGGTACCAATGCCCTATGCTGGGAGAGAACAGAGGACCAAGCGTGGTCTGCTCCAGGAGTAGGGTCTAATGGCTTCGGGGCCAGGCAAAGGTGGCTAAGATCACCGCAGTCCATCACTATTTCTGAATTGAGGAGTCGTTCTTTAAAACGTTCTTAAAGCTGCATGCGCAGCACACACCTTCAGTCCTCACACCGGAACAGGAGCAGGCAGGCCTCTGAGTGTGAAGCCAGCCAGAATTGAGTATGTAAACACTGTTTAAAGTAAGCAGTTATTAAGTAAATAGATTCTAAATCTTAGTCTATGCTAGTTGATAAGGAAATGAAAGTTTTTCTATGCTCTGACTATAACCACCCACTCATGGAATCAGTATTATCCCCAGTGAACTGGGCCACTCTGACCCCAGGCTCTGATTCTTGAAGTTACTCAAGAGGTTAGCATTTGTGAACCAAGATCTAGGTTATGACCAGCTGTAGGTATTAGAAAGATGCTATGCCTGGTATTCCAGAAGACCTGGTTCAATTCCCAGCACCCTGTGGCAACTCAAAACCGTCTGTACCTGTAGTCTCAGGGGTTCTGATACCCTCTGTTGGCCTCCATTGGCTCCAGGCCCTCTTACGGTGCAGGAACTAGGAACCCAAAAGCTCAGCTATTCCTCCTTGGCCAGGTCTAGGCCATCTTGAAACACAAAACACAAAACATACAGGCGTGACTATGAGAGCTCCTCTTCTATTGGTGGATACATGGCCTGGTGTGCATGTCATTTCTTCTGGGTGTTACAGGTGGTCTGAGGTGCAAACCGAGCTTGTCTCTGTCTGTGAGGACTTGTAGACATCCAGGCCTGGGACTTAGGTTTCCCAGGTAAATCTGAGTCCTTGTGGTTGGTGTGTGCATGGTCCGTGGCTCTGACTGGGACGTACACGGATCTCGTCTACTCAGATATGTGGCACTGCACTCTAGGTGTCCAGCCCACTAGGGCTTGACTTTCTCCGTCTGCAGAGCCTTGCTGGGCATTACATAGGCCTTACAGCTCTTGAATTTCATTTCTCAACTGATTATGGGTACTACTTCAAAGTGGTTGTTTTTTGCTTTGTTGGTTGGTTGGTTGACCTTGCTATAGTCACCTTTTAATTTTAGTATCTTTATGGATTGTTGATTAGGATTTGTTGCCTGTACAATTATGTGCTGTATGAATGAAGATAGTTCCGTTTGCCCTCTTAGGACACTGGCAGAGGGGAAACACTTGCCTTCCCACCGGGGATGTTAGTGCAGCAGTCTTGCAAGTACTCACGCTCTATCAGCACTTCCTAAGAGGGTCATGCCCACCACTCCTCAGCCAGTTCTAGGACTGGTCTTCAGAGTCCCACCCTTCTCCACGTTCCTTTCATCTCTCCTGTGGTGTCTCCCTTACCACCACTGCTGCATGGCTGTCCTTCTCAACTCTGGCCATTGTAGTTTTTATCTTAAGCTAAACGTGTCGGTGGTTCTTGTTCATTCAGGACCTAAAACTGTAAGTACACCAAGGCCTTCTGTTTCCCATACCTGCTCTAGAGCGAACCCCAGAACATGTGTGTGGCCATGTTGGTGGACCACACACACCCAACACACACACACACACCACACACACACTCTTAACATTATACACACCACTCATACACACAGACTCACACACACTCACTACACAACCAGACTCCACATACCACACTCACTGTTACACACACCACACTTGCATTTATACACCACGACACCGTCATTAACCAAGAGAATCTTAACAGAGCACCTTTGCACCCACACACTGACACACACTCTTTAGACACAGATCAACCACCACTCACCACACCACATGCACACCCTCCATCACACTCTCATCACAGACCTCACATAACGACCTTTAGTACAATGCACTCACCACACATCTATAATCAGACAGTATCCTATGCAGTCACACAAGTAACATACACTAGACTAATATAACAATCACGAACACAGATCTATACACACAACTATAATACACAGCCAATTTATTAAACATACCCACGATCCTCAGACATCATAAACACAGAATCACAAACCATCATCAACAACAATCTCATAACAGACGACTCAACACAACACACTTATATATTAACCAGGATCACACTTAAATCACAATAAGCTCTCTTTATATTTTAAGTGATGCTTGAACCGCATTTACAATGGTTGGAGCGCACTCCAAGCTCTCTATCATGTAGTAACCACCTTCTATCTCTGATAATCTCACTGAAGTTATTACTAACATGAAAAAAATCTTAATATTTCACTTTCTCATGCTCTCCTATGATCAAAGGTTCGGTACTATCTGGATGGCCTCTGGCTTACACTTTGTTCCTGGTTCTCTTGTGAGTTCATGAACTTTCTGCTCTCATCCTCTCTACAATTAGCCTGAACTGTTGATTTACCATCGATGCACTGGGCGTCCAGGGACCTCAAGTGTCTTACATGCAGATGCTTGTGCGATCTTTGGGAATCATAAGGTTTCAATAACTAATATACATTCAGTTTAGTACACTCAATCCCATTCAGTGCTTTTTATAGTAGTCCTATAATTTGTGGGGCTCTTGGAACCCTTTATGGCCCTTGACTGTGGACAGTACTTCATCCCTCTATGGTATTGTCTGTTATTGCTGTGCGATGGTTTATGGCATCCATATAAATTGAAAAGGATAAAATTGGACTGTGGCATCAGGTAAAGGAATATCCAGTAAGTACACTGTCGGCCCTGTTGATGGGTCGTGTTAGTAAATAACATGGCTGACTTAGCATGATAAACAATACTAGGTTATAGGCTGGCCTCTTGTTGCTGAGCAGAGCACACATTCCCCTCTGTTCACCCAGCCCTTCGATTCTCCTTCTGTCTCATCCTTTCTTGATGCTTCCTATCCAATGCTATTGGTCAATGACCGTGCGTCCTGTTTTTTCTTGGGCTGCCTTGTTGCGATAGTTAAGAGACTCGTATATGCTAGGATGCTAGAACGAAAGGGCAAACCAGGAGTCAGAGCAGATGGATGCGTCACAGTTGGAGCGCCATTTCTATGGGAGTATTTGGGTTTCTTTCACCCAGTCATGGCAGCCTGTTTGTTTTTATGTATGCTGTGGGACAAATGGTTATCGACTTGCAAAAGCGGTAAAGACCGGCAGAGGTAAGGGACGCCTGCCACTACCACCAGGGTCAGCATGTATTTGCATAATTTCTTCCTTCCTCTCTTCTTCTGTCCCCTTCCTCATCTTCCTCTCCCCCTTTTCTCCCTCCACATTCCTCCTCTTCCCCTTTGAGTCTGTGCCGCTTCTTGACGAGAATGATCCCTCTCTCACTCCTCCCTTCTTCCTCCCTCCCTTCCTTCCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTGTAGGATATAAAAATGAATAAACCATCTTACTGCATTCCACCAGTGTGTGTCTTTGTGTGATATCACTTTGATTGACAGCTGTGGTATTGCCGTCACACCAGTCATACACAGGTGGGTCTATCTGGGGCCAGCTTCTCACACATTTCCCCAGTTTCCCAGATTCCTCTGCATTGAGCAGGCTCCCAGAGCCAGTCAGGACTGAGCTCACACTTGCTGCATCCAGGGAGAGCAGTGTTCCCCAAGGCCGGGACGCATCTGTTCCCAGCTGTCACTGCACTTGCTTCCAGAGACCCAGGAACACCCGTCAGTGGCACTGTATTCTTCCTAGTTGTGTTCTTGGAGGAACTCTGTGCTGTTCCCCTTTTACCTGACATTTCTGTACAGCTAGGAACTTCTGTCACGCTACTCACATTCCTTTAAGTAACCTTTTATTTTGGGCTGTAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAATGTTGGCATTGCTGCTTCCTACTGTATTTCTTGATTTGGGCTTATTGATACAACAGCACATCTCCATGCTTTCACATAGGTGCTAGGGCTCTAGACCTAAATTCCACATGTGGCTGACACTCCACTGACTGAGTCGTCTCCACAGCCCAGAATTTTGTTGTTGCTTGCTCTGTTTTTGAAGGAAAATAAAGCTGTTCCCTCACCCATTTCCAGCCATGTACTCTTCTGTCCACACGCCTGCCCATTTCCAGAGGTGAAACACTGCCAGTGTAAAGGAAATTTGTTCTTTGAATTTTTTTCCCTTTGTGTGTTCCTAGATAGGATTTTACTATCTAGATTAGGTTGGTCTTGATCTTGTGACCATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTACAGCTGTATCACATCACCCTTTTGTTTTGAATGTTGAATAGATCACGGTTTGTCTGTCTCTTTTTAAAAATATATGCAGTATGTTTTGATCAGCTACAGCTCTTTAATGTGTACATCGCTCTTATTTTGGGTCCCACTGGCCTTGCTCTTTACCTGTCCTGCTGAGGCACCAGTAGGTTTCTGTGACCAGGCCAGCCTCACAGTTGCAA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Seq C2 exon
GATGGAGAGGTGTACTGCATTGATGCTCGGTTCTACGGGAATGTCAGCCGGTTCATAAACCACCACTGCGAGCCCAACCTTGTGCCTGTGCGAGTGTTCATGTCACACCAGGACCTACGGTTTCCCAGGATTGCCTTCTTCAGCACCCGCCTGATTCAGGCTGGGGAACAGCTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007242:ENSRNOT00000066777:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085623=SET=FE(24.3=100)
A:
NA
C2:
PF0085623=SET=FE(54.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]