MmuINT0058042 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000024240 | Epc1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1278322]
Coordinates
chr18:6462830-6490854:-
Coord C1 exon
chr18:6490461-6490854
Coord A exon
chr18:6462990-6490460
Coord C2 exon
chr18:6462830-6462989
Length
27471 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTACGT
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TGTATTTTCTTTGTTTTTAGGAA
3' ss Score
11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTGGAGTTTTAATGTCCGCCATGTTGGCCATGGCGTATTGAAGAGAGCGAGTGAGCGAGGCGCGGAGCGGCACAGCCTCCCACCCTCCCGGCTGGTGTCAGGGCCCGGACGGCGGGCTTTGCGCTCCGCCCCCAAGTCCCCGGCAGCGGCAGGCGAGTGGAGACCGAAACTCCGGTTCTCCATGATCCCGCTGGCCGGGGCCGTTTCCCCAGAGCGGAGAGGTATCTGCTGCGCCTGAGATGAGTAAACTGTCGTTTCGGGCGCGGGCGCTGGACGCCTCGAAGCCGCTGCCGGTCTTCCGCTGTGAGGATCTGCCCGACCTGCACGAATACGCCTCGATAAACCGGGCCGTGCCGCAGATGCCCACCGGGATGGAGAAGGAAGAGGAGTCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000024240-Epc1:NM_027497:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.353 A=NA C2=0.179
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PU(31.2=88.2)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: