GgaINT1012356 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007169 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19876]
Coordinates
chr2:14056886-14079214:+
Coord C1 exon
chr2:14056886-14057274
Coord A exon
chr2:14057275-14079054
Coord C2 exon
chr2:14079055-14079214
Length
21780 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTATGT
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TTTTTTTTCCTTTTTAATAGGAA
3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACATCATCTCCAACGGGCTATCTCAGCACAACAAGTATATGGAGAGAAGAGGGATAATATGGTTATACCAGTCCCAGAAGCAGAAAGTAATATTGCATACTATGAATCCATATATCCTGGAGAGTTTAAAATGCCAAAGCAGCTGATTCACATACAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007169:ENSGALT00000011610:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.294 A=NA C2=0.259
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PU(31.2=88.2)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]