HsaINT0056880 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000120616 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:19876]
Coordinates
chr10:32594700-32636113:-
Coord C1 exon
chr10:32635691-32636113
Coord A exon
chr10:32594860-32635690
Coord C2 exon
chr10:32594700-32594859
Length
40831 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTACGT
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
CTGTTTTTTCTTCTTTTTAGGAA
3' ss Score
13.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATGGCTGGGGTTGGCTGAAGAGCGCACAGTGGAGTTTTAATGTCCGCCATGTTGGCCATGGCGTATTGAAGAGAGCGAGCGAGAGAGGAGCGGAGCGGCACAGCCTCCCACCCTCCCGGCTGGTGTTAGTGCCCGGACGGCGGGCTCTGCGCTCCGCCCCTCAAGTCCCCGGCAGCGGTTGGCGAGTGGGGACCGAACCCCCGGTTCTCCATGATCCCGCTGGCCGGGGCCGTTTCCCCAGAGCGGAGAGGTATCTGCTGCGCCTGAGATGAGTAAACTGTCGTTTCGGGCGCGGGCGCTAGACGCCTCGAAGCCGCTGCCGGTTTTCCGCTGTGAGGATCTGCCCGACCTGCACGAATACGCCTCGATAAACAGGGCCGTGCCGCAGATGCCCACCGGAATGGAGAAGGAAGAGGAGTCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACATCATCTTCAGCGGGCTATTTCAGCACAGCAGGTGTATGGCGAGAAGAGGGATAATATGGTTATACCGGTCCCAGAGGCAGAAAGTAATATTGCTTACTATGAGTCTATATATCCTGGGGAATTTAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120616-EPC1:NM_025209:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.353 A=NA C2=0.199
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PU(31.2=88.2)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)