RnoINT0055448 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014834 | Epc1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2324280]
Coordinates
chr17:57332730-57394985:-
Coord C1 exon
chr17:57394765-57394985
Coord A exon
chr17:57332890-57394764
Coord C2 exon
chr17:57332730-57332889
Length
61875 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
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3' ss Score
9.48
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014834:ENSRNOT00000019968:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=FE(53.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]