DreINT0063538 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101579 | epc1a
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070629-5]
Coordinates
chr12:40925462-40942630:+
Coord C1 exon
chr12:40925462-40925946
Coord A exon
chr12:40925947-40942470
Coord C2 exon
chr12:40942471-40942630
Length
16524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTACGA
5' ss Score
7.84
3' ss Seq
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3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACACCATCTCCAGAGGGCAATTTCGGCCCAGCAGGTGTACGGAGAGAAGAGGGATAATATGGTGATTCCTGTCCCAGAGGCCGAGAGCAACATCGCCTACTATGACTCGCTCTACCCCGGAGACTTCAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101579:ENSDART00000158811:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.255 A=NA C2=0.074
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PU(31.2=88.2)
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=FE(36.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]