MmuINT0058030 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000024240 | Epc1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1278322]
Coordinates
chr18:6462830-6516085:-
Coord C1 exon
chr18:6515863-6516085
Coord A exon
chr18:6462990-6515862
Coord C2 exon
chr18:6462830-6462989
Length
52873 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TGTATTTTCTTTGTTTTTAGGAA
3' ss Score
11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCCTGCTTCATTCCCCCGGACGCCCTCGGATCCTGCGGCTGCCCGCCCCGCTCCGCCGCCCTCCATGGACGAAAGTCTCACTTTTGATTTACCAAATATTTTCAGGATGTTTGAAGATCCGTACGCTGCCCGGAGGCTGTTTTTTCTGAACAACCCAGACCCCAACCTATATTGTTACAATTTTTTTTTGAGAGCTGGCTGCTGCTTTGCCTTCACCGATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
NA
C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: