MmuINT0075926 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030606 | Hapln3
Description
hyaluronan and proteoglycan link protein 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1914916]
Coordinates
chr7:86268256-86275904:-
Coord C1 exon
chr7:86275793-86275904
Coord A exon
chr7:86268438-86275792
Coord C2 exon
chr7:86268256-86268437
Length
7355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTACAC
5' ss Score
5.08
3' ss Seq
TGTTTTTCTTCTCTCCACAGTTT
3' ss Score
12.15
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGCCATTCAAGATCCCAAATTCTTCTGCTGCTTCGGACCTGGACAGCCTGTGGCCTCAGCGTGTCGCAGTGGCCCCAAGCGTTGGAGCCGTCGAAGAGCTTTCTGGGGACG
Seq A exon
GTACACGTGGCTGGGGGTGGCTGTGTTTCGGGGAGCTGTGCATGCAGGTTTCTCCCTTCTAGCCTAGGGGACCCTGTGGTTGCCGAGAAGGATGGGGATAGAAGACAGGGAACAGAGGGCAGAAGGAACTAGGGGCTGAGGGACTCTGCCATGTCATTAACAGCCATACGGCGGCTGACTTGCACGCGGCCCTTTTGGGAGCTACCAAGAAGTAAAACCACAGCGAAGCTTGGGGAGCCTGAGGTCTGTTGCCTTCTGCTTGTTGGTACTGTCTCAGTAGCTCCGTACCGGCTCTGTTCCAGGCATCCATCGGATGCAGCAGGAGCCACCAGAGACCTTGGGTGGGGCGGGTGTGTGTGTGTGTGTGAGGTGGGGGCGCTGGGGACAACCTGGGTTGGAGTGAGCAGAGGATGCGTGCTTTTAGTCTATTTGGAATCTTAGGGATAAAATGCACCGTGAGCACCCACTTGCCTTAGGGACAGGAGTGCACCGTGGCAAACTCTGGGTGCAAGCTGGTCACATTCAAAGAGGAGGCCTGGGAGGAAAGGCCCAGCCCTAACCCCCAGCTCACTGGGTGGTCACCAGCCACCTGCGATCCTGCTCGGACAAGGGCTTCTAGGGCTGACCCAGGGAGCACCTCTGCTCCGGAAGAAAGGGATGAGGACCCAAGGAGATCTGCTTCCCTCCAGCGACTGGCACCAGGAGGCCTGGAATGCTGGTAGAAAATGCCCCTCTCTTGCCTTCGCCAGAACCTGGCGGGTGATGGTGGCGGAACTTCAAAGGCTTGGTAAAGCCTATTTGTAACAGGGCATTGATGTCAAATGCCTTCCTGAACTAACCTAGTGGACCTGGGGGGCAATCCTGCCCTCTGCCGGTGTCTAAGGAACTAAACCAGTGTCTCAGTTGCAGCGAGAATATGGTACAGGTGGTATCTTGTCCCTTCCCTGTCAAGACTCAGTTTAATTTTGTTCTCTTTGGATGCTTCTTAGACAGTGGTGCTCTGAAACGAAAGAGGACCAGTGATCACGGCGGAGAATTTCCTCTACACTTCAGATAATAGCGGGAGATAAACAAAGTCTCCTGGTGGGTCACTTTTCCGCAACAGTGAAGAGAGGTCAAGCGTGGCTGCTTCTCTCCTGGTTGCTCGGAAAGGAGATAGATCGTCCACTGTTAAGAACAGTCACAGCTGCTGAGGTTCCAAAGAGCGTTTTCTGACTGGCAGTGTGGAGCCTTTTATGAATGAAGAGAATGAGGCTCAGATACTTGTCCAGGGGCAGACTGGTTAAGTGCACAGAGTCAGAACAGAACCCATGAATCTAGTAGTCTCCTTGGGTTTGAAGTCAGAAGGGGCTGTTGGCTGAGGCAGGGTGGAGTGGAGACACCTATTCCTACATCAGTGATAAAGGGCATTAGATATTGCTTCTGACGCCCACCCAGGCTTCTGCTCTGTGGTTAACCTTAGCATTTTGGGGCCACCCTTGTCTTCAGTCTCAGAAGCGGGGAGGCCTTACATTCCAAGAGGCCAGATGACTTACCCAGGGTTACTCAGAAGGCAGCCAGCAAACATGAATCTTCGGGTTTTACGAATTCTCCCCCGCCATGTGGCTTTGGGGCACTGTGCAATCTTCTTTTGCTAACTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTGACACCTCCCTGGTGGAAGGCTACACACCTGCAGGGCTAGCCTCAGACTCTCCACTTGCATAGTGCTAATAAAGTCAGACTGGAGTAGAGTCAGAAGGGCTCGGGGGAGGCCATTCTTTGTGTTTGGTGTGGATGACACACAACTGATTGGAGGTCAGAAGTCACTCAGCGCCATCCCTGAAGACTGTAAATCAGATTCACACCATGCCTTTTCTGAAGATTCTTTGTCCGTCCTTTCTAAAAAGTCCAAGGGGATATATGACAGGGTGTCTAGCCACCACATGGGCATTGCTTCTTGAAGTCACTGGGGCTCCAGCCTTTTTGGCCTCTGAGCTCTCCCTGCAATGAACGCTCTTCTCCCAGAATCCTCAAGGCTCCCATCTTCTTGGAAGTTTTCCTGACTTACAGGCAAGGAACACCCAGAGCTCAGATTGTGCCTCAGTTGGCATAGCATTCACAGAGCCCTGGGTTTCATCCCAAGCATCCCCAAAACTGGACATGGTAGCACACACCTGAGAGCTAGGAGGACCAGAAGTTCAAGATCACCCTCAGCATCATGAAGAGTTGAAGGCTAGCCTAGTCTACATGGCACCCTATTTTGAAAGTAAATAAATAAGTAAGCACCTATCTCGTTGCTCCATCTTCCCCTGTCACTTGCAGTCCCACCTGTGCCTGTCACCCCCTTTGTGACTCCGAGGCCCAGAGGCACTCTGATTTGAATCTCTATTGCTCAGAACTCTGCCTAGCTGGTGGTGGAGGCACGGGGTAATATTTCCTGAGGAAATTAGGTCAAACCCCAGCTCTTCCCTAGGGTAGCCTTAGGCATGCATCTTAGCTCTACTGAGCCCCAGTTTTCTTGTCTGTACCATGGAGGAGATGGTTCTGACACTGGTTTTACGGTAGCCAGGAAGGTGTGCTGACAGTCAGAGAACAGGGCATAATTCACATCAGGCAAAAAGAATCCTACTCTGTCATTTCCTGGCTGTGTGGCCTTTGGGTAGTTGATTCACGTCTCTGTTTACTTGCGGAGTGAATGGAGAGTTACGATGTGGGACCTCTTAGGAGAAGGTGCTGGATGAGAAGTTCATTAAAGAACCAGGGAGGTGGCCTGGGGCCCAGGCTGGAGGTTGTGAGTGTTTTTCCAGGGTCTCTGAGGCTGGAAAAGCCAGCTTTGGGATCTCACTCTCTGTGTTATTGGAGGGAAAGCTCAATGTAGAATTCTAGGTGTTTCTGAGCTGTGGCTACCTTCTCTATGACTGAAAGAATGAAGGGATACCAGGTCACTGTAGTGGGGAATCGCACTGGGGTGTTAGCGGCTTTCCCCAGTACTTGGGTGTCTGGAGATTTCTGACTGTTGAGGTGCTCCTCAAATTACTGTTGGTCATGTGAATTCTGATAAAGGCTGGCAGAAAGCACCTAGCTTCATTCAGCATATCCATGGGTGTGCCTCAGCATCCAGACTCTGGGTTTCTGTCTAGAGCTCAGGAAGCAAACAGATGGTGAGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGCTGGGGGTGGGGGAGTGTGTTTCTGAATCCTTGCTAAACTGAATTCCCAAATCAGCTTTCACCATACCAACGAAGGAATACAAGCAGGGTGAAGGGTTACGACCCATGTGACTGGCTCAAGGGAGTTTAGCACTAGAAGCCTTTGAATATAAAACCAGGGTCGGATGAAGAAATTCCAACGCAATCCTGAATTTAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAATAGAGGAGGGGAATCTAACCTAGGACATCCTGCATGTCAGGCTTACCATGGACCTGAGCACATGTCTTATTTTGACAAACTTAGCTCTTTCTCCTCATCTTCTTTTTAGAGATCTATTTATTTCGGGAGTGTGAGTTTATCTCTGTGTACCACATTGGCCAGAAGGAGGTGCTGGGTTCCCTGGAGCTGGAGTTGTAAGCTACCACCTGGGTGCTAAAAACTGAGCTGGCCTCTAATGATCTTAGTGTGCTTCAGAGAGTTCCATCAAGAACAAGGAAGCCTTGCCCCATGACAGAAAGACCTGTCCTCTGTGCCCGAGTCCCGTGAGAGTTTGTGATACTGTGGGTCTTTTGCTTTGCCTGTCTAACCTTTTGACATCGGGATACTACGTGGTCATCTACAGAGTTCATGTTTGAGAACCGTGCAATCAAGTTAAAAATTAAATAAGTAAATACATTCATAATTAAAAGACACAGGCCTGGGGAGATGGCTCATCAGTAAAGAGCACTTTCTGTTCCTCCAGAGGAGCTGAGTTCAGTCCCCAGCACCCATCTTGGGTGTCTCACAACTTCCTGTAACTCCGACTATAGGGATCCAACACCATCTCTGGCCTCCACGAACACCTGCACACATACGGCACAGCAAACCCCCAAGTCTCATAATGACTTCAGTTAGTTTTATGATTTTGTGTTTGGGTTACATTCTACAATCTCCTAAGAGAGCACCATCAAGTGGGGACCAAGTATTTATACGGAGAAGCCTGTAAGGTTATGTCACACGAGTATGAAGTAAGAGGCTTTAACACAGCGAGGCTGAGCTATGCTCACAGATACTCGACGTGGTAGTTTAAGTTCAAGGGTACTTCTTCCTGGGCCATTGTAGGTATAGGATGTCTAGGCTGGAGAGAGGCTGTGGTTCCCATCTCTAAGCGGTTGACTATTGTGGTTCTAGCAGGTTAGAGAAAGAACATCAGGACATGGCCTCTCCGGAAGTTCTCACTGCAGGCCTGGATGTTGTTGTGCAGGACATCTTTTTTTCCTGAGAAAAACTGTCCACTAATACAGAGGGATGGAGATGGTCTTGAACAGGGATCTTCCAGTTCCTGTCAGCCAGGCGCTGTGTGGCTCCAGTGCATAGCACAGCTGCTAAGTCTAGACTTTAGGTTTTCTGCAAATACAACAAAGAGAAGAGTGGGCTGGATCTTCAGCTCTCTCTGCATCCATCCCTCCTTTCTAGCAGGAACTAATAGTTCTGGGACCAAGAATGTTCCCCCCCCAGAGTCTGGTCACTCTCACAGGTCAATATTTCTTTGCCTGCCCCTCTTCTTCCTCTCTCCTCCCTCCCTATCTCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTTCCCTTCCTCTTTTCTCTCTCTCTGTCTGGAGCCCCTGCCTCCTCTGGTCTTGTGCACAGACATTCTCATTAGGCCACATGTTTGCAATCAGTGTGGCAATTGTGTTTTGCTTTGTCGTCACAAATGACACCGTGAGCATCCTCCCACATTCCTCTACGATAATCATACAGTTCTGTTTGCAAAGGCCTGCGGGCACTTCAGTGCGCTGCACTGAAGTCTGCCTCCTGCCTGCCTCCAGAAGGCCGGTTCTCAGATGTGAGTCTGACCCTGCCTGAAGCCTCTCATCTGCTTTATCAGGACAGAGAGCAGGGCAGCTAGCTCACCTCCTCCCAAGGCTTTGAGACAGAGTCCCTGCTGACTGACTCACTCCCTTCTTCTCCCATGTCAGCAAGCAGAATTCACTCTAGATGGCTACAACAAGGAGATTTTAATCAAGGGATCACTTTTAAGAGAACAGCTTTAGGAATAATAGAGAAGTTGGTGGCCGTCTAGAGACAGACAATGAAGGATGCGATAGCTGGGGTGGGAGGGGGCGGGGTCTTCTTTCTTCCACATCTCAACACTGTCTCCCACTCACTGAATCCAACTGGAAGTCAGAAGGCTGGGGGTTGGGCAGGGCAAGTGACCCATGGGAACAGATACATGGTGACAGTGGATCTGGGATGCATGGGAACAAACGGAGAGCATCCCTTATGCCTGTCCCTGGCCACTGTAGCTTGTAGTGTCTATGCCCTATTAAGAAAACCAGTCTGTCCGTTCCGCCTCAGGAACTGCCCAGCTTCAATGTTCCTTTGGGTGCTCCCATCTTGAGACAGGGTCTTGTGTAGCCCAGGCTGGCCACAAACTTCATATGTGATCTAGGATAGCCTTGAACTCTTAATTCTCCTGCTTCTACCTACCCAGGGCTGGGATTATAGGTGTGCACAAAAAGCAAGACAAACAAATAAACAAAAACACATTGGGGAGCCATTTTCTAGTTAGTGGGCACTCAAAAGAAGCAACTGCCCCATGGGCAGTAGGTTGTTTATTTTGTTTTTTTAAAATATCACTCTTTGATTACCAAGACTTTTTGGGGTACAGGCAGGAAGATCAAGAGTTCAAGACTGTCACATGCTCAGTTTGAGGCAAGCCTGTGCTACATGAAATGCTGGTGTGTTTTCTATTTTTTCTTTGGTTTGTTTGTGCTTACACTTTTAAAAAGAATATGTGTGTGTGCATGTGTTCATGTGTATGTATGTATGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTATGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTATGTATGTGTGCGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGCGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTATGTATGTGTGCGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTATGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTATGTATGTGTGCGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGCGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTATGTATGTATGTGTGTGTGCATCTTTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTTTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTTTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTTTGTGTGCATCTGTGTATGTATGTGTGTGTACATCTGTGTATGTATGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTATGCATTTTAAGGTTAGACAACGTTGTGGGATAGGTTCTCATCCACCTTTATGTGGCCACCAGAGACTGAGCTCAGGCTGTCATCTCTGCACAGCCAGCATCTCTAACACTGAGCCATCTTACACCCCAAATGACTTTTGACCTTGATCTAGTCTTTAAAATAGATATCACGTTGCCACAGCCCTCCCCGTGCAGACATTTTGGTGTTGAAACAAACTTTCCAGTGCAGAGTTATTGTTGCTAAGCATGAGACTCGCCCTGCCCTGTTTTGTTCTAGTCTTCTCTGTTTTCCTTAAAAAAGTGCTTGCTATTAACAACCTCTGAAATTCAAACAGCTTGGGTGTGCTTCTGTGATTACGTCAGAGCCACTCTGTGTGCCAGCCACTCCGTTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGGATGCTGAATAGAGGAATCCCAGCCTGCTAGAGTGGGGCTTCTGTAATTGGCTTGTTTTTCTTCTCTCCACAG
Seq C2 exon
TTTTCCCAGGGCCCAGCCTCGTCTAAGAGACCCTGGCACTGCCACCATCCTGGCCGGGATGAGCCTGCTGTTCCTTGTCCTTCTCTCGCCATTTCCCTGCGTTTTGGGACTTCCATTCTACAATGGCTTCTACTATTCCAATGATCTGAGTGGCAGGACCCTGGGAAATGGCTACGGGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030606-Hapln3:NM_178255:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: