MmuINT0078018 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020080 | Hkdc1
Description
hexokinase domain containing 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2384910]
Coordinates
chr10:61861538-61863244:-
Coord C1 exon
chr10:61862940-61863244
Coord A exon
chr10:61861678-61862939
Coord C2 exon
chr10:61861538-61861677
Length
1262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTCCACTCTCTCTCCCACAGAGA
3' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACCCCAAACGCCTACACAAGGTGGTGAGGAGACTGGTCCCAAACTGTGATGTCCGCTTCCTCCTGTCAGAGAGTGGAAGCACCAAGGGGGCCGCCATGGTGACCGCAGTGGCCTCTCGGGTACAGGCCCAGCGCAAGCAGATCGACAAGGTGCTGGCTTTGTTCCAGTTGACCCGAGAGCAACTCCTGGGTGTGCGGGACAAGATGCGGGCTGAACTAGAGTACGGGCTGAAGAAAAAGACCCACTCTCTGGCTACCGTGAAGATGCTTCCCACCTATGTCTATGGGATGCCGGATGGCACAG
Seq A exon
GTGGGTTGGGTTGGTATAGGCACCTGCTCTATGGGGTGTGCAGGGCTCCTGTCTACACTCTGCAAATGCAGAGACTGTTACAGCCTTGGATGAGGAAAGGGGAAGTTGGAGGAGTCTGCATGACTTGGTTAAAATGTGTGCGTGTATCTGTGTCTCTGTGTGTGTTTGTGTGTGTATATGTGTGTATGTCTGTATCTGTTTGTGTATGTGTGTATGTCTGTGTCTGTGTGTGTATCTATGTATCTGTGTCTATTTGTGTATGTATATGTATGTCTGTGTGTATGTATGTGTGTGTCTCTGTGTATGTATATTTATCTCTGTATGTGTATGTGTGCGAATATGTATGTATGTGAGTCTGTGTGTGTATGTGTCTCTATGTGTGACTTGTGTGCATGAGTGTATGTGTCTGTGTCTGTGTATGTGTATATGAGTGTATGTGTGAGTATATACATGTATCTCTGTGTGTATGAGTGTATGTGTCTGTGTGTTGGTGTGTGTATGTCTGTGTACATGTGTGTGTCTGTGTTTTTGTCTGTGTGTATATATGTTTGTGTGTATGCCTCTGTGTATATTATATGTGTGTGTATATGCTTGTATGTAAATATATGTGTGTATCTGTATATGTTTGTGTGTATTTCTGTGTGTGTATGAGTGCATATGTCTGTGCCTGTATGTGTCTATCTGTATGTGTGTGTATGAGTACATGTGTCTGTGTGTGTCTGCATGTGTGTCTGCATGTGTGTATGTATGTATATATATGTGTGTATGTATGCATGTATATGTGTGTGTGTATATGTGTGTTTTCTTAATGTGGGTAACAAAAGGAATAGACCTCCTGCTGTGAGCCAGCAGAAGTCCCTATGCTGCCCTGACCCTGCCCCCTGAGTGCCAGGTTCTGTGCATTATGTCCTGTACCAGATGCTTGGGACCAATTGGGCAGTAAGGTTTCAAGCTGGAAGAACCTTGAAGACACCGGCTTCCTCCCTCTGTAGACATGGAAAGAGGCCCAGGATGAAAGCTGTTTCTCAGAAGCAATGGGGGATAGGGGATGGGGTGGGAGAAGGGTGCCTGGGTCTATGGGGAAATGAGGGCTAAGAAAAAAATGCTCTGGCCTAAGACAGGTTCAAGGTACCTACAGGGAGGCCAGGAACAGAGGTTCCCGTTCTTTTGGGCTTGACCCTCTGTTCTTCTTCCAAGTGCGCACCATGGGTCCCTGCCCAGCGTGGGTGGGTGGGATGCAGCCTCCACTCTCTCTCCCACAG
Seq C2 exon
AGAAAGGAAAGTTCCTTGCCCTGGATTTGGGGGGAACCAACTTCCGAGTCCTCCTGGTAAAGATCAGGCGGAGGTCTGTGCGCATGTACAACAAGATCTTCGCCATCCCTCTGGAGATCATGCAGGGCACTGGGGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020080-Hkdc1:NM_145419:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0372711=Hexokinase_2=PD(16.7=38.8),PF0034916=Hexokinase_1=PU(29.6=58.3)
A:
NA
C2:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCCAAACTGTGATGTCCGCTT
R:
TTGTACATGCGCACAGACCTC
Band lengths:
357-1619
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: