MmuINT0084187 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022817 | Itgb5
Description
integrin beta 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96614]
Coordinates
chr16:33844986-33865652:+
Coord C1 exon
chr16:33844986-33845071
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr16:33865448-33865652
Length
20376 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
TTGCCTGTTTCTCCACCCAGTAC
3' ss Score
7.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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CTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCCCCTTCCCTTCCCCTTCCCTTCCTCCTTCTCCTTTCCCCCTTCTCCTCCTCCTCCCTCCCCTTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCCACTCCCCCTTCCTCCTTCTCCTTTCCTCCTTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCTTTTATTAAATATGCTAACCTTAGTTCACAACAGGCCTGGGTGACAAGCACTTCTGTCAATCCTTAGCCCTCATGTAGCATTTGGATCAGGGTTACCCCTGCTTCCACTTTCCAACTGTGACAATGGAGTGCAGAGTTTCAGGCCCTACCCTGATGGCTGCCTGCTTTTGCCTGTTTCTCCACCCAG
Seq C2 exon
TACTTTGGCAATCCACGGTCCATCACCTCTCGGTGTGACCTGAAGGCAAACCTCATCCGGAATGGCTGTGAAGGTGAGATTGAGAGTCCAGCCAGCAGCACCCACGTCCTCCGGAACCTACCTCTCAGCAGCAAGGGTTCCAGTGCCACGGGCTCTGACGTCATCCAGATGACGCCGCAGGAGATTGCAGTGAGCCTCCGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022817:ENSMUST00000115028:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.029
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PU(39.4=89.7),PF0036213=Integrin_beta=PU(19.1=58.6)
A:
NA
C2:
PF0143720=PSI=PD(57.6=55.1),PF0036213=Integrin_beta=FE(76.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types