MmuINT0085456 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000058248 | Kcnh1
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1341721]
Coordinates
chr1:192276698-192337829:+
Coord C1 exon
chr1:192276698-192277171
Coord A exon
chr1:192277172-192337399
Coord C2 exon
chr1:192337400-192337829
Length
60228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
CTGTGTCCATCCCCTTTCAGGGC
3' ss Score
12.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTGCAGCTGGGTTCAGACATCCTTCCCCAGTACAAGCAAGAGGCGCCAAAGACACCCCCTCACATCATCCTACACTACTGTGTCTTTAAGACCACGTGGGATTGGATCATCTTGATCCTGACCTTCTACACAGCCATCTTGGTCCCTTACAACGTCTCCTTTAAAACCAGGCAGAATAATGTGGCCTGGCTGGTGGTGGACAGCATCGTGGATGTCATCTTTTTGGTGGACATTGTTTTGAATTTTCACACCACCTTTGTCGGGCCAGCGGGGGAAGTGATATCTGACCCCAAACTTATCCGCATGAACTACCTGAAGACGTGGTTTGTGATCGACCTTCTGTCCTGTTTGCCGTATGACGTCATCAACGCTTTTGAGAACGTGGATGAGGTTAGTGCCTTTATGGGTGATCCAGGGAAGATTGGTTTTGCTGATCAGATCCCACCACCACTGGAGGGGAGAGAGAGTCAG
Seq A exon
GTACATCCCTCAAATCTTGGACCTTGTTGTCATGTCTTTAAAGCTGAATGAAATGCGGGCGGTCAGCATAAGAGTCACTGAGCGGGTGGGAGGCAGCATGAGCCATGCCACAACAGAGGGAGCATGCACCATGGGTATCCTGCCTGCCGTTCCTGTCCCCTGGAGGTCCAGAGGCCCTGCATGCCAGTGAGTGGGTGTGGAAGAGACCAAGGGCTCACTCTTCCTCCATGTGGAGTGCAGCTGCTGGCTCAGGGAAGAGAGGCTGCAGAAGCAGCCATGCATGGCCACCGCACCAGGGAGCCTTCCCTTTGGCACTGGACTGCTGGGTGTGTACCTGTTGGGTGTTCTGATGATGGGCCTTTTCTTTAGCTGCTCTGTGCTGGCTGTTCCACAGGCTGTAACTGATGGTAACTGAGGCCATTTCTGTTCTCTGGGGAAATGTTGCACTGAGTTGTTTCTTTGCTAGTGTTGGTTTTGGAGGTAATTGTGTGCTGGGCTACTCTGCCAGTGCTGGGGTTATGTGGAGTCTCAGCTTTGTAAATACTTTGTAACCATGTTGGGATTGGAATCTGCTCAGGCAGCCTAGGAGCAGGTACCTGAGGCAGCTGTGGCTGGAAGCACCTCCCCCCACCTCCAGGGTGAGGAGCCAATGTCTCCTTTCAAAAAGCAAGGATGCCAAGTCACTGCAAGGAACAGTGTAGGTTCTTAATCTGGATGATGCTTGGAGGGCAGTGTTCCATTACGGATTAAGATAAGACAACTTGCTTGATAAGCCTCCAGCTTGTTCAGCACTGGGACCTCATTGTCTCCGATTACAGAGGGTCAGGAGGATTAACTGTGGGCAACTAGGCAGCCATCTGGAGGCTGAGCTGAGGATTGGCACATCCTCTGGAGTAAAGTTAGCCTTGGAAGGGAGAATCTACTCCCATCCAGGGTAGGAAGCACTGGCTGCGGGCATCCCCATGCCTCTGCCTTCAAACCAGCTCAGCCATAGCTGAGGGCATCAGCTGCTTCCCTTGGGGGAACCAAACAGCTGAGTTGCTCTCCAGCTGAGGGGTAGCAATCGGAGTGTGGAGGCCAGCGATTAGATGCACACCCACTCCCTGCTGTGTCAGTTTTAAGATACTTTATTTTTGAAACAGTGCCTTGTGTAGTCAGCCTGGAACTTGATATGTAGCTGGCTTTAAACTTGTAATTCTCTTGCCTCAGTCTCTTCAGTGCTAATATTACAGGGGTATGCAAGCAGGACCACTTGTTAATATAATGTAAAATTGCAAGGGATAATTTCTGGATGCCTTTGGTGAGTTTTGCAAGATTAATTGCGTATGGACAGACCATCTACATGCAGAGGACAGAATCCCCTCTGGAGAGGATGTTGGCATTCTTCGATGTGAATTGCAGAGCATATTGGGAGGTGTCTGTCCCTCAAGAAAGTTATGCTATTGGCTTATATAATTCAAATATACAATTGTAACCTAAAAGAGATTTCATATATACATGGGAAGTTAAAGTTTATGCTAAAACAAACAAACAAACACTTGAGGGGCTGTGAGCGAGCTCAGTGAACAGTGCTTGTGAGAGCAAGAGGACCTGAAATCAGTCAGTAGCAGACAGGCATAACTGGGCATGCCCATAGCCCTATTGCTGGGAGTGCAGAGACAAGTGAAGTCTGGGAGCTCGCTGGCCAGCCATAGCTGGAACTGAATTTCAGTTTCAGTGAGAGAACCTGCCTCAGAGAATAAGGTGGAGGCTGATAGAGGGAAAGCCAGATGTCTTTCTCTGGCTTCTGTATACCATGTACAGCTATATATATTCACACACACGTGTGTGCACCATGCATACATCATACATACATGTACACACATATACATGTTGTGGCCCAGGAGTCACCTCATAAACCAAATGAATACCAATCTCAGTCAGTCAATAAATCTCAGTTTATTGAGTATAGACCTCAGGATTGATCGATTAATCAGGATCACCATTGAGGCTCAGGAGCTGACCCATGACATAAAATTAAGATCCTACAGGGTTATTAAGCCTAAAATCCACAAACATCTGTGGCAAGTACACAAATGTACAAATGAAGATGATTCAACCAATTAGGATCCAGGGATGGGGGATTTCCTAGGAACAGGTCTTTGTTGCACACTTATCCATCCTGCTCCCATTGGTTGGGGTATTCAACTTTGGCTGGTGACCTGGCTCGTCTAATATTCATGTCCTAACTTGTCTTCCAGGATGGGACTTGTCTAACATTCATGTACTACCTTGCTAACGAGGATGAGACTTGCTTGGTCTTTCTTTCTGCCAAGTAGTATGTCAGTTCCTAGGGAGGTCTTGGGAACTTAAACTTGACTTGACCCAGACTCAAAATGGAAGTCTTATTCCAAATAGTTTCTTCTATTGGTGCAGGTGTCTCTTATGTTGGGGTCCATCCCAGGGTTAGCTTACCAAAGCAAATACCATAAAATGTTATATACAGGTTCATATTGGGATATATCTGTCTCTCAAGAAAGTTATGCTATTGGCTTATATAATTCACATATATTATTGTAATCTAAAACAGATTGCATATATACATGGGTGGCTGGTTTGGGTCCATACTATTGTGGGTAACTATGCAAAATAGTTCTGACTTCTCTCATGATTGTTTTCTAAGAGCACGGAACATAACAAAATATTTAATCATCTTGGGCATGAGAAAGTTTCCTTGTAAGAGCATAGGAGAAAATTTCCTTATACTATTAGTAACAGCATAAAATGTCAGACTAGCCAGGTAACAGTTACCTAGTCCTTACATTCTACCTAGGTTTTAACATTCCATCTAGGCCTTAATATTTTAGCTAGACTTTAACACACATGCATATACACACCATAATACATGTACACATACACACACATAAACATATACATGCATGTACATACATACACACATATACATGTTTGTATATGTATACACACACACACTCATACAGCCACATAGGTTTGTAAAATAAGCTGTGCACTATGTATTGCAGTGGCATTGGAGTTTTGCAGCTAAACAAGACAGTTCTTCAGTTTCCATGGGTTCACATTAGTGTCTGACGGACAGCACTGCAAGCAGGTATGAGACGGACAGCTCCATGGCCTAGAGGCTAACAGGACAGAAAGCTTGTTCTCTGGCATTGTGTGTGTTGGCTTGGGAAGCCGTCAGTTTTGAGCTCCGTAGAGACAGCCCCTGATTTCCAGGTTTGTGGGATGGATTGGTTTAGGAAAGGTGTCTGTCATCAGTGGGCTTTGAGTTGAAGAGCGCTTGGAGCCAGAGGTCGACCATCTCATGATCCACAGTAGCAGTTCTGGCATTAAGGGATTCAGGCTGGACAATGTTTAAAGCTTTGGATGACTGTTGACTGTGCATTTCACACCAATTGGGATATGTCGGGAGATATACGTGTCTCTGGTCCTCCTGTGGTCACAGTTGCATGTCATCCTGAGCCCCCTGCTAGCTCCAACCTCAGACCTACTGGGCTCCAAGTCTGGTCTGCATTGCTCTCGCCTACAGAAGCCCTTTGTTTAAATAAGAAGCCTTTTTGCCCTTGCCCTGCAGTGCTATAGGAGGAAGTGATTTGGGTAAGGCATTTAGCAGAGGGTGAAAGGAGGTCACTGGGGGTCAGAGAGGGACAGGCCCTTCTGAGTTCACTGGAAAGAAAGCAGACACGGGGTCCTGCCTCTCACATGACCTCAGTCACCTGCTCACAGGACTGCTTGGGTCCCTTCGACCCCTTCTTCATCTTCCCAATGACAGCTTTGGTAAAGCAGGAGCAGAGCACACAGAAGTGATCGACCTGATGAGAAGCTGCTGATGTGTGCTCACGCCTTTGGCTTGTGAAATGTGGAAGAGAAGCTGGGCATTGGGTATAGTGGTGTGGAGGAGACAGCTGTGGTGTTGATCTGATGCCTAGTGAGGGGCAGAGCCACTGGTCCTGAGGCCACCCTTTTGTGAAAAGCTATTATTAAGTTAATGGAGTGGAGGGCCAGAACAGAGGCAGGTAGTGGTGGAGAGGCCATGAAGCATGTACCCCTACTTTTCCCAAGAGTTAGTCTAGGGGAAAGTGTAGCAAAGTCCCTTTATGAGTGTCTTAGTTAGGTTTTTACTACTATGAAGAGACACCATGACCAAGAAGACTCTTATAAAGGAGAATATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCACTGTAGAAGTATGGCAGCATCTAGGTAGGCATGGTGCGGAATGCAGAGTTCTACATCTTCAGAAGGCAAACAGGAGAAGACTGGTTCCCAAGTGGCTAAGTGGAGGGTCTCCAAGCCCAGAGTGACACACTTCCTCCAACAGGACCAAATGTACTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGGCCACTCCCTAGGCCAAACATAGTCAAACTACCACAAAGACAAGACAAAGTGGTCTGATTAATGGCTTAGTGCTTCATACTCCATACCTGTTCTCGCCTTACCACTGGCCGAGGATGGAGCGTTACTGATCTAAGTCTGCAATTCCCTCTAGTCTGGATTACTATTCTGGGAGAGTGTAGGAAGAATGAAGAAAATACTGACTCATTTATCATAAAAATGTACATGGAGCTGAATTAACTGTCCCTGGTATCTTTGTAGTTATGTCAGTGGGCTGTGTGCCAGTGAAGACCACCAAAGAAGAGAGTACAAGACTGCAGTGTCATTGCTGTGTCTGCCTGAGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTTTTGGGAAGACTTGAAGGGAAAAGATTGGACCTGGCTCAGGTCTGGTTCATGAAAGAGCTGGATAGAACTGCTAATGCCCATAGTCTTGCATCCAGCTTGTGGATATCGCCCTCTTGGTGGTTCCAGCTGGAAAATGACCCTTTGTTTCAACTTGCTTTGCTTATATGTAGATGGCCTCCATTTGCGTCATTCCCCGTGTGTGGGTAATCATCCGCTCTGGGTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000058248:ENSMUST00000078470:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(37.2=58.2)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(57.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types