BtaINT0079598 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011379 | KCNH5
Description
Bos taurus potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 (KCNH5), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192989]
Coordinates
chr10:75536618-75561432:-
Coord C1 exon
chr10:75561040-75561432
Coord A exon
chr10:75537045-75561039
Coord C2 exon
chr10:75536618-75537044
Length
23995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ATTTCTTTTCTTTTTTTCAGGGA
3' ss Score
12.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTCAGCTGGGATCAGATATCCTTCCTCAGTATAAGCAAGAAGCGCCAAAGACGCCACCACACATTATTTTACACTATTGTGCTTTTAAAACAACTTGGGATTGGGTGATTTTAATTCTTACCTTCTACACCGCCATTATGGTTCCTTACAACGTCTCCTTCAAAACGAAGCAGAACAACATAGCCTGGCTGGTGCTGGACAGTGTGGTGGACGTTATTTTTCTGGTTGACATTGTTTTAAATTTTCACACAACCTTTGTGGGACCTGGTGGAGAGGTTATTTCTGACCCCAAGTTGATAAGGATGAACTATCTGAAAACTTGGTTTGTGATCGATCTGTTGTCTTGTTTACCTTATGACATCATCAATGCCTTTGAAAATGTGGATGAG
Seq A exon
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No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.7=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(64.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development