GgaINT0054019 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011858 | KCNH5
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1BXK7]
Coordinates
chr5:53449233-53464829:+
Coord C1 exon
chr5:53449233-53449625
Coord A exon
chr5:53449626-53464399
Coord C2 exon
chr5:53464400-53464829
Length
14774 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
TCATCTTTTTTCTTTTCTAGGGG
3' ss Score
12.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTCCAGCTGGGATCTGATATTCTTCCTCAGTACAAGCAAGAAGCTCCAAAGACTCCACCGCACATTATATTACATTATTGTGCTTTTAAGACCACTTGGGACTGGGTCATCCTAATTCTAACCTTCTACACAGCAATTATGGTTCCATATAATGTCTCCTTCAAGACGAAGCAGAACAACATTGCCTGGCTTGTGCTGGACAGTGTCGTGGACGTTATTTTTCTGGTTGACATTGTTTTGAACTTTCATACAACCTTTGTTGGCCCTGGTGGAGAGGTTATATCTGATCCCAAGCTCATAAGGATGAACTACCTGAAGACGTGGTTTGTGATTGATCTTCTGTCCTGTTTACCGTATGACATCATCAATGCCTTTGAGAATGTGGATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGATCAGTAGCCTCTTCAGTTCTCTAAAAGTGGTGCGTCTTCTCCGACTTGGTCGAGTTGCCAGAAAGTTGGACCATTATTTGGAATATGGTGCTGCCGTACTGGTACTGCTGGTGTGTGTGTTTGGACTGGTGGCTCACTGGCTAGCCTGCATATGGTACAGCATCGGGGACTATGAAGTTATAGACGAAGTCACTAACACAATCAAAACAGATAGCTGGCTCTACCAGTTGGCACTGAGTATTGGGACACCATATCGATACAACACCACTGGCTCAGGGCAGTGGGAAGGAGGACCCAGTAAAGACTCCTTGTACATATCCTCTCTCTACTTTACCATGACAAGCCTTACAACGATAGGATTTGGAAACATAGCACCAACCACTGATGGGGAGAAGATTTTTTCAGTGGCCATGATGATGGTTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011858:ENSGALT00000019345:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.5=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(65.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]