DreINT0084849 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069117 | kcnh5b
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090319-1]
Coordinates
chr13:37224625-37239779:-
Coord C1 exon
chr13:37239387-37239779
Coord A exon
chr13:37225055-37239386
Coord C2 exon
chr13:37224625-37225054
Length
14332 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
CTTTATTTTTCTCGTTCCAGGGC
3' ss Score
10.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTCAGCTGGGCTCTGATATCCTTCCGCAGTACAAGCAGGAAGCCCCCAAAACCCCGCCTCACATCATCTTACACTACTGTACCTTTAAGACCACCTGGGACTGGGTCATCCTCATTCTTACCTTCTACACTGCCATCATGGTTCCTTACAATGTCTCCTTCAAGACCAAACAGAATAACGTCACGTGGCTGGTTCTGGACAGCGTTGTGGATGTCATCTTCCTCGTAGACATCGTGCTTAACTTCCACACCACGTTTGTCGGGCCTGGAGGAGAGGTGATCTCAGACCCCAACCTGATCAGGATGAATTACCTCAAGACCTGGTTCGTTATAGACTTGCTGTCCTGTCTGCCCTATGACATCATCAACGCTTTTGAAAACGTGGATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATCAGCAGCTTGTTTAGTTCTCTGAAGGTCGTCCGACTGCTCCGTTTGGGTCGTGTTGCACGTAAACTGGACCACTATCTGGAGTATGGTGCGGCTGTGCTGGTTTTACTGGTCTGTGTATTTGGATTAGTGGCCCACTGGCTGGCCTGCATCTGGTACAGCATTGGAGATTATGAGGTCATTGACGAACAAACCAACACCATCAAGACTGACAGCTGGCTCTTCCAGTTAGCCACCAGCATCGGGTCCCCGTACCGCTACAATGCCAGTGGGACCGGCCAGTGGGAGGGCGGTCCCGGTAAAGACTCTCTATATATAACCTCACTATATTTTACCATGACCAGCCTGACCACCATTGGCTTTGGAAACATCGCGCCAACAACAGATGGAGAGAAGATTTTCTCTGTGGCCATGATGATGGTCGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069117:ENSDART00000138934:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.5=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(65.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]