RnoINT0077772 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009542 | Kcnh5
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 [Source:RGD Symbol;Acc:621417]
Coordinates
chr6:98070540-98098279:-
Coord C1 exon
chr6:98097887-98098279
Coord A exon
chr6:98070967-98097886
Coord C2 exon
chr6:98070540-98070966
Length
26920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TAATTTTTTCATTTGTACAGGGA
3' ss Score
6.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAATCAGCAGTCTCTTCAGCTCTTTAAAGGTGGTACGCCTCTTACGCCTGGGCCGTGTTGCTAGGAAACTGGACCATTACCTGGAATATGGAGCAGCGGTCCTTGTGCTCCTGGTATGTGTGTTTGGACTGGTTGCCCACTGGCTGGCCTGCATCTGGTACAGCATTGGAGACTATGAGGTCATTGATGAAGTCACCAACACCATTCAAATAGACAGCTGGCTCTACCAGTTGGCCTTGAGCATTGGGACTCCATATCGCTACAATACCAGTGCAGGGATCTGGGAAGGAGGACCCAGCAAGGACTCCCTGTATGTGTCCTCCCTCTACTTCACCATGACGAGCCTTACAACCATAGGATTTGGAAACATAGCTCCGACCACAGACGTGGAGAAGATGTTCTCAGTGGCCATGATGATGGTCGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009542:ENSRNOT00000013275:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(64.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]