HsaINT1017147 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140015 | KCNH5
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6254]
Coordinates
chr14:62950133-62981264:-
Coord C1 exon
chr14:62980872-62981264
Coord A exon
chr14:62950560-62980871
Coord C2 exon
chr14:62950133-62950559
Length
30312 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTAAATCCAGGGA
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTCAGCTGGGATCAGATATCCTTCCTCAGTATAAACAAGAAGCGCCAAAGACGCCACCACACATTATTTTACATTATTGTGCTTTTAAAACTACTTGGGATTGGGTGATTTTAATTCTTACCTTCTACACCGCCATTATGGTTCCTTATAATGTTTCCTTCAAAACAAAGCAGAACAACATAGCCTGGCTGGTACTGGATAGTGTGGTGGACGTTATTTTTCTGGTTGACATCGTTTTAAATTTTCACACGACTTTCGTGGGGCCCGGTGGAGAGGTCATTTCTGACCCTAAGCTCATAAGGATGAACTATCTGAAAACTTGGTTTGTGATCGATCTGCTGTCTTGTTTACCTTATGACATCATCAATGCCTTTGAAAATGTGGATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAATCAGCAGTCTCTTCAGTTCTTTAAAAGTGGTGCGTCTCTTACGACTGGGCCGTGTGGCTAGGAAACTGGACCATTACCTAGAATATGGAGCAGCAGTCCTCGTGCTCCTGGTGTGTGTGTTTGGACTGGTGGCCCACTGGCTGGCCTGCATATGGTATAGCATCGGAGACTACGAGGTCATTGATGAAGTCACTAACACCATCCAAATAGACAGTTGGCTCTACCAGCTGGCTTTGAGCATTGGGACTCCATATCGCTACAATACCAGTGCTGGGATATGGGAAGGAGGACCCAGCAAGGATTCATTGTACGTGTCCTCTCTCTACTTTACCATGACAAGCCTTACAACCATAGGATTTGGAAACATAGCTCCTACCACAGATGTGGAGAAGATGTTTTCGGTGGCTATGATGATGGTTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140015:ENST00000322893:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.7=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(64.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains