MmuINT0085510 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034402 | Kcnh5
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3584508]
Coordinates
chr12:76188392-76215570:-
Coord C1 exon
chr12:76215178-76215570
Coord A exon
chr12:76188819-76215177
Coord C2 exon
chr12:76188392-76188818
Length
26359 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTTTTTTTTCGTTTGTACAGGGA
3' ss Score
9.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAATCAGCAGTCTCTTCAGCTCTTTAAAGGTGGTGCGCCTTTTACGCCTGGGCCGTGTTGCTAGGAAACTGGACCATTACCTGGAATATGGAGCAGCGGTCCTTGTGCTCCTGGTATGTGTGTTTGGACTGGTGGCTCACTGGCTGGCTTGCATCTGGTACAGCATTGGAGACTATGAGGTCATTGATGAAGTCACCAACACCATTCAAATAGACAGCTGGCTCTACCAGTTGGCCTTGAGCATTGGGACCCCATATCGCTACAATACGAGTGCAGGGATCTGGGAAGGAGGACCCAGCAAGGACTCCCTGTATGTGTCCTCCCTCTACTTCACCATGACGAGCCTTACAACCATAGGATTTGGAAACATAGCTCCGACCACAGACGTGGAGAAGATGTTCTCAGTGGCCATGATGATGGTCGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034402-Kcnh5:NM_172805:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.7=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(64.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: