DreINT0084842 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000043220 | kcnh5a
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061106-2]
Coordinates
chr20:20193578-20200793:-
Coord C1 exon
chr20:20200701-20200793
Coord A exon
chr20:20194008-20200700
Coord C2 exon
chr20:20193578-20194007
Length
6693 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
TTTCTCTTTTTCTTCTCCAGGGT
3' ss Score
12.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GACACCTTTGTAGACTCCTCTGCTGTGGGTCACTTGCCATCTGCAGGCCATTCTCCACGAAACGCCACACGTGCGGAGGATTCAGTGCTGCCC
Seq A exon
GTAAGTTTGCTCTCATTTCTTACAGTATGTTGTTTATAGCTCTTCTGTCCCATTTTCCCATTTGTACTATAGTTCAGTAACCTCTCTCCTATTCAATGTTGAACAGAGACGCACTAATGGCTCTCTAATTTATGCTAATGTTGCTCTGAATGCTGCACCCCTTAGTGTGTTTGTTTATCTAAAGTGATTTTAGATGCGAGTCAATTCAAATTAGATGGCACAAGATTCATTCCCCACCCCCTGACACACACAACTAAACATAGCATGTTTCACCAGCAGGCATTAATGTTTTCTTGTCCATTATCTCATCATTCAACTGTGGGGTCGTCACATCTAACTGAACGTTTATGAGTATGCATAACCTTTTAATGTTCACAGTTGAAAACTGCTTATTTGTTTGGCCTTAAAGACAAAGGCGAAAAACTTTATGGATTACTAAATGCTACATAAGCACATTGCAAATTAGATATAGGCCCTCAGAATGATGAATTACTCGAAAGAATATCCATTAGGAGCTGCTCTGCCCTGGGAGTTGACTGTTGGCAAAATTAGCATCCGTTTTCTTTAAACATTTTTAGCTAGTGTAATAAAAGCTGTACGATTCTATGCGATATTGCAGAATGAACACATCTATTTTTACCTTCCTTCCTCCGTGTCAGTGTCTGAAGAAAATTGCTCCTTTCAGGAACATAAAGCATGTTTGAGAAATTAGCCTTTTGATTATGTGACGGCTGGAACAAAAAGGCAGAAATCCTCAGCGGAGGAAATGCTAATTAAACCTGCGAGGTACACATCATGGACACTATTTATAAACAGTTCTGGGCTGACAGTCCGAAGCTGTTGAGGATGCAACAATTAGGCGTATTTACTTCTCACCCCCTCTATTTCACTCTGCTTAAAAAGTGAATCCATCAAGTGTCTGCAGAGAATGCGACGTTCTATTTTGTCCTCCAGATAACCTTCTTTGTGTCCTCAGGAGAGATTGCAAACATCCAGCTGTGAAGTATTTGGGGACGAATTATAAGTATTGCGTTAGAGGAGTAAGACAATGGCTGATTTTAATTGGTAAATTTATGTCCGTTTCAAAGCTCAAAACATGCTCCTGCTTCTTGCACGTTTATTAAAGTAATCTCTTAACTATTTCCAGACCTTTTACTGAGTTTTTTCAACACAGGCTCATTGTGAAAACGTACTCCCTTATACATTTCTGGAGAGTGTGAATTATGTAGCCAGAGCTACCTATGGCTGCATTTCGTCTTTAAACGAATTCTACAGGGCGGTATGATGCCGATGGCTTTTGCGCTATTACTAATTCGCCCAGTAGCTTTCCAGTAGCTTTCCTACAAGAGGAGTTAACTGTGATGAAAGGGTTCAAGCCTGGTGAAAAATGGTTCCAGAAAGTGGGCAAGACAAAATTAAAATGGCAAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAATAACAGTGTGAGAACATGGTAAGATCTGAAAACTTGGTAAGGGCTTTTCTTTTTCTTGATTGCTTTGAAAACACTGTCGGTTGGGTTCAGAGAATTGGATGATCGGGTCAGTGCGGAAGAGGGTCATCGGGTCAGTCTATGCTTTTGAAACAACTATAGTTTGGGTTTAGGGAAGTGAGTGATCGTGTTAGTCTGTGCTTTTGAAAACACTATGAGTTGGGTTTGGGGAAAAGGGTGATCGGGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAACACTATTGTATGGGTTTAGGAAAGCGGGTGATCGGGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAACACTATCAGTTGGGTTTAGGGAAGGAGGTGATCTGGTCAGTCTGTGCTTTTGACAAACACCATCGGTTGGGTTTAGGGAAGGGGGTGATCGGGTCAATCTGTGCTTTTGAAAACACTATTGTATTGGTTTCGGAAAGGGGGTGATCGGGTCAGTCTGCTTTTGAAAACACTATCGGTTGGGTTTAGGGAACGGAGTGATCGGTTCAGTCCGTGCTTTTGACAAACACTATCGGTTGGGTTTAGGAAAGGAAGTGATCGGGTCAGTCTGTGATTTTGAAAACAATATTGTATGTGTGTAGGAAAGGAGGTGATTGGGTCAGTCTGCTTTTGAAAACACTATCGGTTGGGTTTAGGAAAGGGGGTGATCGGGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAACACTATCGGTTGGGTTTAAGGAAGGGGGTGATCAGGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAACACTATTGGATGGGTTTAGGGGAAAGTGGGTGATCCGGTCAGTCTGTGCTTTTAAAAAACACTATCGGTTGGATTTAGGGAAGTGGGTGATCTGGTCAGTCTTTGTTTTTGAAAACACTATCAGTTGGGTTTAGGGAAGGAGGGGATTGGGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAAACACTATCGGTTGGGTTTAGAGAAAAGTTGATCGAGTCAGTCTGTGCTTTTGAAAATACTATCGGTTGGGTTTAGGGAAGGGAGTGGGTGGGTGGGGGGATAATTGGTGGATAAGTCAGTCAGTCGACAGCAGGTTCTAGTGCATTTAACAGCAGGCGCAAATGGCACTCACTTGAGAAATTTGACATCTGTAAAAGCATACACAGTGACCTCCGGTGGATTTGCGAAAACCAAAACTGCAAAAAAGTAGCTGCTGGGACATATTTTATGCTCTCCAGAATTGTATATAGAGGTATGCTTTCAGAATGAGCCTGGCTTGTTTTTTTTGTTTGGTCAAACATGAAAAAAGGAATTTTGAAAAAGGTTGAAAACCTGTAACCATTGACATCTATATTATTTGTTGTTTTAAGGTCAGTGGGTGCTGGTTTCCAGCTTTTTTTTTTTTTACTATCCTAATATTAATGCATCCCTAATTTTTGTGACACTGCATTATCACTTATTTTTGATTTTGACTTTTGAACCAGTGGGAGTTAATATGGGTAATATTTTTATTTTTTTATTTTTGTAGAAGCGCAAAGCATACAAACTCTCAAAATTAAATCACTGTCACTATGAACTTAAGTAATCCTTCAGACTGTAATAATATCAAGGTTTAACACCATTAAACCCTTTCAGCAGATGTTCCCCCTATAATCCTTGTACAAATCTAGTTAACAGTGTATTTGTGTACGTGAAGAAAACTATAACAAATATATGTTAATCAGCGTGGCCTTTTTCCTGGAAAGACCTGTAATCTCTATCGGCCCTAAGTTGACAAGCAATGTTTAAGCTTTTGTTCAACGGGTAACAGTGCACGTGTGGGCGTAACTGAGTGAAAGCATCCTCTTCACTTTGCTTTCAGAGCCAAAAAACACTATACTTATTCCACTCTTTAATGAGACAGACTCGACAACATTCATATTTTCTGAATGTTTCCAAGCACTGTGTTGATATTTTTATCCCAATAACTATTAGGTCTACATAAACACACATTAATAATTGAGAAACACACATTTATTGTGTGTAATAAAGCATCAATCAAGCATATATTTAAATTTAAACTCATACTAGAGTGTTGGTAAATTCTGACTATCTAAAGAATTAGTAGGACATTAAACTGGTATTTAAAGGTACAAAACATTGTCTATAAACAATCACATAACACACAAATATAAGCTTTAATATATAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTTTTTAGAGCAGCTGACTCTAGTATTGGCAATCTAGAAACCAACAGCGCACTACCTGACAAAGTTTTAGGAATGACAATTAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGCTATCAGAAGCTTATTTTACCAAATCAAAAAGTTATCATGCCTTGATTTTCAACTATTTAATTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTCAGGCAAAAGTCTTGTTGCTTGTTTATGTCTGGTGACTGGGCTGGCCAATTCTGGAGCACCTTGACCTTTCTTTCAGGGACTTTGATGTGGAGGCTAAGGCGGAGGCTAGTTACTGCTAATAGGAGGCTAATATCCATTAAAGTTTCAACATACTGTATTAGGACTACTTTTACCTCAAGGTTTACTTCTCAACATCTCAATCAAAACCCAAACATTTGATTGAATTCTTCCATCATAAACACTCTGCTGCTGTTATGTCTTGTTTATTCCATCATCTGTCTTTACATATTTAGTCAAGTCTTTACAATTTGGCGTGCACTAACAAAATTGAGCATTCATTACAGAAAGCAGCTAGAGGAAAACATTAGCTAATGCAACGTTAAAATGTTACCAAGCTGTCTTACTGAAATTGTTTAAAAGCACAAACCAACACATTCTTACCTGTGAAAAGTTATCCTGCTTCTTGTGGAATTTAAAAGAATCATCTTTAAATTGCATTCAGAGCCAATAATATATGCTCAACAACATTCTTCAGAACTGTTAGTTTTTATCTTCCATTAGCTTAACACAATTTACCTGATCAGTAAAATGTCTGGTGAGATCTGTGGTTCTCTTTGGATGTGCTGTATAGAGTTGAAGGATCAGTGGAGGAACTTTGGCTATCTGTTCTCTGACATGAAAGGTGTGTGATCAAAGCGACTATAGGCTGAAGGAGCAGGTCTCTGGAGCTTCATGACACCCATCAACCTGGAATTATTCATGTTCATATGGACATGCACGATCTTTCCTTGAAATTCTCACCTGACTTTTTTGAAAGTCATGCTGAGAACTTTCAAATGAACCTTGTTCAAAGAAGCCTATGTATCTAAATATACCTAAATCAATATGTCTTCATGAAACTGGTAGTCTCTTAATTTTTTTCCACAACTCTATATTACAAAATAAAAGTCATGGGATGGGTCTAGTGATTAGAAATTTATAGAGAATCTGAAAACTAAAAGAAAAAGGATTGAAAAATTAATTGTATACCCACCAATATTGTAATATTTACATTTTATTAATAAAAATGACAATATTTATTTAACAAAAAATAAGATTGTTAAACCTAGTCTTGTTAAAACATTGAAAAAAAAGTCTTGTGCCTAGATAAATGTAGAGAAATCTCAACACAAAATGTTAATGGTCAGTATAAAGGACCCGCAATGTTCTATTTTTGCATGAACAATCCCTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTGATATATAGTTGAAGTCACATTTATTAGCCCCCCTTTGATTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTCTCAAATGATGTTTACCAGAGCAAGGAATTTTTTACAGTATGTCTGATAATATTTTTTTCTTCTGAAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTATAATTTTTTAAAAACCATTTTAAGGACAAAATTATTAACCCCTTTAAGCTATTTTTTTTTGTCGATAGTCTACAGAAAAAAACATCATTATACAAAAACTTGCCTCATTACTCTAACCTGCCTAGTTAACCTAACTAACCTCGTTAAGCCTTTTAATGTCACTTGAAGCTGTATAGAAGCATCTTGAAAAATATTGAGTAAAATATTTTTCACTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAGTTTTTAGAAATAAAGTATTAAAACTCTTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTGCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAACAGGGGGCTTATAATTCAGGGTGGCTAATAATTCGGACTTGAACTGATTTCTAACAAAAAAAGAAAACATCCAAAATAGACTTTTAAGTGTTTCTACAATTTTTTTTTACACTTATCAAACTTCAGTTTTAGTCATATCTATTTTTTTTTTAAACTGGGATATTTCATACGTAATTTTCTTGATTATGTACAACATACCATTCTCCAAACAAATGTGAAAATGTATTTATTTATAGCTGTTTGTAGTGTTTTCTGATTTATGGAGTAATAAAAAGAGATTTGCAAACCCCTAATATGTCAAAAAAATTAGGCAATCAACCCAACTTCATTCAATGTTCAAATTTGTTTACTAAAAATGTATGCAAAATAGCTCATATTTAATTAAATGATGCCTTATTTACATATTAAACATGAAATTTGTGACCCTGGACCACAAACGCTGTCTGAAGTGACACTTTTATGTAATGCAGACTTTAGAATTATCTGAAAGGTGAATTAATTTACTTACCATTGATAAATGGTGTGTTATGATTGGACAATGTTTGCCTGTGATGCAACTATTTGAAAATCCGGAATTTGAGTGCAAAAAAACAAAAACAAAAATAATGATAATATATTGACCAAAATATTATTTTGATATACAGTATCAGTAAGTCAAGTAGGAATTTTACAAAATGTCTTCATGGATTATGATCTTTGGTATTTGAATGATTTTTAGCATAAAAGACAAATCTTTCTATGCAACACAAGACTTAATAAGTGGTCCAGGGTTATAATAGAGGCTTAATTTTAGCTATTCTTAATGCTTAATCAGTCAACTGGGGAGATATGGTGATAAATATTAGTAATTTATTTACTACCCATTAACCTGCAGTACCTTGCCCTCCCTATTTCTTATGCTACTTTCTCTTTTTCTTCTCCAG
Seq C2 exon
GGTCTCAGCAGTCTGTTCAGCTCATTGAAAGTGGTGCGTTTACTCCGCCTGGGTCGAGTTGCTCGCAAACTGGACCACTATCTGGAATATGGTGCTGCTGTGTTGGTTTTGCTGGTGTGTGTCTTTGGCCTGGTGGCACATTGGCTGGCCTGCATCTGGTACAGCATTGGAGATTACGAGGTCATCGATGAAGCCACCAATAGCCTCAAGACGGACAGCTGGCTTTATCAGTTAGCCATTAGCATTGGGACGCCGTACCGCTATAACGCCAGCGGCTCAGGCCATTGGGAAGGTGGACCAAGCAAACACACGCTCTACATTTCATCTCTCTATTTCACCATGACCAGTCTCACCACTATTGGCTTTGGCAACATTGCACCAACCACTGACGGGGAGAAGATCTTCTCTGTGGCCATGATGATGGTGGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000043220:ENSDART00000103532:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(12.0=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(57.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]