DreINT0084775 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000023236 | kcnh1b
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-121128-4]
Coordinates
chr22:37961769-37969473:+
Coord C1 exon
chr22:37961769-37962161
Coord A exon
chr22:37962162-37969043
Coord C2 exon
chr22:37969044-37969473
Length
6882 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
TCCTTCTGCTCCTCTTGCAGGGC
3' ss Score
11.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGCAGCTGGGATCAGACATTCTCCCGCAGTACAAGCAAGAGGCTCCCAAAACGCCTCCGCACATCATCCTGCACTACTGCACCTTCAAGACCACCTGGGACTGGGTGATCCTCATCCTCACCTTCTACACCGCCATCATGGTGCCCTACAACGTGTCCTTTAAGACCAAGCAGAACAACGTCACCTGGCTGGTGGTGGACAGCATTGTGGATGTGATTTTCCTGGTGGACATTGTGCTCAACTTCCACACCACCTTTGTTGGGCCGGCGGGAGAGGTGATCTCAGACCCCAAACTGATCCGTATGAACTACGTCAAGACCTGGTTCGTGATCGACCTGCTGTCCTGCCTGCCGTACGACGTCATTAACGCCTTCGAGAATGTTGACGAG
Seq A exon
GTGAGATTTCTACAATTCTTTTTTCTCTGTCAAAGATTTCCCCCATGATGTTGAACAGATTCAGGATTTATTCACAGTATTAACTATAATGTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCCTATTTGTTTTATTTCGGCTACAACAAAAGCAGCTAGCTGGCAGCTAGCTCTCTGCAACTCTCACATGGTCGCCCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGCGCCCGGTCAGTACCTGGATGGGAGACCACTAGGGAAAGCTAGGTTACTGCCGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCTGGGGGCGCCCAACCTGCGGTCTGTGTGGGTCCTAATGCCCCAGTATAGTGACGGGGACTCTATACTGCTCAGTGAGCGCCGTCTTTCGGATGAGACGTTAAACCAAGGTCCTGACTTTCTGTGGTCGTTAAAAATCCCAGGATGTCCTTCGAAAAGAATAGGGGTTTAACCCCGGCATCCTGGCCAAATCTGCCCACTGGCCTTTGTCCATCATGGCCTCCTAACCCTCCCCATATCATAGTTGGCTTAATCTCTGTCTCCTCTCCACCAATCAACTGGTGTTTGGTGTGCGGTCTGGCGCAAAATGGCTGCATTTTAGAAATGTGTTGAACAAAATCTGCTCTCCGTTACACTGAAATTGGGAATACAAATATTCAGGAGGGCTAGCAATTGTAAGTAACCCTCAACCAATATGGCCTCATCTTAACTGGCATGTGGCCTTGCATGATCAGATTGGCCACAGCATGCATGTGTTCAAGTCCAAGAGACTGTAGGGCGTCCAATGACGGTGGTAATGAGGGTGGTAATGAGCGGCCCTTCATTGCTCCCTCATTAGCTGTTTACGATGCGAATTATGTGCAAGACTGTAATATGCAATGATGGCAGCACATAATATTTGACTAGATGCTTTTCAAGACACCAGTATTCAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTCACTAGGGTAATTAGGGTAAAGTTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTAGACTATCTAAAGCTAATACTGCTTAAGGGGGTGAATAATATTGACCTTAAAATGGCTTTAAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAACAAATATTATAGGAAATACTGTGGAAATTTCCTGCATCTGTTCAATATCAGTCTCAATCTTTCTGCTGAAATTGCATTATTGCCTCACAGTCAGTTTTGATGGCTTTCCCGCACTGAAGCTGTGTTTTTCAGGATTGATTTCATCCGTGCATGCCGGGTATTTCCCTCAGGAGCTCTGTGAATGAAGCTGGCAGTTATTCTCTCTGAGCGATATCGCAGTATCTTATGCTGTATTGCTATATTACCGCAGAAACACACCCCACAGGAGACACAAGCTTTGCACCCTGCTAGAACTGTGAAATCCGTCAGTCCAGAAGTCATCATCATCATTAATAGCTGGCGTGTCCCGGCAGCCATCATTACCAGTGTCGTTCTGCAGCAGAACCATTCAAGCGTAGCTTTACTCTCAGCTAATGCTGCACTGCAGGCCAAACCAAACTTGGCTCTCTGTGATTATAGTGACACAAACATGAAACTGCCTTTAAAATAATAAAAACATGTGAGCAGTTCCAGCATTACGGATGTGACGTTTGCAGTAAAAACCCAAAACAAACTCACAGAGGTTAACATTATATTGAAACATCTGATTGGCGCAGTGGGTAGCACGTTTGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGATCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTTCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAACACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTTGGCTAAATTGTCCGTATTGTGTGTGTGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGATGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATGATTATATCATCCAGATCTACTAAGCGCAGAATTCTGGGATCAGACAAATATCAATCTGTAAACATGTTTAATATTGTAAAATGAGGGAAATAACCCACATAGCAGCCGAATTACGCCAAATATGTGTGTCAATTTCTCCCAAAAAAACTGTGGAGATGAACACGGGAGGTAGAGAAAGCATTTTATCGGCCATGAAGCACGCGTTTGTATCATCAATAATTAAGAGTGCTGGTGAAACAAATAGAAAAACACGACACGAGAGGTAATTTACTGAAAAATAACAACAATATTATTATGTTAGGGCTTAAATAAACTTTACAATGCAAAAACAAAATTATGTACGCATATTAATGCAGCTAAAATAAAATAAATAAATAACCAAACAAAGGTTATAAATAACCCAACAAAGCACCAAATATTTAACCCATATGGTTGAGTTATTATTAAATAACCTAATGAAGGTTAAAAATGACTCAACAATGTACCAAATATGTTTAACTCAACCATCAATTGTAGCTCAGGCTTTCAGGAATCTTTTAGGATTCACCAAATTTGTCTCAGATGAAAAACATCGTGGCTGATATCTAAGAGTGTGAGCATGGTTTAAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGACACGGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATGTGTTGGATGTAGCAGATGCCCTCCCAGCTGCAACCCATTATTGGGAAAGATCTATACACACTTATGCACACTTGGACAATTTAGCCCACCTAATTCCCCTGTACCCAGATCCGGCCCAAGGCATAAGCGAACTAAGCGGCTGCTTACAATTACAATTAACAGTTGGTAAATACACAGCAAAAATGATTTTCTTTCTTATAGTTTTTGTGTGATTTTTAGTCCAAATATCTAAAAATTCTTAAACCAATAAGCATTTTCTAGAAGGATATTTAGTCAAAATAATGTGAATTTTTCATTAAAAAAAGCTTAATAATCTGCCAATTAGGGTAAATAATAATATTGTTTTAGGTTTTAAATCAGATTATTTTACTTATCTCATTGGCAGATTAATTTGTTTTACAAAAAAAATCACTTAATTTAGAATTATTTCTGAAAACTGAACAATTTTTGTACATATTTAGTAATTTGATTTATATGCGAGTGTCTAAAAATGCTTCCTGATTTAATTTGATTTTAATTTAAATATATGTTTTAAGTTATTTGAACTACAAAATACAATATGATTTTTTTCAGTGTTATCATTTATATCCAATTAAAAAAAATATCTTTATTGTCACTATGTTTGACTGTTTGACAGCGTCTTAAATAATAATACAAATCAGTATGTTATTGGCTACTTGCAGCTGTTTTTGTTTCTGCCAGCCCATATTAATGTTTTGTGTCTAATAATTATTTAGAGTTGTGGCAAGTAGTCATTTAAAAAGTTGGATCAATAGGAAGTTATTTCTGCAGAATAATATTTAGAATTGTCTTAAAACATATATTTTATGATGTAAGCAACAAAGCTACAGCGAACAAAATCGATAATGTGTGTTTTAAATTTATAGTGTGCAAATTATCAAGGATTGATGATAATTTGTCATATTGTTTGCACCAAGGGGGCCCCAAATAAAATCCTGCTTAGGGCCCCCTGAAGGCTTGGGCCGGCCCTGCCTGTACCGCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCAGAGGAAACCCACGAGAACGCACGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAGTGCCAACTGATTCAGCTGGACTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGATTGTGCTATCCACTGCACCAACGTGCCGCCATGTCATACATTTAGAGCAATATTCAGAAAGACCTGGCCCTTTAATCCAGAAAGTGGTGCGAGGAAAGTTAAATGGGTCACTTTTGATTTTAAGCACAGTACGGCGGCTCACAACCTGTCAGGTGCTGGTCTTGGTCTTGGCTCAGACTCGCTTATTTAATCCCTCAGTAGGAAGTGCAGACTCAAAGCTGTGTTTTATGTGGAGCAGGAGATTATAGCGCTCACACATACAGTCCTCTTCCCTTCAGAAAACGTCAACATCACTTATCCGTCCTCTTTCTGCTCCTGCTTCTGGCTGCATTCAGTTCAAGCTCAGCCACTGTGTGAGACAGTCATGCTGATTCTGCAGGGCTTTTCCCGCTCAGTGTCCAGTATTGAGTCGCGTAATGAAGCACAATACGAACTGTAACGCTCTTGCAGAAGGAAAGAATTGAATTAACTAAATTGCCTGTAGTGTATGAGTTAGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCTACTAGGGATGCACTGACTTGGATATCAGTTCAATACCGCATATTTTTGCTGGATCAGCTGATCCAAATCCGATCTTGCTCTATATTCGGTGTAATTTAAAAGCCACGAAGGTAGCCTAATATAAGGCACTAGAAAGTTGTCATGTAGCCGACCATATCCCAAATATTCTGAAGCCATTCTGTAGTTTAATGTGAAGCACAGATGAATATCGACTTGGTTAAACTCATGTTCAGTTCAGCGCTTCCCACTGCTGCACCTGTCAATCATTCTCCATTCAATCACAGTTCAAAGTTCGTGTCGCGTTCATGACAACACAAACAACTCTCCAATACTATTTGTTCCTGTTAATATAAATAATCATTTGAGAAATGCATTTAGTTTAACATTAAATGGCTTCATTTTGACATGCAACATGGAGTTCATTGCTGTAAATCATGTTGCGCGGAGTCTGTTAGATCAGCAGATCACATTCACAACACTTATCCCCCCTATGCCCTATTCATTTAGCACATTCTAACATTCAAAGTTGGAATGATTACAAATAAAAACGCATTGAGGTCATCCCTCTTAGGT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Seq C2 exon
GGCATCAGCAGTCTGTTCAGCTCTCTGAAGGTGGTCCGGTTGCTGCGTCTCGGCCGTGTGGCCCGTAAACTGGACCACTACATTGAATACGGCGCAGCAGTGCTGGTTTTACTGGTGTGTGTGTTTGGTCTGGCCGCTCACTGGCTGGCCTGCATCTGGTACAGCATCGGAGACTATGAGGTTATCGATCAAGACGCCAACATGGTGCGCACTGACAGCTGGCTGTATCTGCTGGGCGAAGCTGTGGGTCAGCCCTATCACTTCAACGCCAGCGGCTCAGGGAAGTGGGAAGGGGGTCCCAGCAAGGATTCGGTCTACATCACGTCTCTGTATTTCACCATGACCAGCCTGACCAGCATTGGATTTGGGAACATCGCTCCCACCACCGACGGGGAGAAGATCTTCGCCGTGGCCATGATGATGATCGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000023236:ENSDART00000032246:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.0),PF0052026=Ion_trans=PU(29.5=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(65.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]