GgaINT0086964 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009877 | KCNH1
Description
NA
Coordinates
chr3:23516914-23529319:+
Coord C1 exon
chr3:23516914-23517306
Coord A exon
chr3:23517307-23528889
Coord C2 exon
chr3:23528890-23529319
Length
11583 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
TCTGTTCTTTATCCTTCTAGGGC
3' ss Score
11.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATCAGTAGCCTCTTCAGTTCACTTAAAGTGGTCAGACTACTTCGTCTGGGTCGTGTTGCTCGGAAATTGGATCACTACATAGAATATGGAGCAGCAGTCTTGGTTCTGCTGGTGTGTGTGTTTGGTCTCGCAGCACACTGGTTGGCCTGCATTTGGTACAGCATAGGAGATTATGAAGTTATCGATGAGGATACAAACACAATCCGAACTGAGAGCTGGCTCTATCAGCTGGGAATGTCAATAGGAACACCTTACCGTTTTAACACGTCTGGCTTTGGAAAATGGGAAGGCGGACCAAGCAAGGATTCTGTCTACATCTCCTCACTGTATTTTACAATGACCAGCCTCACTAGTGTTGGATTTGGAAACATTGCACCGACTACAGACGGGGAGAAGATCTTTGCTGTTGCAATGATGATGATTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009877:ENSGALT00000016057:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=45.8),PF0052026=Ion_trans=PU(29.5=49.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(65.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]