MmuINT0085540 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059742 | Kcnh7
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2159566]
Coordinates
chr2:62577201-62602827:-
Coord C1 exon
chr2:62602628-62602827
Coord A exon
chr2:62577454-62602627
Coord C2 exon
chr2:62577201-62577453
Length
25174 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TCTCTATTTTTTCCTTTCAGGTC
3' ss Score
13.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTTAAAGGGATTTCCAGAATGTTTACAAGCTGACATTTGCCTGCATCTGAACCAGACTTTGCTACAAAACTGCAAAGCCTTTCGAGGAGCAAGTAAAGGCTGTCTTAGAGCTCTGGCAATGAAGTTCAAAACCACCCATGCCCCTCCAGGAGACACCCTGGTTCACTGTGGGGATGTTCTAACTGCACTGTACTTCTTATCCAGAGGCTCCATTGAAATCCTCAAGGATGATATAGTGGTAGCTATTCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059742-Kcnh7:NM_133207:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.8=14.9)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: