HsaINT1017153 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000184611 | KCNH7
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr2:162400189-162423535:-
Coord C1 exon
chr2:162423336-162423535
Coord A exon
chr2:162400442-162423335
Coord C2 exon
chr2:162400189-162400441
Length
22894 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
CTCTTTCTTTTTTTCCTCAGGTC
3' ss Score
12.48
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTAATGTATGCAAGCATTTTTGGGAATGTATCTGCAATTATCCAAAGACTATACTCGGGAACTGCCAGGTACCACATGCAGATGCTGCGAGTAAAAGAGTTCATTCGCTTTCACCAAATCCCCAACCCTCTGAGGCAACGTCTTGAAGAATATTTCCAGCACGCATGGACTTACACCAATGGCATTGACATGAACATG
Seq A exon
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains