MmuINT0091670 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000009207 | Lnp
Description
limb and neural patterns [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918115]
Coordinates
chr2:74393045-74407185:-
Coord C1 exon
chr2:74406998-74407185
Coord A exon
chr2:74393104-74406997
Coord C2 exon
chr2:74393045-74393103
Length
13894 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
GAACTTTGCTTCCTCTCTAGCAT
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CATCTGGACATTAAGAACTGTACTTATTTTCTTCTTTTCCAAGAGAACAGAGAGAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000009207-Lnp:NM_027133:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF136871=DUF4153=FE(60.2=100)
A:
NA
C2:
PF136871=DUF4153=FE(19.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: