Special

RnoINT0085903 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:RGD Symbol;Acc:1312042]
Coordinates
chr3:61469662-61484606:-
Coord C1 exon
chr3:61484419-61484606
Coord A exon
chr3:61469721-61484418
Coord C2 exon
chr3:61469662-61469720
Length
14698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
GAATTTTGCTTCCTTTCTAGCAT
3' ss Score
7.59
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATCTGGACATTAAGAACTGTGCTTATTTTCTTCTTTTCCAAGAGAACAGAGAGAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001593:ENSRNOT00000068018:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF136871=DUF4153=FE(61.4=100)
A:
NA
C2:
PF136871=DUF4153=FE(19.8=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]